公募研究
先行研究では、胃癌の組織においてクリプティックプロモーター活性化が、ゲノム上のポリコーム複合体の結合標的で起こり、癌特異的な遺伝子産物を本来の発現組織とは異なる胃の癌組織で発現している現象が見られた。しかしながら、この研究では癌細胞以外の混在したバルク組織の解析であったため、結果の解釈が難しかった。本研究では肺癌組織をレーザーマイクロダイセクション法で精密に切り分けてChIPおよびRNAseq解析を行い、同様の現象が他の癌でも起こっているという仮説を検証するとともに、癌細胞そのものの解析を行った。その結果、肺癌の癌部分のプロファイルでもポリコーム複合体の標的が再活性化され、典型的な遺伝子構造とは異なる転写産物が発現していることが確認でき、本研究の大きな目標は、仮説を確認する形で達成できた。転写サイクルプロファイリングではヒストン修飾以外のChIPseq標的の解析も計画していたが、RNAポリメラーゼを含む基本転写因子は手術検体では解析不能であったため、細胞株データとの比較を行い、通常の遺伝子発現と癌特異的に活性化された遺伝子の制御の違いを探索した。昨年度末に新たに次世代シークエンサーが導入され、RNAseq、ChIPseqともにワークフローが大幅に改善し、組織検体のQCステップで解析不可と考えていた症例でもデータの取得が可能となり、レーザーマイクロダイセクションとバイオバンキング検体の解析がより安定して行えるようになった。また、これまで微量検体解析のワークフローで問題であったChIPseqの解像度の問題が解決できたことは、本研究以外にも波及する大きな技術的進歩となった。胃癌で見つかったものとは異なる遺伝子群が肺癌では見いだされたため、機能解析と臨床情報の比較などを加えて論文化出来るよう解析を進めている。
28年度が最終年度であるため、記入しない。
次世代シークエンサーNextSeq500の運用を立ち上げ、本研究で開発された臨床検体のRNAseqとChIPseqが他の臨床グループや学外からの委託でも提供できる体制が整えられた。臨床検体へのアクセスの無い基礎系の研究者でも、解析料の支払いで利用できることで、柔軟に対応できる。
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すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 2件、 査読あり 2件) 学会発表 (1件) 備考 (1件)
Science Signaing.
巻: 10 ページ: eaak9397
10.1126/scisignal.aak9397
Genome Research
巻: 26 ページ: 612-623
10.1101/gr.201038.115
http://www.md.tsukuba.ac.jp/tmrc/foundation_core/gb/genome-biology.html
