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2016 年度 実績報告書

リポクオリティと膜蛋白質の相互作用のNMR解析法の開発

公募研究

研究領域脂質クオリティが解き明かす生命現象
研究課題/領域番号 16H01368
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

大澤 匡範  慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 教授 (60361606)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
キーワード膜タンパク質 / 脂質二重膜 / 脂質 / 相互作用 / NMR / ナノディスク
研究実績の概要

膜蛋白質の構造・機能は、しばしばアラキドン酸(AA)などの脂質二重層内の微量脂質により調節される。その機構の解明には、機能発現の場である脂質二重膜内での構造生物学的解析が必須であるが、従来法では困難であった。我々は、脂質二重膜中の蛋白質の溶液NMR解析のために、MSP1というリポ蛋白質で脂質二重膜を円盤状に取り囲んだナノディスクへ膜蛋白質を再構成したNMR試料調製法を確立したが、MSP1のサイズがディスクサイズを規定するため、特定のサイズの蛋白質しか再構成できなかった。そこで本研究では、複数分子が会合することによってサイズ可変のナノディスクを形成できるNanodisc Scaffold Peptide (NSP)を用いて、個々の蛋白質に適した各種サイズを有し特定の微量脂質を目的の量を含有するナノディスク調製法を確立することを目的とした。
本年は、37残基からなるNSPのN末端にHisタグと、HRV3C酵素切断部位を付加した発現系を作成し、大腸菌を宿主として大量発現・精製法の確立を試みた。その結果、目的タンパク質は不溶性画分に発現していたため、界面活性剤を添加したところ、不溶画分から可溶画分に移行したことから、大腸菌で発現させたNSPは脂質結合活性をもつことが示唆された。この可溶画分をNi-アフィニティカラムに吸着させ、界面活性剤を除去した上でカラムから溶出させたところ、高純度のHis-NSPが、大腸菌1L培養あたり約5 mgと非常に高い収量で得られた。この試料を濃縮し、HRV3Cプロテアーゼで切断した上で、HPLC精製を行い、高純度のNSPを得ることに成功した。
得られたNSPを用いて、8回膜貫通型膜タンパク質複合体をナノディスクに再構成した。その結果、ゲルろ過によりディスクの形成は確認できたものの、膜タンパク質が再構成されたディスクの割合が非常に低かった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

NSPは、これまで化学合成により調製されていたが、膜タンパク質の再構成には大量のNSPを必要とするため、また、NMR解析には重水素標識を施す必要があるため、低コストで十分量のNSPを得るために大腸菌での大量発現・精製法の確立を試みた。しかし、脂質結合能を有するNSPは、大腸菌を破砕して取り出そうとすると、大腸菌由来の脂質と結合してしまい、精製が困難を極めた。脂質除去法を確立したことで収量がある程度確保できるようになり、最終的にナノディスクの再構成に成功したことから、紆余曲折はあったものの、初年度は概ね順調に進展したと言える。

今後の研究の推進方策

まず、大腸菌で発現したNSPの精製時に、脂質除去法の改善を行い、収率を最大化する。その上で、各種サイズの膜タンパク質を再構成し、再構成効率、粒子サイズの均一性、ナノディスクの安定性、NMRスペクトルの質などの性状解析を行う。また、調製したナノディスク内の脂質組成を分析し、膜タンパク質と相互作用する微量脂質が、目的量含まれているかどうか解析することにより、目的の脂質組成のナノディスク調製法を確立する。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 11件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Dynamic regulation of GDP binding to G proteins revealed by magnetic field-dependent NMR relaxation analyses2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Toyama, Hanaho Kano, Yoko Mase, Mariko Yokogawa, Masanori Osawa, Ichio Shimada
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 8 ページ: 14523

    • DOI

      10.1038/ncomms14523

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Disulfide mapping the voltage-sensing mechanism of a voltage-dependent potassium channel2016

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Nozaki, Shin-ichiro Ozawa, Hitomi Harada, Tomomi Kimura, Masanori Osawa, Ichio Shimada
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 6 ページ: 37303

    • DOI

      10.1038/srep37303

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Dynamic regulation of GDP binding to G proteins revealed by magnetic field-dependent NMR relaxation analyses2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Toyama, Hanaho Kano, Yoko Mase, Mariko Yokogawa, Masanori Osawa, Ichio Shimada
    • 学会等名
      58th Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference
    • 発表場所
      Asilomar Conference Grounds, Pacific Grove, California, USA
    • 年月日
      2017-03-26 – 2017-03-31
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural mechanism underlying the millisecond gating of K+ channel2017

    • 著者名/発表者名
      Yuta Iwahashi, Yuki Toyama, Shunsuke Imai, Masanori Osawa, Ichio Shimada
    • 学会等名
      58th Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference
    • 発表場所
      Asilomar Conference Grounds, Pacific Grove, California, USA
    • 年月日
      2017-03-26 – 2017-03-31
    • 国際学会
  • [学会発表] Developments and applications of multiple quantum NMR methods to characterize functional dynamics of high molecular weight proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Yuki Toyama, Hanaho Kano, Yoko Mase, Mariko Yokogawa, Masanori Osawa, Ichio Shimada
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular mechanism of the ATP-dependent modulation of the Mg2+ channel MgtE for Mg2+ homeositasis2016

    • 著者名/発表者名
      Atsuhiro Tomita, Mingfeng Zhang, Hironori Takeda, Fei Jin, Tatsuro Maruyama, Masanori Osawa, Ryuichiro Ishitani, Ichio Shimada, Zhiqiang Yan, Motoyuki Hattori, Osamu Nureki
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural basis for the inhibition of voltage-dependent K+ channel by gating modifier toxin2016

    • 著者名/発表者名
      Masanori Osawa, hin-ichiro Ozawa, Tomomi Kimura, Tomohiro Nozaki, Hitomi Harada, Ichio Shimada
    • 学会等名
      The 42nd Naito Conference
    • 発表場所
      シャトレーゼガトーキングダム(北海道札幌市)
    • 年月日
      2016-10-04 – 2016-10-07
    • 国際学会
  • [学会発表] Gating modifier toxinによる電位依存性K+チャネル阻害の構造基盤2016

    • 著者名/発表者名
      大澤匡範
    • 学会等名
      第60回日本薬学会関東支部大会
    • 発表場所
      東京大学(東京都文京区)
    • 年月日
      2016-09-17
    • 招待講演
  • [学会発表] Functional Roles of Mg2+-Binding Sites in Mg2+-Dependent Gating of an Mg2+ Channel, MgtE,Revealed by NMR2016

    • 著者名/発表者名
      Tatsuro Maruyama, Shunsuke Imai, Motoyuki Hattori, Ryuichiro Ishitani, Osamu Nureki, Ichio Shimada, Masanori Osawa
    • 学会等名
      The 27th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • 発表場所
      京都国際会議場(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-08-21 – 2016-08-25
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural Basis for the Inhibition of Voltage-dependent K+ Channel by Gating Modifier Toxin2016

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichiro Ozawa, Tomomi Kimura, Tomohiro Nozaki, Hitomi Harada, Ichio Shimada, Masanori Osawa
    • 学会等名
      The 27th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • 発表場所
      京都国際会議場(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-08-21 – 2016-08-25
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural Characterization of PABP Multimerization on Poly(A) Tail2016

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Sawazaki, Shunsuke Imai, Mariko Yokogawa, Yoko Usui, Takeru Sagae, Shin-ichi Hoshino, Ichio Shimada, Masanori Osawa
    • 学会等名
      The 27th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • 発表場所
      京都国際会議場(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-08-21 – 2016-08-25
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural Basis for Voltage-Sensing Mechanism of a Voltage-Dependent Potassium Channel2016

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Nozaki, Shin-ichiro Ozawa, Hitomi Harada, Tomomi Kimura, Masanori Osawa, Ichio Shimada
    • 学会等名
      The 27th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • 発表場所
      京都国際会議場(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-08-21 – 2016-08-25
    • 国際学会
  • [学会発表] NMR Method for Characterizing Microsecond-to-Millisecond Chemical Exchanges Utilizing2016

    • 著者名/発表者名
      Yuki Toyama, Masanori Osawa, Mariko Yokogawa, Ichio Shimada
    • 学会等名
      The 27th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • 発表場所
      京都国際会議場(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-08-21 – 2016-08-25
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural basis for the inhibition of voltage-dependent K+ channel by gating modifier toxin2016

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichiro Ozawa, Tomomi Kimura, Tomohiro Nozaki, Hitomi Harada, Ichio Shimada, Masanori Osawa
    • 学会等名
      International and Interdisciplinary Symposium 2016
    • 発表場所
      東京医科歯科大学(東京都文京区)
    • 年月日
      2016-07-11 – 2016-07-13
    • 国際学会
  • [学会発表] NMR Method for Characterizing Microsecond-to-Millisecond Chemical Exchanges Utilizing Differential Multiple-Quantum Relaxation in High Molecular Weight Protein2016

    • 著者名/発表者名
      Yuki Toyama, Masanori Osawa, Mariko Yokogawa, Ichio Shimada
    • 学会等名
      第16回東京大学生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学(東京都文京区)
    • 年月日
      2016-04-23
  • [備考] 慶應義塾大学 薬学部・薬学研究科 生命機能物理学

    • URL

      http://www.pha.keio.ac.jp/research/mfp/index.html

URL: 

公開日: 2018-01-16  

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