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近年、ヒト共生細菌が健康状態の維持にも重要な役割を担っていることが明らかになり、欧米を中心にヒト共生細菌叢の解析とカタログ作成が急速に進行している。本研究では、次世代シーケンサー（NGS）を用いて、日本人の皮膚共生細菌叢（スキンマイクロバイオーム）を解析し皮膚疾患の発症メカニズムにおける細菌叢の役割を解明するとともに、新規治療法の検討を行う事を目的としている。
平成26年度はNGSを用いた高解像度メタゲノム解析手法に関する検討を行い、高い再現性をもって細菌叢解析を行う一連の解析フローを構築する事に成功した。また、ファージ接種に対し広く耐性を示すアクネ菌亜種の高精度ドラフトゲノム配列解析の結果から、耐性メカニズムの獲得に寄与すると考えられる特徴的な遺伝子配列を見出すことに成功し、これらの結果をまとめた論文を専門誌に報告した。
平成27年度は７月の移動に伴い一連の解析環境に生じた変更に対応するために研究の遅延が認められたため、研究期間の延長を行った。解析フローに関しては一部解析パイプラインの修正・追加を行うことで、精度の向上が認められた。また細菌叢解析のトレンドが、時系列に採取したサンプルの恒常性・再現性に注目が集まっていることから、同一症例から複数回サンプルを採取し、その恒常性の解析を行った。
平成28年度は臨床現場でのサンプリングを想定し、洗顔の影響やサンプリング箇所の検討を実施し、再現性をもってサンプルの抽出を行える条件の検討を行った。またアクネ菌ゲノム解析を目的に開発した比較ゲノムプログラムを改良し、他の細菌ゲノム解析への展開を検討した。環境中の常在菌であり、アクネ菌の約２倍の大きさをもつ細菌ゲノムを対象に比較ゲノム解析を実施したところ、亜種特異的なゲノム配列の抽出に成功した。またパンゲノム解析も実施し、プログラムの汎用性を示すとともに、これらの結果を専門誌に報告した。
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