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2015 年度 実績報告書

化学進化を促進する古代金属タンパク質の構築

公募研究

研究領域冥王代生命学の創成
研究課題/領域番号 15H01066
研究機関大阪大学

研究代表者

藤枝 伸宇  大阪大学, 工学(系)研究科(研究院), 助教 (00452318)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
キーワード原始金属酵素 / 自己組織化ペプチド / 小分子活性化
研究実績の概要

本研究では、ペプチドが本質的に持っている凝集特性及びその金属配位能に着目し、触媒活性や反応場としての機能性解明から、ペプチドや簡単なタンパク質をベースとする初期段階生命の形状や機能にアプローチし、当該領域がめざす「冥王代生命学」に新たな切り口を提案する。特に申請者は冥王代において比較的簡単に合成される小さなペプチドと金属イオンの接合による錯体触媒の存在が科学進化を大きく前進させたと考える。
本研究では、β-sheet構造を持つ小さなタンパク質に加え、100°C以上でも安定なアミロイド繊維を形成するオリゴペプチド(鎖長10以下)に対して金属結合部位を導入し、それらの金属結合能と触媒活性を確認する。特に、N、C末端それぞれにAspやHis等の金属配位能を持つアミノ酸残基を導入し、原始金属タンパク質の再現を図る。現代の天然金属タンパク質では未だ見られていないが、錯体化学の観点から見ると、高温下で反応を行えば、第五・六周期の遷移金属を含む種々の金属イオンがアミノ酸残基に結合すると期待される。また、冥王代における熱水等の極限環境における溶存金属の分布は我々の住んでいる温和な環境とは全く異なると考えられることから、様々な金属と設計したペプチド・タンパク質の組み合わせを試すことでその反応性発現機構を検討する。この観点から、β-sheet構造からなる単純なタンパク質を探し、代表例として用いる。不溶性のオリゴペプチドの凝集体と可溶性の短いペプチドおよびβ-sheetタンパク質を調整し、各種分光分析と反応性評価を行った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

β-sheet構造を持つタンパク質としては114からなるキュピンタンパク質を選び、様々な金属イオンが結合できることを証明した。特に、第三周期の遷移金属(V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn)だけでなく第四、五周期の重い遷移金属(Ru, Rh, Pd, Os, Ir, Pt)が結合し、タンパク質骨格を安定化することをしめした。また、それらの結晶構造を決定したところ、明確にアミノ酸残基に配位子非特異的な吸着ではないことが明らかとなり、冥王代における原始金属酵素の可能性を示した。
一方で、アミロイドタンパク質などに見られるコア配列(LVFFA)の末端にAsp, Glu, Hisなどを結合した6-9残基のペプチドを用いるとアミロイド形成が見られた。さらにこのアミロイド形成は二価の銅イオン添加により、促進され、かつESRスペクトルにより、主に特定部位に結合していることが明らかとなった。さらにマイケル付加反応等のC-C結合形成反応を加速することが明らかとなり、年度計画としては良好な進捗を示した。

今後の研究の推進方策

このように、本年度達成された結果をもとに次年度はさらに計画を進展させる。不溶性のオリゴペプチドの凝集体と可溶性の短いペプチドおよびβ-sheetタンパク質それぞれに対してさらに広範囲に検索を行う。それぞれの金属錯体のCO2, HCOOHの還元反応、CO2の水和反応やH2Oの光酸化反応など小分子の活性化反応にも挑戦し、立体選択性を比較しながら最小単位の古代金属酵素復元を目指す。鋳型効果(配列の再現性)を比較し、自己複製能の可否を判別する。これらに加えて、乳酸やアラニン(Ala)を例に取り、エステルおよびアミド結合形成能における立体選択性と鋳型効果に焦点を当て、ポリマー合成反応を検討する。ペプチド合成に用いるアミノ酸についてD体とL体の両者から合成したペプチドを用いて、その立体選択性の発現機構にアプローチする。さらにペプチド配列に含まれるアミノ酸(Gly, Ala, Asp, Val)を混合し、合成を行って配列の再現性を確認する。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Enzyme Repurposing of a Hydrolase as an Emergent Peroxidase upon Metal Binding2015

    • 著者名/発表者名
      Nobutaka FUJIEDA, Jonas SCHATTI, Edward STUTTFELD, Kei OHKUBO, Timm MAIER, Shunichi FUKUZUMI, and *Thomas R. WARD
    • 雑誌名

      Chem. Sci.

      巻: 6 ページ: 4060-4065

    • DOI

      10.1039/C5SC01065A

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 金属を含有するペプチド集積体の構築と特性評価2016

    • 著者名/発表者名
      殿村篤史・藤枝 伸宇・伊東 忍
    • 学会等名
      第96回春季日本化学会年会
    • 発表場所
      同志社大学 京田辺キャンパス(京都府京田辺市)
    • 年月日
      2016-03-26
  • [学会発表] Artificial Metalloenzyme Using Cupin-type Protein2015

    • 著者名/発表者名
      Nobutaka FUJIEDA, Takumi NAKANO, Haruna ICHIHASHI, Hideki SUGIMOTO, and Shinobu ITOH
    • 学会等名
      Japan-Taiwan Bilateral Workshop on Nano-Science 2015
    • 発表場所
      Osaka university (Oaska, Japan)
    • 年月日
      2015-11-13 – 2015-11-16
    • 国際学会
  • [学会発表] 直接配位型人工貴金属酵素の創製2015

    • 著者名/発表者名
      藤枝 伸宇・中野 巧・市橋 春菜・谷口 勇希・杉本 秀樹・伊東 忍
    • 学会等名
      第9回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      熊本大学工学部 黒髪南地区キャンパス(熊本県熊本市)
    • 年月日
      2015-09-10
  • [学会発表] Metalloenzyme Using Cupin Superfaimly Protein as Metal-binding Platform2015

    • 著者名/発表者名
      Nobutaka FUJIEDA, Takumi NAKANO, Haruna ICHIHASHI, Yuma MORIMOTO, Hideki SUGIMOTO, and Shinobu ITOH
    • 学会等名
      17th International Biological Inorganic Chemistry Conference
    • 発表場所
      China National Convention Center (Beijin, China)
    • 年月日
      2015-07-20 – 2015-07-24
    • 国際学会
  • [学会発表] 配位子としてのタンパク質―人工金属酵素創製に向けて―2015

    • 著者名/発表者名
      藤枝伸宇
    • 学会等名
      第52回錯体化学若手の会・近畿支部勉強会
    • 発表場所
      大阪大学吹田キャンパス(大阪府吹田市)
    • 年月日
      2015-05-16
    • 招待講演

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公開日: 2017-01-06  

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