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2017 年度 実績報告書

周辺情報に着目した細胞内画像中の粒子計数と追跡

公募研究

研究領域共鳴誘導で革新するバイオイメージング
研究課題/領域番号 16H01435
研究機関名城大学

研究代表者

堀田 一弘  名城大学, 理工学部, 教授 (40345426)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
キーワード細胞内画像処理
研究実績の概要

本年度は細胞核と細胞膜のセグメンテーションの研究に取り組んだ。細胞内画像処理ではEncoder-Decoder Convolutional Neural Networkの一種であるU-netという方法の有効性が示されている。U-netはEncoder部分の特徴量をDecorder部分でも再利用することにより、精度を高める方法である。しかし、形状が異なる細胞核と細胞膜を1つのU-netを用いて同時にセグメンテーションする場合、どうしても精度が低下してしまう。そこで、U-netのDecoder部分を改良し、細胞膜、細胞核、背景の3つの2クラス識別を行ってから3クラスのセグメンテーションを行うことににした。これにより、セグメンテーションの精度を改良した。
また、Generative Adversarial Networkの発展版であるpix2pixという方法を基に細胞核と細胞膜のセグメンテーションを行う研究も行った。pix2pixはGeneratorとDiscriminatorを競い合わせながら精度を高める方法であり、画像間の変換を学習することができる。顕微鏡画像と専門家が作成したセグメンテーション結果をpix2pixで学習させれば、画像からセグメンテーション結果への変換を学習できることになる。オリジナルのpix2pixを用いて複数解像度を用い、それらの結果を統合する方法や、生成器と識別器に工夫を加えることによりセグメンテーションの精度を高めた。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2018 2017

すべて 学会発表 (4件) (うち国際学会 3件)

  • [学会発表] Segmentation of Cell Membrane and Nucleus by Improving Pix2pix2018

    • 著者名/発表者名
      M.Sato, K.Hotta, A.Imanishi, M.Matsuda and K.Terai
    • 学会等名
      International Conference on Bio-inspired Systems and Signal Processing (BIOSIGNALS2018)
    • 国際学会
  • [学会発表] Segmentation of Cell Membrane and Nucleus Using Branches with Different Roles in Deep Neural Network2018

    • 著者名/発表者名
      T.Murata, K.Hotta, A.Imanishi, M.Matsuda and K.Terai
    • 学会等名
      International Conference on Bio-inspired Systems and Signal Processing (BIOSIGNALS2018)
    • 国際学会
  • [学会発表] Segmentation of cell membrane and cell nucleus Using pix2pix of Local Regions2017

    • 著者名/発表者名
      M.Sato, K.Hotta, A.Imanishi, M.Matsuda and K.Terai
    • 学会等名
      International Symposium on Imaging Frontier(ISIF2017)
    • 国際学会
  • [学会発表] ライブイメージングに資する4次元ヒストロジーの創生2017

    • 著者名/発表者名
      今西彩子、佐藤雅也、寺井健太、隅山健太、堀田一弘、松田道行
    • 学会等名
      日本細胞生物学会大会

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公開日: 2018-12-17  

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