| 研究課題/領域番号 |
26860902
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| 研究機関 | 近畿大学 |
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研究代表者 |
冨田 秀太 近畿大学, 医学部, 講師 (10372111)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | マイクロバイオーム / 次世代シーケンサー / 共生細菌叢 / アクネ菌 / プロバイオティクス / ニキビ |
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| 研究実績の概要 |
近年、ヒト共生細菌が健康状態の維持にも重要な役割を担っていることが明らかになり、欧米を中心にヒト共生細菌叢の解析とカタログ作成が急速に進行している。本研究では、次世代シーケンサー（NGS）を用いて、日本人の皮膚共生細菌叢（スキンマイクロバイオーム）を解析し皮膚疾患の発症メカニズムにおける細菌叢の役割を解明するとともに、新規治療法の検討を行う事を目的としている。
平成26年度はNGSを用いた高解像度スキンマイクロバイオーム解析手法を確立するとともに、ファージを用いた新規治療法の検討を行った。NGSを用いた高解像度メタゲノム解析手法に関しては、①サンプルからのゲノムDNA抽出手法（粘着テープ採取法・綿棒採取法）、②高解像度の細菌叢解析を行う最適なプライマー領域の検討、③データ処理パイプラインの最適化、について検討を行ってきた。その結果、高い再現性をもって細菌叢解析を行う一連の解析フローを構築する事に成功した。また新規治療法に関する研究として、患者サンプルから得られたファージライブラリーを用いて、代表的なアクネ菌亜種に対し、溶菌作用に対する感受性と耐性の網羅的な解析を行った。また、ファージ接種に対し広く耐性を示すアクネ菌亜種の高精度ドラフトゲノム配列解析の結果から、耐性メカニズムの獲得に寄与すると考えられる特徴的な遺伝子配列を見出すことに成功した。これらの結果をまとめた論文を専門誌に投稿し受理が認められている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
解析手法の確立に関しては計画通り順調に、また新規治療の検討に関しては当初計画以上に進展した（含む論文報告）一方で、サンプル収集に関してはやや遅れている側面があるので、全体としては概ね計画通りに進展している。
NGSを用いた高解像度スキンマイクロバイオーム解析手法の確立に関しては、サンプルの採取方法、ゲノムDNA抽出手法、プライマー領域の検討、データ処理パイプラインの最適化、等の検討が計画通り順調に進んでおり、平成27年度は構築した解析フローに従って、サンプルの解析を行っていく予定である。一方でサンプル収集に関しては研究協力者との連携を進め、より一層の加速度をもって当初研究計画したサンプル数の収集に努める。新規治療法に関する検討としては、ファージを用いた研究から極めて興味深い結果が得られた。溶菌作用に対する感受性と耐性の網羅的な解析、および、耐性を示すアクネ菌のゲノム解列解析の結果について論文として報告するに至っている（ISME Journal, in press）。
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| 今後の研究の推進方策 |
平成27年度は構築した解析フローに従って、サンプルの解析を行っていく。サンプル収集に関しては、研究協力者との連携をより一層進め、サンプル収集を加速する。ファージを用いた新規治療法に関する検討としては、耐性を示すアクネ菌のゲノム解列解析結果に基づき、分子レベルでの確認作業と耐性解除のメカニズムに関しても検討を行う。また当初の計画どおり、プロバイオティクスの効果や新規作成抗体を用いた増殖抑制効果等の検討も進めていく。亜種レベルでの解析をアクネ菌以外にも応用し、特徴的なゲノム配列の解明や分類手法の開発を検討する。
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