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2016 年度 実績報告書

粗視化分子動力学シミュレーションによる荷電脂質膜の相分離と変形

公募研究

研究領域感覚と知能を備えた分子ロボットの創成
研究課題/領域番号 15H00806
研究機関北陸先端科学技術大学院大学

研究代表者

下川 直史  北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 助教 (20700181)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
キーワードリン脂質 / リポソーム / ベシクル / 脂質二重膜 / 相分離 / 膜変形 / 静電相互作用 / 粗視化分子動力学シミュレーション
研究実績の概要

リン脂質から成る脂質二重膜が丸く閉じた構造はリポソームと呼ばれ細胞のモデル系として扱われている。特に、リポソームは分子ロボットの器と成り得ることから、リポソームにおける機能付与など様々研究がなされている。本研究課題では、リン脂質の親水基に電荷を有した荷電脂質を含むリポソームが普遍的に有している物理化学的性質を明らかにし、分子ロボットへの応用展開の基盤とすべく、粗視化分子動力学シミュレーションを中心に据え、実験・理論を併用し研究を進めてきた。
当該年度は1.荷電脂質と中性脂質の二成分系における相分離と自発的膜変形の粗視化シミュレーション、2.荷電脂質と中性脂質の二成分系へ荷電コロイドを添加した際の相分離と自発的膜変形の粗視化シミュレーションを行った。
1では、中性脂質のみから成る系での相分離と荷電脂質を含む系での相分離を比較した。その結果、荷電脂質を含む系では相分離の開始に遅延が見られること、スピノーダル分解型から核形成型へ変化することなどが見られた。また、ドメインの大きさが時間の0.4乗に比例する新しい成長則を見出した。膜の自発的変形においては、塩濃度、脂質間相互作用を変化させることで、球状・ディスク状・ひも状・バイセルと様々な形態へ変化することが明らかになった。これらの結果は論文としまとめ発表した。
2では中性コロイド・荷電コロイドをリポソームへ添加した際のコロイドの取り込み挙動・リポソームの変形挙動を観察した。その結果、パラメータに応じて膜面から離れていく場合、吸着する場合、膜内に留まる場合、リポソーム内部へ取り込まれる場合などさまざまなダイナミクスが明らかになった。また、荷電コロイドの場合、吸着により膜面に相分離構造を形成することがわかった。現在、論文としてまとめる準備を進めている。

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 謝辞記載あり 5件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件) 図書 (2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Glycosyl chains and 25-hydroxycholesterol contribute to the intracellular transport of amyloid beta (Aβ-42) in Jurkat T cells2017

    • 著者名/発表者名
      Neha Sharma, KeangOk Baek, Huong T. T. Phan, Naofumi Shimokawa, Masahiro Takagi
    • 雑誌名

      FEBS Open Bio

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • DOI

      10.1002/2211-5463.12234

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Formation of modulated phase and domain rigidification in fatty acids-containing lipid membranes2017

    • 著者名/発表者名
      Naofumi Shimokawa, Rieko Mukai, Mariko Nagata, Masahiro Takagi
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • DOI

      10.1039/C7CP01201B

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 分子間の弱い相互作用と生体秩序-生体模倣膜の相分離構造2017

    • 著者名/発表者名
      下川 直史、高木 昌宏
    • 雑誌名

      月刊「化学」

      巻: 72 ページ: 68-69

  • [雑誌論文] Nano-domain formation in charged membranes: Beyond the Debye-Huckel approximation2016

    • 著者名/発表者名
      Ryuichi Okamoto, Naofumi Shimokawa, Shigeyuki Komura
    • 雑誌名

      Europhysics Letters

      巻: 114 ページ: 28002 1-6

    • DOI

      https://doi.org/10.1209/0295-5075/114/28002

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Phase diagrams and ordering in charged membranes: Binary mixtures of charged and neutral lipids2016

    • 著者名/発表者名
      Naofumi Shimokawa, Hiroki Himeno, Tsutomu Hamada, Masahiro Takagi, Shigeyuki Komura, David Andelman
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 120 ページ: 6358-6367

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.6b03102

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Coarse-grained molecular dynamics simulation of charged lipid membranes: Phase separation and morphological dynamics2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Ito, Yuji Higuchi, Naofumi Shimokawa
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 94 ページ: 042611 1-11

    • DOI

      https://doi.org/10.1103/PhysRevE.94.042611

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 2次元・3次元膜ダイナミクスと細胞信号伝達2016

    • 著者名/発表者名
      下川 直史、高木 昌宏
    • 雑誌名

      膜(MEMBRANE)

      巻: 41 ページ: 233-239

    • DOI

      http://doi.org/10.5360/membrane.41.233

  • [雑誌論文] 生物、物理、数学の境界領域としての膜研究2016

    • 著者名/発表者名
      下川 直史、高木 昌宏
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 94 ページ: 746-749

    • オープンアクセス
  • [学会発表] 荷電脂質ベシクルの膜内相分離と形態変化の粗視化シミュレーション2017

    • 著者名/発表者名
      伊藤 弘明、樋口 祐次、下川 直史
    • 学会等名
      日本物理学会第72回年次大会
    • 発表場所
      大阪大学 豊中キャンパス(大阪府豊中市)
    • 年月日
      2017-03-17 – 2017-03-20
  • [学会発表] Thermal behavior change of raft-mimetic structure by addition of local anesthetics2017

    • 著者名/発表者名
      菅原 恒、下川 直史、高木 昌宏
    • 学会等名
      日本化学会第97春季年会
    • 発表場所
      慶應義塾大学 日吉キャンパス(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [学会発表] 粗視化分子動力学シミュレーションによる荷電脂質膜の相分離と変形2017

    • 著者名/発表者名
      下川 直史
    • 学会等名
      新学術領域研究「分子ロボティクス」最終領域会議
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス(東京都文京区)
    • 年月日
      2017-03-11 – 2017-03-13
  • [学会発表] 脂肪酸添加による脂質二重膜での相分離構造制御2016

    • 著者名/発表者名
      下川 直史、向井 梨恵子、長田 真理子、高木 昌宏
    • 学会等名
      日本物理学会2016年秋季大会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2016-09-13 – 2016-09-16
  • [学会発表] Interaction and internalization of amyloid beta (Aβ-42) with Jurkat cells in presence of oxysterols2016

    • 著者名/発表者名
      Neha Sharma, KeangOK Baek, Huong T.T.Phan, Naofumi Shimokawa, Masahiro Takagi
    • 学会等名
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      石川県立音楽堂 もてなしドーム地下イベント広場(石川県金沢市)
    • 年月日
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [学会発表] 局所麻酔薬による膜ラフト模倣構造熱安定性の低下2016

    • 著者名/発表者名
      菅原 恒、下川 直史、高木 昌宏
    • 学会等名
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      石川県立音楽堂 もてなしドーム地下イベント広場(石川県金沢市)
    • 年月日
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [学会発表] Chirality dependant interaction and stabilization of d- and l-menthol in lipid rafts model2016

    • 著者名/発表者名
      Pooja Gusain, Kunihide Hoshino, Yoshio Tsujino, Naofumi Shimokawa, Masahiro Takagi
    • 学会等名
      57th International conference on the Bioscience of lipids
    • 発表場所
      Le Majestic congress center(Mont Blanc, France)
    • 年月日
      2016-09-04 – 2016-09-08
    • 国際学会
  • [学会発表] 膜ダイナミクスと細胞信号伝達2016

    • 著者名/発表者名
      高木 昌宏、下川 直史
    • 学会等名
      第68回日本細胞生物学会大会
    • 発表場所
      京都テルサ(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-06-15 – 2016-06-17
    • 招待講演
  • [図書] 人工細胞の創製とその応用2017

    • 著者名/発表者名
      下川 直史、高木 昌宏
    • 総ページ数
      215
    • 出版者
      シーエムシー出版
  • [図書] 材料表面の親水・親油の評価と制御設計2016

    • 著者名/発表者名
      下川 直史
    • 総ページ数
      600
    • 出版者
      テクノシステム株式会社
  • [備考] JAIST 高木研究室

    • URL

      http://www.jaist.ac.jp/ms/labs/takagi/index

  • [備考] Naofumi Shimokawa Homepage

    • URL

      https://sites.google.com/site/naofumishimokawa/

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公開日: 2018-01-16  

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