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平成27年度までに，インプラント・天然歯周囲滲出液から，16SrRNA解析に供するDNAの回収が，個体差やサンプル量の影響を受けずに可能であること，およびシークエンス前に実施するPCRの非特異的な増幅が起きていないことを確認できた．
そこで，平成28年度はインプラント周囲炎患者9名（診査時平均年齢：66.6歳，男性／女性：2／7名，感染インプラント体周囲の平均プロービングデプス値：5.2mm）のインプラント周囲炎罹患インプラント体，健全インプラント体，健全歯および歯周病罹患歯それぞれの周囲ポケットからペーパーポイントを用いて歯肉溝浸出液を採取し，加えて自然唾液を採取した．自然唾液は日内変動が大きいため，最も安定している「朝食もしくは口腔清掃後2時間以降経過した午前中」の条件下でサンプリングした．
口腔内の平均インプラント体埋入本数は3.4本であり，インプラント周囲炎と診断されたインプラント体本数は1.1本であった．インプラント周囲炎と診断されたインプラント体周囲の最大プロービング値は10mmであった．
また，患者5名分のサンプルから細菌DNA抽出し，16SrRNA解析を実施した．そして，群レベル，属レベルでクラスター解析を行った．その結果，細菌叢には個人差があること，また，インプラント周囲炎罹患インプラント体と歯周病罹患歯が似た細菌叢，健全インプラント体と健全歯が似た細菌叢にある傾向であった．
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