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1988 年度 実績報告書

大腸菌のゲノム全構造の解明

研究課題

研究課題/領域番号 63300011
研究機関神戸大学

研究代表者

磯野 克己  神戸大学, 理学部, 教授 (70011640)

研究分担者 大坪 栄一  東京大学, 応用微生物研究所, 教授 (10158800)
中田 篤男  大阪大学, 微生物病研究所, 教授 (80029769)
井口 八郎  京都大学, 理学部, 助教授 (20028195)
石浜 明  国立遺伝学研究所, 分子遺伝部, 教授 (80019869)
由良 隆  京都大学, ウイルス研究所, 教授 (20027311)
キーワード大腸菌ゲノム / 染色体地図 / 整列クローン / 塩基配列 / 遺伝情報データベース / ゲノム構造の全体像
研究概要

本年度は当初予定したように、大腸菌の「整列クローンライブラリー」をミニセットライブラリーとして整理し、それぞれのクローンのファージを個別に純化した上で5-10mlずつ調整して保存する作業を行った。さらにこれらのファージの制限酵素地図のデータを整理してデータベースとして統合すると共に、全班員の協力を得て、GenBankおよびEMBLの2大データベースに収録された大腸菌の遺伝子の塩基配列データを取捨選択し、さらにこれらのデータベースに未収録のデータについては、多くの関連する学術雑誌から文献検索を行って収集し、全体を「大腸菌の遺伝情報データベース」としてまとめる作業を行った。一方、来年度から発足する重点領域研究に向けて班員の研究を活発にするために、研究班会議を開催して情報交換と相互批判を行った。その結果、特にtRNAの遺伝子の同定および挿入配列因子の遺伝子図上の分布について重要な成果が得られた。さらに、大腸菌のゲノムの構造解析法についても多くの知見が得られ、これらをもとにして来年度以降年間数百キロベース程度の塩基配列決定が行える見通しが得られた。

  • 研究成果

    (50件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (50件)

  • [文献書誌] Satoh,H.;Nishida,H.;Isono,K.: J.Bacteriol.170. 1034-1040 (1988)

  • [文献書誌] Kang,W.-K.;Icho,T.;Isono,S.;Kitakawa,M.;Isono,K.: Mol.Gen.Genet.

  • [文献書誌] Tanaka,S.;Matsushita,Y.;Yoshikawa,A.;Isono,K.: Mol.Gen.Genet.

  • [文献書誌] Zou,Y.-N.;Kusukawa,N.;Erickson,J.W.;Gross,C.A.;Yura,T.: J.Bacteriol.170. 3640-3649 (1988)

  • [文献書誌] Kusukawa,N.;Yura,T.: Genes & Development. 2. 874-882 (1988)

  • [文献書誌] Yano,R.;Yura,T.: J.Bacteriol.(1989)

  • [文献書誌] Glass,R.E.;Ralphs,N.T.;Fujita,N.;Ishihama,A.: Eur.J.Biochem.176. 403-407 (1988)

  • [文献書誌] Ishihama,A.: Trends in Genet.4. 282-286 (1988)

  • [文献書誌] Nomura,T.;Ishihama,A.: EMBO J.7. 3539-3545 (1988)

  • [文献書誌] Ueshima,R.;Fujita,N.;Ishihama,A.: Mol.Gen.Genet.215. 185-190 (1989)

  • [文献書誌] Chang,Z.;Inokuchi,H.;Ozeki,H.: J.Bacteriol.

  • [文献書誌] Makino,K.;Shinagawa,H.;Amemura,M.;Kimura,S.;Nakata,A.;Ishihama,A.: J.Mol.Biol.203. 85-95 (1988)

  • [文献書誌] Shinagawa,H.;Iwasaki,H.;Kato,T.;Nakata,A.: J.Bacteriol.85. 1806-1810 (1988)

  • [文献書誌] Shinagawa,H.;Makino,K.;Amemura,M.;Kimura,S.;Iwasaki,H.;Nakata,A.: J.Bacteriol.170. 4322-4329 (1988)

  • [文献書誌] Kimura,S.;Makino,K.;Shinagawa,H.;Amemura,M.;Nakata,A.: Mol.Gen.Genet.(1989)

  • [文献書誌] Maeda,Y.;Ohtsubo,E.: Nucl.Acids Res.,Symposium series. 19. 101-104 (1988)

  • [文献書誌] Tsuchimoto,S.;Ohtsubo,H.;Ohtsubo,E.: J.Bacteriol.170. 1461-1466 (1988)

  • [文献書誌] Inamoto,S.;Yoshioka,Y.;Ohtsubo,E.: J.Bacteriol.170. 2749-2757 (1988)

  • [文献書誌] Yamaki,H.;Ohtsubo,E.;Nagai,K.;Maeda,Y.: Nucl.Acids Res.16. 5067-5073 (1988)

  • [文献書誌] Maeda,Y.;Yamaki,H.;Takahashi,K.;Ohtsubo,E.: Nucl.Acids.Res.,Symposium Series. 20. 129-130 (1988)

  • [文献書誌] Miyazaki,C.;Kawai,Y.;Ohtsubo,H.;Ohtsubo,E.: J.Mol.Biol.204. 331-343 (1988)

  • [文献書誌] Maeda,Y.;Takahashi,K.;Yamaki,H.;Ohtsubo,E.: Biopolymers. 27. 1917-1925 (1988)

  • [文献書誌] Tsuchimoto,S.;Ohtsubo,E.: Mol.Gen.Genet.(1989)

  • [文献書誌] Sekine,K.;Ohtsubo,E.: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. (1989)

  • [文献書誌] Umeda,M.;Ohtsubo,E.: J.Mol.Biol.(1989)

  • [文献書誌] Nozaki,N.;Okazaki,T.;Ogawa,T.: J.Biol.Chem.263. 14176-14183 (1988)

  • [文献書誌] Yoda,K.;Yasuda,H.;Jiang,X.-W.;Okazaki,T.: Nucl.Acids Res.16. 6531-6546 (1988)

  • [文献書誌] Wada,M.;Kano,Y.;Ogawa,T.;Okazaki,T.;Imamoto,F.: J.Mol.Biol.204. 581-591 (1988)

  • [文献書誌] Nakamura,H.;Murakami,H.;Yamato,I.;Anraku,Y.: Mol.Gen.Genet.212. 1-5 (1988)

  • [文献書誌] Yamato,I.;Nakamura,H.;Murakami,H.;Anraku,Y.: FEMS Microbiol.Lett.56. 21-28 (1988)

  • [文献書誌] Nakao,T,;Yamato,I.;Anraku,Y.: Mol.Gen.Genet.214. 379-388 (1988)

  • [文献書誌] Ohsawa,M.;Mogi,T.;Yamamoto,H.;Yamato,I.;Anraku,Y.: J.Bacteriol.170. 5185-5191 (1988)

  • [文献書誌] Yamato,I.;Anraku,Y.: J.Biol.Chem.263. 16055-16057 (1988)

  • [文献書誌] Bae,Y.-S.;Kwasaki,I.;Ikeda,H.;Liu,L.F.: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 85. 2076-2080 (1988)

  • [文献書誌] Saing,K.M.;Orii,H.;Tanaka,Y.;Yanagisawa,K.;Miura,A.;Ikeda,H.: Mol.Gen.Genet.214. 1-5 (1988)

  • [文献書誌] Kawakami,K.;Jonsson,Y.H.;Bjork,G.R.;Ikeda,H.;Nakamura,Y.: Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 85. 5620-5624 (1988)

  • [文献書誌] Tomono,M.;Shinozaki,M.;Ikeda,H.: J.Biochem.

  • [文献書誌] Tabata,S.;Higashitani,A.Takanami,M.;Akiyama,K.;Kohara,Y.;Nishimura,Y.;Nishimura,A.;Yasuda,S.;Hirota,Y.: J.Bacteriol.

  • [文献書誌] Kita,K.;Kotani,H.;Sugisaki,H.;Takanami,M.: J.Biol.Chem.

  • [文献書誌] Sugisaki,H.;Takanami,M.: J.Biol.Chem.

  • [文献書誌] Doi,M.;Wachi,M.;Ishino,F.;Tomioka,S.;Ito,M.;Sakagami,Y.;Suzuki,A.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.170. 4619-4624 (1988)

  • [文献書誌] Turuoka,T.;Ito,M.;Tomioka,S.;Hirata,A.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.170. 5229-5235 (1988)

  • [文献書誌] Wachi,M.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.(1989)

  • [文献書誌] Ishino,F.;Jung,H.K.;Doi,M.;Wachi,M.;Matsuhashi,M.: J.Bacteriol.(1989)

  • [文献書誌] 磯野克己: "新基礎生化学実験法第8巻「生化学におけるコンピューター利用」6:研究課題システム構築例,2."大腸菌の全ゲノムの物理地図作成"" 丸善,

  • [文献書誌] 磯野克己: "「核酸シグナル実験マニュアル」:「コンピューターを利用したゲノム構造分析」" 講談社サイエンティフィク,

  • [文献書誌] 磯野克己、小原雄治: "シリーズ「分子生物学の進歩」第1巻第6章「遺伝子地図と物理地図」" 日本分子生物学会編:丸善,

  • [文献書誌] Yura,T.;Wada,C.;Yano,R.;Kusukawa,N.;Nagai,H.: "Physiological roles and regulation of the heat shock sigma factor (σ^<32>) in Escherichia coli." Gene expression and regulation:The legacy of Luigi Gorini, 31-40 (1988)

  • [文献書誌] Iwasaki,H.;Shiba,T.;Nakata,A.;Shinagawa,H.: "Activation of UmuD protein for SOS mutagenesi by proteolytic processing mediated by RecA.In,Mechanisms and consequences of DNA damage processing." Alan R.Liss,Inc., 461-469 (1988)

  • [文献書誌] Anraku,Y.;Hanada,K.;Yamato,I.: "Molecular strucuture and energy coupling mechanism of the Escherichia coli proline carrier,In Molecular Basis of Biomembrane Transport." Elsevier Scientific Publishers,Amsterdam, 25-32 (1988)

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公開日: 1990-03-19   更新日: 2016-04-21  

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