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2014 年度 実施状況報告書

タンパク質構造揺らぎに基づく構造変化予測法の構築

研究課題

研究課題/領域番号 26840056
研究機関筑波大学

研究代表者

原田 隆平  筑波大学, 筑波大学計算科学研究センター, 研究員 (60612174)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
キーワードタンパク質 / 分子動力学シミュレーション / 立体構造変化 / フォールディング / 構造サンプリング / 機能発現 / 超並列シミュレーション / 自由エネルギー地形
研究実績の概要

本研究では, 生体分子の分子動力学シミュレーションに基づき, タンパク質構造揺らぎを利用した効率的構造サンプリング手法を提案する. 初年度は, タンパク質の異方的構造揺らぎを効率的に利用した "Fluctuation Flooding Mehtod (FFM)" と呼ばれるタンパク質構造変化サンプリング手法を提案した. (J. Chem. Phys., 140, 125103, (2014), R. Harada, Y. Takano, and Y. Shigeta). タンパク質の異方的構造揺らぎは, 機能発現に重要とされている. タンパク質の大規模立体構造変化に伴う異方的構造揺らぎを特徴付ける解析手法として, 主成分分析が広く用いられている. FFMでは, 主成分分析を利用することにより, タンパク質の異方的構造揺らぎを抽出し, 機能発現に関係する異方的構造揺らぎを積極的に促進することで, 通常の分子動力学シミュレーションでは抽出することが困難である大規模構造変化を再現する. FFMの計算手順は, 下記の3つのプロセスから成る.
(1)タンパク質の分子動力学シミュレーションにより得られた原子座標トラジェクトリを主成分分析により解析し, 異方的構造揺らぎ(振動モード)を抽出.
(2)抽出した異方的振動モードに対して, 大きく揺らいでいるタンパク質構造を構造変化を誘起する確率が高い候補構造としてストック.
(3)ストックした候補構造を初期構造として, 初期速度再分配による短時間MDシミュレーションをリスタートさせることにより構造リサンプリングを実行し, 構造遷移を促進.
上記のプロセスを繰り返すことにより, タンパク質の異方的構造揺らぎを取り込むことが可能となり, 外力などの外部摂動を加えることなく, 比較的単純な計算手順により, 効率的にタンパク質の大規模立体構造変化を抽出することが出来る.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

初年度の早い段階において, タンパク質の構造サンプリング手法 (FFM, J. Chem. Phys., 140, 125103, (2014), R. Harada, Y. Takano, and Y. Shigeta) を確立することが出来たので, 次年度に余裕を持ってアプリケーションに移行することが可能となった.
FFMの計算効率の検証として既に, 加水分解酵素であるT4Lリゾチームのopen-closed構造変化に適用し, 安定構造間の構造遷移過程を抽出済みである. 更に, FFMとアンブレラサンプリングおよび多重ヒストグラム法の併用により, open-closed構造変化に関わる自由エネルギー地形も計算済みであり, 構造転移に伴う自由エネルギー障壁も見積もること出来た. T4Lのopen-closed構造変化は, 通常の分子動力学シミュレーションを1マイクロ秒実行しても抽出困難な生物学的レアイベントである. これに対しFFMは, ナノ秒オーダーの計算コストで上記の遷移過程を抽出することが可能であり, FFMのタンパク質構造サンプリングにおける計算効率の高さを示すことが出来た.

今後の研究の推進方策

初年度においてFFMの計算効率を検証することができたので, 次年度は実際のアプリケーションに移行する. 興味のある対象としては, グルタミン酸結合タンパク質の分子認識問題や, ナイロン分解酵素のリガンド結合過程解明などのタンパク質の複合体に適用し, 通常の分子動力学シミュレーションでは解明することが困難である研究課題に挑戦し, 計算結果をまとめて論文投稿する.

次年度使用額が生じた理由

初年度未使用額として703,760円が生じたが, これは海外学会発表旅費として消費することができなかったことが理由である.

次年度使用額の使用計画

次年度は当該研究費と平成27年度の研究費を合わせて, 国内学会, 海外学会の参加費および旅費に使用する. また, シミュレーションで得られたデータを保存するためのハードディスクを購入する.

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2014

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (6件)

  • [雑誌論文] Fluctuation Flooding Method (FFM) for accelerating conformational transitions of proteins2014

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yu Takano, and Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 140 ページ: 125103(1-7)

    • DOI

      doi: 10.1063/1.4869594

    • 査読あり
  • [雑誌論文] On the induced-fit mechanism of substrate-enzyme binding structures of Nylon-oligomer hydrolase2014

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Baba, Ryuhei Harada, Masayoshi, Nakano, and Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 35 ページ: 1240-1247

    • DOI

      DOI: 10.1002/jcc.23614

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 理論/実験技術 “タンパク質の柔らかな運動を誘起するシミュレーション"2014

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 北尾彰朗
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 54 ページ: 167-171

    • DOI

      doi: 10.2142/biophys.54.167

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] カスケード型超並列シミュレーションによるタンパク質構造遷移のパスウェイ探索2014

    • 著者名/発表者名
      西原泰孝, 原田隆平, 北尾彰朗
    • 雑誌名

      統計数理

      巻: 62 ページ: 273-284

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Conformational Transition Pathway and Free Energy Analyses of Proteins by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD)2014

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yasutaka Nishihara, Nobuhiko Wakai, and Akio Kitao
    • 雑誌名

      International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering 2014 (ICCMSE 2014) AIP Conf. Proc.

      巻: 1618 ページ: 86-89

    • DOI

      doi: 10.1063/1.4897682

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] タンパク質レアイベント抽出のための 効率的構造サンプリング手法2014

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 鷹野優, 重田照育
    • 学会等名
      第28回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      宮城県仙台市/仙台市民会館
    • 年月日
      2014-11-11 – 2014-11-14
  • [学会発表] タンパク質レアイベントを抽出する効率的構造サンプリング法2014

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 鷹野優, 重田照育
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      北海道札幌市/札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [学会発表] 酵素の基質結合と大規模構造変化に関する理論的研究2014

    • 著者名/発表者名
      馬場 剛史, 原田 隆平, 中野 雅由, 重田 育照
    • 学会等名
      第8回分子科学討論会2014東広島
    • 発表場所
      広島県東広島市/広島大学東広島キャンパス
    • 年月日
      2014-09-21 – 2014-09-23
  • [学会発表] 蛋白質構造揺らぎを用いた構造変化加速法 :FFM2014

    • 著者名/発表者名
      原田隆平, 鷹野優, 重田照育
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      神奈川県横浜市/ワークピア横浜
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
  • [学会発表] ナイロンオリゴマー分解酵素の大規模構造変化に対するアミノ酸変異導入の効果2014

    • 著者名/発表者名
      馬場 剛史, 原田 隆平, 中野 雅由, 重田 育照
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      神奈川県横浜市/ワークピア横浜
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
  • [学会発表] 大規模構造変化を誘起するMD手法を利用したナイロンオリゴマー分解酵素の誘導適合過程の解明2014

    • 著者名/発表者名
      馬場 剛史, 原田 隆平, 中野 雅由, 重田 育照
    • 学会等名
      第17回理論化学討論会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市/名古屋大学東山キャンパス
    • 年月日
      2014-05-22 – 2014-05-24

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公開日: 2016-06-01  

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