遺伝情報のシステム化と解析ソフトウエアの開発

1988 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 62840020
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 遺伝実験生物保存センター, 助手 (00202424)
• 研究分担者: 松尾 和洋 富士通, 国際情報社会科学研究所・生物情報学室, 室長 ; 林田 秀宣 国立遺伝学研究所, 遺伝情報センター, 助手 (10198872) ; 久原 哲 九州大学, 農学部, 助手 (00153320) ; 宮沢 三造 国立遺伝学研究所, 遺伝情報センター, 助教授 (60190774) ; 五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (50162136)
• キーワード: 遺伝情報 / システム化 / 解析ソフトウエア / DNAデータベース / 相同性検索 / 分子進化 / 分子系統樹

研究概要

本研究の途中、前研究代表者の丸山毅夫教授の突然の他界により、急拠、研究代表者を変更するという危機に見舞れたが、研究組織の建て直しと研究遂行上の管理統括にほぼ成功し、順調に研究二年度目が終了した。本研究の目的は、「急速な発展を遂げているDNAデータベースを使い易いものにする情報システムを開発すると共に研究用解析プログラムの充実をはかる」ことである。本研究のこの目的を遂成するため、本年度の研究実施計画に基づいて、以下の研究が実行され成果を得た。
1.現在よく使われている分子進化学的理論を取り入れた解析プログラムを整備した。特に、中型あるいは大型コンピュータに格納されていた多数の単体で独立な解析プログラム群を、コンピュータ・ワークステーションに移植し、解析プログラムが関連して動作するようシステム環境を整備した。
2.分子進化学的研究アプローチの中でも利用度の高い「分子系統樹作成法」に関して、最大法により新たなアルゴリズムの開発を行なった。
3.DNAデータベースを利用して、一般研究者に有用で要請が強かったコドン頻度表を全遺伝子(利用可能なもののみ)にわたって作成し、学術雑誌に投稿出版した。
4.種々の遺伝子において、DNAデータベースを駆使して相同性検索を行ない、興味深いドメインの相同性や遺伝子変換の実際例を観察した。このことは、遺伝子のDNA配列による分類を行なう上で、重要な指針を与えると考えられる。
以上、本年度の研究成果を踏まえて、平成元年度の研究計画実施のための準備を急いでいる。

研究成果

• [文献書誌] Aota,S.;Gojobori,T.;Ikemura,T.et al.: Nucl.Acids Res.16. r315-r402 (1988)
• [文献書誌] Hayashida,H.et al.: Proc.Japan Acad.64B. 113-118 (1988)
• [文献書誌] Kuma,K.;Hayashida,H.;Miyata,T.: Jpn.J.Genet.63. 367-371 (1988)
• [文献書誌] Fukami,K.;Tateno,Y.: J.Mol.Evol.
• [文献書誌] Tateno,Y.: "Is molecular evolution parsimonious?-Theoretical approach to the problem-In:Population Biology of Genes and Molecules." Baifu-kan/Cambridge Univ.Press,
• [文献書誌] Gojobori,T.;Moriyama,E.N.;Kimura,M.: "Statistical method for estimating sequence divergence.In:Methods in Enzymology" Academic Press,Inc.,