バイオバンク・ジャパンサンプルに対する全ゲノムデータの構造的解析

2016 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 26860228
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 人類遺伝学
• 研究機関: 国立研究開発法人理化学研究所
• 研究代表者: 鎌谷 洋一郎 国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー (00720880)
• 研究協力者: 瀬々 潤 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 人工知能研究センター・機械学習研究チーム, チーム長 ; 小井土 大 国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 客員研究員 ; 金井 正弘 国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 研修生
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2017-03-31
• キーワード: 機械学習 / ゲノム

研究成果の概要

バイオバンクジャパンデータを用いて、多因子疾患の発症に関わる遺伝因子の機械学習法による検出を試みた。Random Forest (RF)、LASSO、Elastic Net、Support Vector Machine (SVM)、Extremely Randomized Trees (ERT)、mixed Random Forest (mixed RF)の各種法を適用したところ、LASSOまたはElastic Netにより良好に検出される可能性を示した。また、LDスコア回帰法により異民族間の遺伝的因子の違いについて考察し、アトピー性皮膚炎と双極性障害に特徴的な結果を得た。

自由記述の分野

遺伝統計学