| 研究領域 | ノンコーディングRNAネオタクソノミ |
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| 研究課題/領域番号 |
15H01472
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
加藤 泰彦 大阪大学, 工学(系)研究科(研究院), 助教 (60415932)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | ノンコーディングRNA / 性決定 / ミジンコ / ダブルセックス遺伝子 |
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| 研究実績の概要 |
本研究では、環境依存的に性が決定されるミジンコで、オスの性決定遺伝子 dsx1 のプロモーター領域から dsx1 と同様にオス特異的に転写され dsx1 を活性化する lncRNA、DAPALR の解析を行った。
これまでに、oligo dT primer を用いた 3’RACE により、DAPALR は 5’UTR をコードする noncoding exon と、coding exon の間で転写が止まることを見出していた。しかし、DAPALR の 3’ 末端に相当するゲノム配列に A が連続する配列が認められたため、実際にはより下流まで RNA が転写され、oligo dT が RNA 内部の A の連続配列に結合した可能性が生じた。そこで、3’RACE に oligo dT primer を利用せず、RNA の3’末端にアダプターを付加し、このアダプターを認識する primer を用いて以下の方法で 3’RACE を再度行った。
第一にオス個体から total RNA を抽出し、poly(A) 鎖を含む RNA と含まない RNA に分画し、DAPALR の存在比を定量 PCR により解析を行い、DAPALR には poly(A) 鎖が付加されていないことを見出した。第二に、DAPALR に特異的なビオチン化オリゴで DAPALR を精製した。第三に、精製した DAPALR の3’末端にアダプターを付加し、3’RACE を行った。その結果、DAPALR の3’末端は、以前と場所は異なるが以前と同様に noncoding exon と coding exon の間であることが明らかなった。
一方でミジンコ個体における DAPALR の発現部位、発現細胞における細胞内局在を解析するために、領域の支援を受け in situ hybridization の条件検討を行った。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
当初の予定とは異なり DAPALR の 3’末端配列の解析を行ったため、ミジンコ個体内での DAPALR の発現部位を明らかにすることができなかった。
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| 今後の研究の推進方策 |
in situ hybridization により発現領域を明らかにするとともに、当初の計画通り DAPALR への結合タンパク質の解析を進める。
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