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2015 年度 実績報告書

蛋白質の構造変化を自在に操作する技術の創出‐トランスポーターへの応用‐

公募研究

研究領域動的構造生命科学を拓く新発想測定技術-タンパク質が動作する姿を活写する-
研究課題/領域番号 15H01625
研究機関東北大学

研究代表者

鎌形 清人  東北大学, 多元物質科学研究所, 助教 (90432492)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
キーワード一分子計測 / 蛋白質 / 操作
研究実績の概要

蛋白質の折り畳みや機能を調べる方法の一つとして、蛋白質の構造が動く様子を単分子レベルで可視化する方法が提案されてきた。しかし、従来の単分子蛍光装置には、観測時間や色素間距離などに制限があるため、生物学上の重要な蛋白質への応用は限定されている。本研究は、ターゲットとなる蛋白質に従来法で用いる蛍光色素の代わりに金ナノ粒子を使用し、金ナノ粒子-蛋白質複合体を作成し、計測をすることを目的とした。
まず、白色光源による全反射照明の光学系と高感度カメラを組み合わせ、全反射暗視野顕微鏡の開発を行った。対物レンズの下に配置した穴あきミラーによって、入射光を反射し、対物レンズに導入した。金ナノ粒子からの散乱光を穴あきミラーを通してカメラで検出した。全反射暗視野顕微鏡の性能を評価するため、ガラス基板に様々な大きさの金ナノ粒子を固定し、その散乱光を検出した。
次に、金ナノ粒子-生体分子複合体の作成する方法を検討した。生体分子としてDNAを選び、2種類の金ナノ粒子-DNA複合体を作成した。DNAの部分を結合させ、電気泳動で精製し、2つの金ナノ粒子と1つのDNAの複合体を作成した。この際、金ナノ粒子の凝集が問題となったため、表面のコーティング剤を検討した。電子顕微鏡を用いて、金ナノ粒子-DNA複合体の検証を行ったが、2種類の金ナノ粒子-DNA複合体の作成頻度は低いことが分かった。今後、2種類の金ナノ粒子-DNA複合体の作成頻度を上げる必要がある。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

本研究では、ターゲットとなる蛋白質に従来法で用いる蛍光色素の代わりに金ナノ粒子を使用し、金ナノ粒子-蛋白質複合体を作成し、計測をすることを目指した。本年度は、全反射暗視野顕微鏡の開発に着手し、金ナノ粒子-蛋白質複合体の作成に取り組んだ。
まず、金ナノ粒子-蛋白質複合体からのプラズモン散乱を検出するための装置開発に成功した。具体的には、白色光源による全反射照明の光学系と高感度カメラを組み合わせ、全反射暗視野顕微鏡の開発を行った。対物レンズの下に配置した穴あきミラーによって、入射光を反射し、対物レンズのに導入した。金ナノ粒子からの散乱光を穴あきミラーを通してカメラで検出した。全反射暗視野顕微鏡の性能を評価するため、ガラス基板に様々な大きさの金ナノ粒子を固定し、その散乱光を検出した。
次に、金ナノ粒子-生体分子複合体の作成する方法の確立を目指した。生体分子としてDNAを選び、2種類の金ナノ粒子-DNA複合体を作成した。DNAの部分を結合させ、電気泳動で精製し、2つの金ナノ粒子と1つのDNAの複合体を作成した。この際、金ナノ粒子の凝集が問題となったため、表面のコーティング剤を検討した。電子顕微鏡を用いて、金ナノ粒子-DNA複合体の検証を行ったが、2種類の金ナノ粒子-DNA複合体の作成頻度は低いことが分かった。今後、金ナノ粒子-生体分子複合体の作成は、生体分子ごとに作成方法を検討する必要があり、サンプル作りにより多くの研究時間をかける必要があることが分かった。

今後の研究の推進方策

H26年度に引き続き、金ナノ粒子-生体分子複合体の作成方法を検討する。まず、2種類の金ナノ粒子-DNA複合体の作成法を確立する。金ナノ粒子の凝集が問題となっていたため、様々な金ナノ粒子表面のコーティング剤を検討する。電気泳動や電子顕微鏡を用いて、金ナノ粒子-DNA複合体の検証を行い、複合体の作成頻度を向上させる。次に、モデル蛋白質として、ポリプロリンを選び、金ナノ粒子-ポリプロリン複合体を作成する。金ナノ粒子とポリプロリンの結合には、ビオチン-ニュートラアビジンやNi-NTAとヒスチジンタグの反応を利用する。ニュートラアビジン、または、Ni-NTAで修飾した金ナノ粒子を作成する。ポリプロリンとニュートラアビジン及びNi-NTA修飾金ナノ粒子を混合し、金ナノ粒子-ポリプロリン複合体を作成する。
次に、開発した全反射暗視野顕微鏡を用いて、金ナノ粒子-DNA複合体や金ナノ粒子‐ポリプロリン複合体からのプラズモン散乱を観測する。長さの異なるDNAやポリプロリンを用いて、緑色と赤色のプラズモン散乱の比が変化することを確かめる。さらに、剛直なDNAをコントロールとして、ポリプロリンのプロリンの異性化に伴う構造変化をリアルタイムで観測する。
最後に、生体分子を外部から操作するため、金ナノ粒子間に力を発生させる光学系を作成する。外部の力に応答する生体分子の構造変化を観測し、動きと機能の関係を明らかにする。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (16件) (うち招待講演 6件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [雑誌論文] One-dimensional sliding of p53 along DNA is accelerated in the presence of Ca2+ or Mg2+ at millimolar concentrations2015

    • 著者名/発表者名
      Murata A., Ito Y., Kashima R., Kanbayashi S., Nanatani K., Igarashi C., Okumura M., Inaba K., Tokino T., Takahashi S. and Kamagata K.
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol.

      巻: 427 ページ: 2663-2678

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2015.06.016

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Complexity of the Folding Transition of the B domain of Protein A Revealed by the High-Speed Tracking of Single-Molecule Fluorescence Time Series2015

    • 著者名/発表者名
      Oikawa, H., Kamagata, K., Arai, M., Takahashi S.
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 119 ページ: 6081-6091

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.5b00414

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Where the complex things are: single molecule and ensemble spectroscopic investigations of protein folding dynamics2015

    • 著者名/発表者名
      Tkahahshi S., Kamagata K., Oikawa H.
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 36 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2015.11.006

    • 査読あり
  • [学会発表] 一分子蛍光顕微鏡によるp53の標的DNA認識の直接観察2016

    • 著者名/発表者名
      伊藤優志、村田崇人、坂本清志、七谷圭、和田健彦、高橋聡、鎌形清人
    • 学会等名
      第4回天然変性タンパク質計算化学研究会
    • 発表場所
      御殿場高原時之栖(静岡県御殿場市)
    • 年月日
      2016-01-07 – 2016-01-09
  • [学会発表] DNA結合蛋白質の機能解析のためのDNA整列固定法「DNAガーデン」の開発2015

    • 著者名/発表者名
      五十嵐千裕、村田崇人、伊藤優志、高橋聡、鎌形清人
    • 学会等名
      アライアンス若手交流会
    • 発表場所
      九州大学(福岡県福岡市)
    • 年月日
      2015-11-16 – 2015-11-17
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA結合蛋白質の機能解析のためのDNA整列固定法「DNAガーデン」の開発2015

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      2015アライアンスG3分科会
    • 発表場所
      大阪大学(大阪府大阪市)
    • 年月日
      2015-11-12 – 2015-11-13
    • 招待講演
  • [学会発表] 一分子蛍光観測法によるがん抑制蛋白質p53のスライディング運動の解明2015

    • 著者名/発表者名
      村田崇人、伊藤優志、五十嵐千裕、Dwiky Subekti Rendra Graha、高橋聡、鎌形清人
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [学会発表] DNA結合蛋白質の単分子蛍光観察のためのDNA整列技術の開発2015

    • 著者名/発表者名
      五十嵐千裕、村田崇人、高橋聡、鎌形清人
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [学会発表] Observation of the Search Dynamics of p53 Mutants for the Target DNA Sequence by Single-molecule Fluorescence Microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Itoh, Agato Murata, Seiji Sakamoto, Kei Nanatani, Takehiko Wada, Satoshi Takahashi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [学会発表] Target search process of a tumor suppressor p53 revealed by single-molecule fluorescence microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
    • 招待講演
  • [学会発表] がん抑制蛋白質p53の標的DNA配列探索運動の単分子蛍光観測2015

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      第3回生体分子サイエンスセミナー
    • 発表場所
      東京工業大学(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2015-08-31 – 2015-08-31
    • 招待講演
  • [学会発表] Observation of the Search Dynamics of p53 Mutants for the Target DNA Sequence by Single-molecule Fluorescence Microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Itoh, Agato Murata, Seiji Sakamoto, Kei Nanatani, Takehiko Wada, Satoshi Takahasi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      Tohoku University’s Chemistry Summer School 2015
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2015-08-26 – 2015-08-29
  • [学会発表] Investigation of the Roles of the Intrinsically Disordered Region of a Tumor Suppressor p53 in the DNA Binding2015

    • 著者名/発表者名
      Dwiky Rendra Graha Subekti, Agato Murata, Chihiro Igarashi, Yuji Ito, Satoshi Takahashi and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      Tohoku University's Chemistry Summer School 2015
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2015-08-26 – 2015-08-29
  • [学会発表] 単分子蛍光顕微鏡によるがん抑制蛋白質p53の標的DNA探索過程の観察2015

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      金沢大学理工研究域&バイオAFM先端研究センター・セミナー
    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-08-20 – 2015-08-20
    • 招待講演
  • [学会発表] Target DNA search of a tumor suppressor p53 revealed by single-molecule fluorescence microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Agato Murata, Yuji Itoh, Chihiro Igarasi, Satoshi Takahashi and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      KAKENHI International Symposium on “Studying the Function of Soft Molecular Systems”
    • 発表場所
      科学未来館(東京都港区)
    • 年月日
      2015-07-09 – 2015-07-11
  • [学会発表] 一分子蛍光観測法によるがん抑制蛋白質p53のスライディング運動の解明2015

    • 著者名/発表者名
      村田崇人・伊藤優志・五十嵐千裕・高橋聡・鎌形清人
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24 – 2015-06-26
  • [学会発表] 一分子蛍光顕微鏡によるp53変異体の標的配列探索ダイナミクスの観察2015

    • 著者名/発表者名
      伊藤優志・村田崇人・坂本清志・七谷圭・和田健彦・高橋聡・鎌形清人
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24 – 2015-06-26
  • [学会発表] Investigation of the Role of Intrinsically Disordered Region in p53 Using Single Molecule Fluorescence Microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      Dwiky Rendra Graha Subekti, Agato Murata, Chihiro Igarashi, Yuji Ito, Satoshi Takahashi, and Kiyoto Kamagata
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24 – 2015-06-26
  • [学会発表] がん抑制蛋白質p53の標的DNA配列探索運動の単分子蛍光観測2015

    • 著者名/発表者名
      鎌形清人
    • 学会等名
      応用微生物学セミナー
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2015-05-19 – 2015-05-19
    • 招待講演
  • [学会・シンポジウム開催] The challenge of experimentalists and theorists for the protein and nucleic acid system2015

    • 発表場所
      金沢大学(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15

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公開日: 2018-01-16  

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