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2016 年度 実績報告書

プレフォルディン-2型シャペロニンシステムのダイナミクスとフォールディング機構

公募研究

研究領域生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現
研究課題/領域番号 16H00753
研究機関東京農工大学

研究代表者

養王田 正文  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (50250105)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
キーワードシャペロニン / プレフォルディン / シャペロン / フォールディング
研究実績の概要

好熱性真菌Chaetomium thermophilum由来プレフォルディン(CtPFD)の大腸菌での発現系を構築した。C. thermophilumのmRNAから合成したcDNAを鋳型として用い、CtPFD各サブユニット遺伝子をPCRでクローニングした。また、PFD3の末端にStrep-tagを付加した。それぞれのサブユニット遺伝子をpETベクターに導入して構築した発現プラスミドで大腸菌を形質転換し、各サブユニットの大量生産系を構築した。各サブユニットを発現する大腸菌の菌体破砕液を尿素変性させ、発現したサブユニットがほぼ等量になるように混合し、段階透析を行うことによりCtPFDオリゴマーの再構成を行った。Strep-tag を用いたアフィニティークロマトグラフィーを行った後、サイズ排除クロマトグラフィーにより精製を行った。MALDI-TOF-MS 解析を行ったところ、6種類のサブユニットの分子量に対応するピークが観測された。しかし、一部のサブユニットが欠損したCtPFD複合体の存在が確認され、SDS-PAGEでPFD2とPFD6の分離が困難なため、SDS-PAGEで組成を確認できないという問題があった。そこで、PFD2のC末端にHis-tagを付加し、2種類のアフィニティークロマトグラフィーによる精製とSDS-PAGEによる識別を可能とした。クエン酸合成酵素の熱凝集抑制能を有さず、アクチンの捕捉能を確認した。また、C. thermophilum 由来CCT(CtCCT)において表面に存在するCysを除去し、Helical Protrusionの先端にCysを付加した変異体を大腸菌で構築し、X線一分子追跡法(DXT)で運動を解析し、古細菌型と同様に回転運動することを明らかにした。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

C. thermophilum由来プレフォルディン(CtPFD)の発現、精製及び機能解析に成功した。また、C. thermophilum由来CCT (CtCCT)のX線一分子追跡法(DXT)による解析も行った。これまで不可能であった真核生物由来プレフォルディン及びCCTの構造・機能及び協調作用機構を可能とする重要な成果である。

今後の研究の推進方策

昨年度までに構築した好熱性真菌Chaetomium thermophilum由来プレフォルディン(CtPFD)と2型シャペロニン(CtCCT)の大腸菌での組換え体生産系を用いて真核生物型プレフォルディンー2型シャペロニンシステムのダイナミクスとタンパク質フォールディング機構の解明を行う。CtCCTのATP依存的構造変化機構をX線一分子追跡法(DXT)で解析する。さらに、ビアコアと高速AFMを用いてCtPFDとCtCCTの相互作用機構の解析を行う。高速AFMによる解析は熊本大学発生医学研究所小椋光教授との共同研究で行う。予備実験で、AFMでCtPFDとCtCCTの複合体の観察に成功しており、高速AFMでその結合と解離の過程を観察する。ビアコアでは、解離と結合の速度論的解析を行う。真核生物学プレフォルディンと2型シャペロニンは多数のサブユニットから構成される複雑な構造をしてることから、それぞれのサブユニットの機能の解明が重要である。いずれも精密な構造は解明されていないことから、X線結晶構造解析を目指した結晶化を進める。また、スペイン高等科学研究院のValpuesta教授との共同研究でCtPFD-CtCCT複合体の構造をCryo電子顕微鏡により解析する。複合体形成におけるそれぞれのサブユニットの相関係を明らかにするために、クロスリンク実験により相互作用するサブユニットのペアを特定する。また、それぞれの分子構造解明のためにX線結晶構造解析を行う。タンパク質フォールディングについては、最も主要な基質であるアクチンを材料として、CtPFDからCtCCTへの受け渡しとフォールディング機構を解析する。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2017 2016

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 4件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 4件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Crystal structures of highly simplified BPTIs provide insights into hydration-driven increase of unfolding enthalpy2017

    • 著者名/発表者名
      M. M. Islam, M. Yohda, S. I. Kidokoro, Y. Kuroda
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 7 ページ: 41205

    • DOI

      10.1038/srep41205

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Olfactory receptor accessory proteins play crucial roles in receptor function and gene choice2017

    • 著者名/発表者名
      R. Sharma, Y. Ishimaru, I. Davison, K. Ikegami, M. S. Chien, H. You, Q. Chi, M. Kubota, M. Yohda, M. Ehlers, H. Matsunami
    • 雑誌名

      Elife

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • DOI

      10.7554/eLife.21895

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Split luciferase complementation assay for the analysis of G protein-coupled receptor ligand response in Saccharomyces cerevisiae2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Fukutani, J. Ishii, A. Kondo, T. Ozawa, H. Matsunami, M. Yohda
    • 雑誌名

      Biotechnol. Bioeng.

      巻: 114 ページ: 1354-1361

    • DOI

      10.1002/bit.26255

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A method of expression for an oxygen-tolerant group III alcohol dehydrogenase from Pyrococcus horikoshii OT32017

    • 著者名/発表者名
      C. Sugimoto, K. Takeda, Y. Kariya, H. Matsumura, M. Yohda, H. Ohno, N. Nakamura
    • 雑誌名

      J. Biol. Inorg. Chem.

      巻: 482 ページ: 700-705

    • DOI

      10.1007/s00775-017-1439-2

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expression and characterization of the Plasmodium translocon of the exported proteins component EXP22016

    • 著者名/発表者名
      K. Hakamada, H. Watanabe, R. Kawano, K. Noguchi, M. Yohda
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 482 ページ: 751-764

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2016.11.097

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Characterization of group II chaperonins from an acidothermophilic archaeon Picrophilus torridus2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Y. Yamamoto, K. Tsuchida, K. Noguchi, N. Ogawa, H. Sekiguchi, Y. C. Sasaki, M. Yohda
    • 雑誌名

      FEBS Open Bio.

      巻: 6 ページ: 751-764

    • DOI

      10.1002/2211-5463.12090

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Improvement of enantioselectivity of the B-type halohydrin hydrogen-halide-lyase from Corynebacterium sp. N-10742016

    • 著者名/発表者名
      F. Watanabe, F. Yu, A. Ohtaki, Y. Yamanaka, K. Noguchi, M. Odaka, M. Yohda
    • 雑誌名

      J. Biosci. Bioeng.

      巻: 122 ページ: 270-275

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2016.02.003

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural and functional characterization of aspartate racemase from the acidothermophilic archaeon Picrophilus torridus,2016

    • 著者名/発表者名
      T. Aihara, T. Ito, Y. Yamanaka, K. Noguchi, M. Odaka, M. Sekine, H. Homma, M. Yohda
    • 雑誌名

      Extremophiles

      巻: 20 ページ: 385-393

    • DOI

      10.1007/s00792-016-0829-7

  • [雑誌論文] Contribution of the C-Terminal Region of a Group II Chaperonin to its Interaction with Prefoldin and Substrate Transfer2016

    • 著者名/発表者名
      T. Zako, M. Sahlan, S. Fujii, Y. Y. Yamamoto, P. T. Tai, K. Sakai, M. Maeda M, M. Yohda
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol.

      巻: 428 ページ: 2405-2417

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2016.04.006

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Catalytic Mechanism of Nitrile Hydratase Subsequent to Cyclic Intermediate Formation: A QM/MM Study2016

    • 著者名/発表者名
      M. Kayanuma, M. Shoji, M. Yohda, M. Odaka, Y. Shigeta
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B.

      巻: 120 ページ: 3259-3266

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.5b11363

    • 査読あり
  • [学会発表] 好熱性真菌Chaetomium thermophilum由来プレフォルディンの機能構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      養王田 正文、森田 健斗、山本 陽平、宇野 祐子、野口 恵一
    • 学会等名
      第11回臨床ストレス応答学会
    • 発表場所
      山口大学医学部霜仁会館、宇部
    • 年月日
      2016-11-12
  • [学会発表] 真核生物型プレフォルデイン-グループII型シャペロニンシステムのタンパク質フォールディング機能2016

    • 著者名/発表者名
      養王田正文、山本陽平、宇野裕子、森田健斗、野口恵一
    • 学会等名
      第89回 日本生化学会大会
    • 発表場所
      仙台国際センター、仙台
    • 年月日
      2016-09-26
  • [学会発表] Protein Folding Mechanism of Prefoldin - Group II Chaperonin System Revealed by the Study on That from Hyperthermophilic Archaea2016

    • 著者名/発表者名
      Masafumi Yohda, Kohei Y.Yamamoto, Tamotsu Zako
    • 学会等名
      Extremophiles2016 -11th International Congress in Extremophiles-
    • 発表場所
      Kyoto University Clock Tower Centennial Hall, Kyoto
    • 年月日
      2016-09-16
    • 国際学会
  • [学会発表] Functional Expression of Olfactory Receptors in Yeast for The Development of Odorant Sensor2016

    • 著者名/発表者名
      Masafumi Yohda, Yosuke Fukutani
    • 学会等名
      INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOMEDICAL ENGINEERING
    • 発表場所
      The Margo Hotel, Depok Indonesia
    • 年月日
      2016-05-30
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] EXPRESSION, PURIFICATION, CHARACTERIZATION AND CRYSTALLIZATION OF THE MOLECULAR CHAPERONE PREFOLDIN FROM CHAETOMIUM THEMOPHILUM2016

    • 著者名/発表者名
      Masafumi Yohda, Kento Morita, Yohei Y Yamamoto, Ayaka Hori, Yuko Uno, Keiichi Noguchi
    • 学会等名
      PROTEIN HOMEOSTASIS IN HEALTH & DISEASE
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor Laboratory, USA
    • 年月日
      2016-04-20
    • 国際学会
  • [学会発表] EXPRESSION, PURIFICATION, AND CHARACTERIZATION OF THE GROUP II CHAPERONIN CCT FROM CHAETOMIUM THEMOPHILUM2016

    • 著者名/発表者名
      Yohei Y Yamamoto、Eiryo Sha、Yuko Uno、Kentaro Ikegami、Keiichi Noguchi, Naoshi Dohmae, Hiroshi Sekiguchi, Yuji C Sasaki, Masafumi Yohda
    • 学会等名
      PROTEIN HOMEOSTASIS IN HEALTH & DISEASE
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor Laboratory, USA
    • 年月日
      2016-04-19
    • 国際学会

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公開日: 2018-01-16  

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