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ゲノム中の任意の塩基配列に高選択的に結合する分子を作製する事ができれば、ゲノムDNAの編集や修飾、イメージング等多くの応用が考えられる。我々は、既存のゲノム編集タンパク質とは異なる性質を有する新たな分子を設計するために、Engrailed homeodomainタンパク質に注目し、B1H法を適用してその認識配列長を倍加しうるリンカーを同定することに成功した。一方、タンパク質とDNA間の相互作用に重要なDNA構造の柔らかさをより正確に調べるための手法として、X線結晶構造の電子密度マップからDNAの主鎖のゆらぎの情報を抽出する手法の開発を行った。
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