遺伝子変異に基づいた肝細胞癌におけるクロマチン構造の網羅的解析

2015 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 26893045
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 林 玲匡 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (40735396)
• 研究期間 (年度): 2014-08-29 – 2016-03-31
• キーワード: 肝細胞癌 / クロマチン構造 / 網羅的解析 / エピゲノム / ゲノム

研究実績の概要

本研究では，癌部，非癌部の肝細胞癌症例，臨床凍結組織検体を用いて，肝細胞癌の網羅的クロマチン構造解析を行った．具体的には，凍結組織検体の組織粉砕およびホルマリン固定のステップを最適化し，FAIRE-seq (Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements followed by next generation sequencing) により，症例ごとにヌクレオソーム・フリー領域を同定した．さらに，exome sequencingによる網羅的遺伝子解析の結果から，肝細胞癌におけるドライバー遺伝子が，ヌクレオソームフリー領域に及ぼす影響に注目し，遺伝子変異ごとに特異的なヌクレオソーム・フリー領域を同定した．その結果，CTNNB1変異症例において，癌特異的なヌクレオソームフリー領域の抽出に成功した．さらに，培養細胞（HepG2）のChIP-seq (Chromatin Immunoprecipitation followed by next generation sequencing ) の結果から，これらの領域にCTNNB1の結合があることが確認された．これらの結果から，CTNNB1の新規新規標的遺伝子候補が同定され，現在RNA-seqによる遺伝子発現データから，候補遺伝子の発現変化を確認し，主要遺伝子候補を抽出している．また，多数の肝細胞癌症例を用いた免疫組織化学的検討により，候補遺伝子のタンパク発現の有無や，その臨床病理学的特徴の抽出を試みている．

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Distinct clinicopathologic and genetic features of 2 histologic subtypes of intrahepatic cholangiocarcinoma. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hayashi A, Misumi K, Shibahara J, Arita J, Sakamoto Y, Hasegawa K, Kokudo N, Fukayama M.
  • 雑誌名: Am J Surg Pathol. 巻: in press ページ: in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clinicopathologic Characteristics of Hepatocellular Carcinoma With Reactive Ductule-like Components, a Subset of Liver Cancer Currently Classified as Combined Hepatocellular-Cholangiocarcinoma With Stem-Cell Features, Typical Subtype. (2016)
  • 著者名/発表者名: Shibahara J, Hayashi A, Misumi K, Sakamoto Y, Arita J, Hasegawa K, Kokudo N, Fukayama M.
  • 雑誌名: Am J Surg Pathol. 巻: 40(5) ページ: 608-616
  • DOI: 10.1097/PAS.0000000000000579.
  • 査読あり
• [雑誌論文] β-catenin alteration is rare in hepatocellular carcinoma with steatohepatitic features: immunohistochemical and mutational study. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ando S, Shibahara J, Hayashi A, Fukayama M.
  • 雑誌名: Virchows Archiv 巻: 467(5) ページ: 535-42
  • DOI: 10.1007/s00428-015-1836-2
  • 査読あり
• [学会発表] Distinct Clinicopathologic and Genetic Features of Two Histologic Subsets of Intrahepatic Cholangiocarcinoma (2016)
  • 著者名/発表者名: Hayashi A, Misumi K, Shibahara J, Arita J, Sakamoto Y, Hasegawa K, Kokudo N, Fukayama M
  • 学会等名: The 105th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology
  • 発表場所: Seattle, WA, USA
  • 年月日: 2016-03-12 – 2016-03-18
  • 国際学会
• [学会発表] Lymphocyte Infiltration is a New Promising Prognostic Factor in Hepatocellular Carcinoma (2016)
  • 著者名/発表者名: Hayashi A, Shibahara J, Misumi K, Arita J, Sakamoto Y, Hasegawa K, Kokudo N, Fukayama M
  • 学会等名: The 105th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology
  • 発表場所: Seattle, WA, USA
  • 年月日: 2016-03-12 – 2016-03-18
  • 国際学会
• [学会発表] 次世代シーケンスによる肝細胞癌のクロマチン構造解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 牧瀬 尚大, 林 玲匡, 藤田 貴教, 永江 玄太, 緑川 泰, 深山 正久, 油谷 浩幸
  • 学会等名: 第74回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場，愛知県名古屋市
  • 年月日: 2015-10-08 – 2015-10-10
• [学会発表] Multi lesion analysis of alpha fetoprotein producing gastric cancer (2015)
  • 著者名/発表者名: 田頭 周, 谷内田 真一, 垣内 美和子, 六反 啓文, 林 玲匡, 辰野 健二, 山本 尚吾, 永江 玄太, 阿部 浩幸, 石川 俊平, 柴田 龍弘, 深山 正久, 油谷 浩幸
  • 学会等名: 第74回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場，愛知県名古屋市
  • 年月日: 2015-10-08 – 2015-10-10
• [学会発表] 肝細胞癌背景肝組織におけるH3K27ac修飾レベルの臨床病理学的検討. (2015)
  • 著者名/発表者名: 林玲匡, 柴原純二, 山内直子, 木村宏, 阪本良弘, 石川俊平, 國土典宏, 油谷浩幸,深山正久.
  • 学会等名: 第104回日本病理学会総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場，愛知県名古屋市
  • 年月日: 2015-04-30 – 2015-05-02
• [備考] 東京大学 病理学教室 2015年度 業績
  • URL: http://pathol.umin.ac.jp/activity/gyoseki2015_1.pdf