| 研究課題/領域番号 |
26860423
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| 研究機関 | 新潟医療福祉大学 |
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研究代表者 |
浅井 孝夫 新潟医療福祉大学, 医療技術学部, 助教 (60612736)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | 胆嚢がん / 遺伝要因 / 遺伝子多型 / SNPジェノタイピング / チリ |
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| 研究実績の概要 |
平成28年度は、96症例のSNP解析データを用いて、SNPジェノタイピングの結果を統計解析し、患者生存期間に関連するSNPを複数同定・選別することを計画していた。
当初、SNPジェノタイピング解析に用いる予定であったGoldenGate Cancer SNP Panel（イルミナ社）が販売終了となったため、代替となるSNP解析の検討を進めたが、目的に叶う解析が見つからず、研究計画の見直しが必要となった。
その後、統計解析を実施するにあたり、患者情報の追加が必要となったため、平成29年2月にチリ・サンティアゴのSotero del Rio病院を訪問し、研究協力者のMs. Andreaらと面会し、統計解析に必要となる患者情報を収集した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
96症例のSNP解析データを用いて、SNPジェノタイピングの結果を統計解析し、患者生存期間に関連するSNPを複数同定・選別することを計画していたが、解析に必要となる患者情報に不足が判明した。そのため、患者情報の補完を行った。
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| 今後の研究の推進方策 |
96症例のSNPデータおよび患者情報を用いて、生存時間との関連解析を行い、胆嚢がん患者の予後因子となるSNPを探索する。手順として、まず癌と関連するSNPを選出し、多変量解析で予後因子の評価を行う。さらに、高リスク群と低リスク群の分類推定を行う。
Cancer SNP Panel解析結果のデータ品質確認作業では、Cancer SNP Panel解析結果に含まれている判定不能なSNP(ノーコール)について、生存時間分析等を実施するため、欠測値を除外する。
SNPのスクリーニングでは、1,421個のSNPから生存時間との関連が強いSNPの抽出を試みる。SNPは3種類の対立遺伝子の遺伝子型(AA, Aa, aa)で測定される。Aは集団内で頻度の多いアレル(major allele)、aは頻度の少ないアレル(minor allele)と呼ばれる。この遺伝子型に対する表現型として、対立遺伝子モデル(Genotypic model)、優性モデル(Dominant model)、劣性モデル(Recessive model)の3通りの遺伝形質を想定し、生存時間との関連を評価する。
Cox比例ハザード解析では、選定したSNPsおよび興味のある臨床因子により患者をグループに分け、生存時間との関連を単変量のCox比例ハザードにより評価する。また、選定したSNPs情報や臨床情報による多変量Cox比例ハザードを試行する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
SNPジェノタイピングの結果を統計解析するため、解析機関への委託費および統計解析ソフトウェアの購入費に使用する計画であったが、計画どおり統計解析が行えなかったため、解析委託費が大幅に抑制された。
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| 次年度使用額の使用計画 |
平成29年度は、SNPジェノタイピングの結果を統計解析するため、解析機関への委託費および統計解析ソフトウェアの購入費が必要となる。また、海外研究者との打合せのためチリへの渡航費が必要となる。さらに研究結果をまとめて発表するため、論文の校閲費や投稿料が必要となる。
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