分子動力学計算により、DNA配列探索中の蛋白質のカイネティクスについて研究を行った。ABFの方法を使って様々な方向にバイアスフォースを加えることで蛋白質の運動を調べた。結合サイトと蛋白質重心間のベクトル方向に力を加えていくと、蛋白質がDNAの溝に沿ってらせん状に動いていく様子が見られた。これは、DNA配列探索中の蛋白質がらせん運動していることを示唆する結果である。自由エネルギー計算の結果からは、蛋白質がいったんDNAに結合すると、解離方向よりもスライド方向に移動しやすいことが分かった。自由エネルギー地形から遷移状態理論をもとに遷移レートを計算するための理論的背景について検証を行った。
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