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口腔癌症例のうち頸部リンパ節転移を生じたものなかで、ECS陽性および陰性群にわけた。対象症例に関して、原発巣のFFPEサンプルからgenomic DNAを抽出し、それを用いてOncoScan FFPE assayにより全ゲノムコピー解析を行った。このSNPアレイによって、各サンプルにおけるコピー数の増加、減少およびLOHを示す染色体領域を同定した。
ECS陽性群と陰性群の間で比較検討することで、ECS陽性群に特異的なコピー数変異の同定を行った。ECS陽性群と陰性群の間で、CANの分布が異なることが示された。
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