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シナプスでのミトコンドリア機能障害は，アルツハイマー病（AD）を含む多くの神経変性疾患において，神経失調・変性の引き金になると考えられている。ADモデルショウジョウバエでは，モデルタンパク質として発現させたミトコンドリア移行GFPタンパク質（mito-GFP）が，神経細胞体では凝集体様構造として観察され，シナプスでは量の低下が認められる。これと同じ現象は，成虫の神経細胞でオートファジーを亢進した場合にのみ観察された。このことから，ADモデルショウジョウバエのミトコンドリアで，初期に認められるシナプスのミトコンドリアタンパク質の減少には，オートファジーの亢進が関与している可能性が示唆された。
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