• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2017 年度 実績報告書

スパースモデリングによる電顕単粒子構造解析の迅速・高分解能化

公募研究

研究領域スパースモデリングの深化と高次元データ駆動科学の創成
研究課題/領域番号 16H01562
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

佐藤 主税  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究グループ長 (00357146)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
キーワード蛋白質 / ナノバイオ / 脳・神経 / 電子顕微鏡 / アルゴリズム
研究実績の概要

我々生体内の機能分子の主役は様々な種類のタンパク質である。そのため、薬はタンパク質に結合してその機能を調整することで働くものが多い。創薬には、タンパク質構造を解明して、薬との結合ポケットの形を決定することが重要なステップの一つである。近年、様々な向きの電顕像から構造決定する単粒子解析法が進歩し、一部のターゲットで原子分解能に到達した。しかし、分解能が低いことも多い。向きの偏りは大きな理由の一つである。ここでは、向きの偏りを、負染色法ではカーボン膜の電荷を調整することで改善し、疎な投影角度の問題はスパースモデリング(SpM)・ベイズ法を応用した画像処理法開発を進めた。負染色法を用い、構造未知なタンパク質の構造決定に関して、北大の前仲グループと共同し、免疫寛容の形成に重要な、HLA/MHCの特殊型(50kDaほど)の初めての構造決定に成功しJournal of Immunology誌に発表した。本研究をさらに進めることは、アレルギー・自己免疫疾患など様々な免疫系の疾患の克服に貢献すると思われる。また、巨大な複合体形成の細胞内観察のために、免疫電顕のための系開発として、院内感染菌の一部と神経初代培養細胞をラベルできる条件を開発した。また、さらなる高分解能に向けてクライオ電顕自体の開発としては、電子線検出で最高感度を有する電子線直接検出カメラを収差補正機Cs correctorと組み合わせインストールすることに成功した。また、DNA折り紙の足場中のイオンチャネルが作用薬と結合することにより、ダイナミックに構造変化する様子をAFMで撮影した。さらに、その構造変化を、画像情報処理によって可視化しAngewandte Chemie誌に発表した。今後は、本開発を基に更なる解析ソフト開発によって、決定される分解能の向上に努めたい。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (8件) (うち招待講演 5件)

  • [雑誌論文] Imaging of immunogold labeling in cells and tissues by helium ion microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Sato Chikara、Sato Mari、Ogawa Shinichi
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Medicine

      巻: 42 ページ: 309-321

    • DOI

      10.3892/ijmm.2018.3604

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Composition and Structure of Biofilms Developed by Propionibacterium acnes Isolated from Cardiac Pacemaker Devices2018

    • 著者名/発表者名
      Okuda Ken-ichi、Nagahori Ryuichi、Yamada Satomi、Sugimoto Shinya、Sato Chikara、Sato Mari、Iwase Tadayuki、Hashimoto Kazuhiro、Mizunoe Yoshimitsu
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 9 ページ: 182 (1-12)

    • DOI

      doi.org/10.3389/fmicb.2018.00182

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] DNA Origami Scaffolds as Templates for Functional Tetrameric Kir3 K+ Channels2018

    • 著者名/発表者名
      Kurokawa Tatsuki、Kiyonaka Shigeki、Nakata Eiji、Endo Masayuki、Koyama Shohei、Mori Emiko、Tran Nam Ha、Dinh Huyen、Suzuki Yuki、Hidaka Kumi、Kawata Masaaki、Sato Chikara、Sugiyama Hiroshi、Morii Takashi、Mori Yasuo
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 57 ページ: 2586~2591

    • DOI

      doi.org/10.1002/anie.201709982

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mutation in ESBL Plasmid from Escherichia coli O104:H4 Leads Autoagglutination and Enhanced Plasmid Dissemination2018

    • 著者名/発表者名
      Poidevin Mickael、Sato Mari、Altinoglu Ipek、Delaplace Manon、Sato Chikara、Yamaichi Yoshiharu
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 9 ページ: 130 (1-11)

    • DOI

      doi: 10.3389/fmicb.2018.00130

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] In-Situ Observation for Formations of Gold Micrometer-Sized Particles in Liquid Phase Using Atmospheric Scanning Electron Microscopy (ASEM).2018

    • 著者名/発表者名
      Y.Matsuno, E.Okonogi, A.Yoshimura, M.Sato and C. Sato.
    • 雑誌名

      Materials Transactions

      巻: 59 ページ: 146-149

    • DOI

      org/10.2320/matertrans.M2017259

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Correlative light-electron microscopy in liquid using?an inverted SEM (ASEM)2017

    • 著者名/発表者名
      Sato Chikara、Kinoshita Takaaki、Memtily Nassirhadjy、Sato Mari、Nishihara Shoko、Yamazawa Toshiko、Sugimoto Shinya
    • 雑誌名

      Methods in Cell Biology

      巻: 140 ページ: 187~213

    • DOI

      doi.org/10.1016/bs.mcb.2017.03.015

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Lipid environment of membrane proteins in cryo-EM based structural analysis2017

    • 著者名/発表者名
      Mio Kazuhiro、Sato Chikara
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 10 ページ: 307~316

    • DOI

      doi.org/10.1007/s12551-017-0371-6

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Atmospheric Scanning Electron Microscope (ASEM) observes the axonal compartmentalization and microtubule formation in neurons.2017

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita Takaaki、Sato Chikara、Nishihara Shoko
    • 雑誌名

      Microscopy and Microanalysis

      巻: 23 ページ: 1298~1299

    • DOI

      10.1017/S1431927617007152

    • 査読あり
  • [学会発表] 電子顕微鏡による親水環境での観察:Cryo-TEMとASEM2018

    • 著者名/発表者名
      佐藤 主税
    • 学会等名
      第13回先端表面技術展・会議
    • 招待講演
  • [学会発表] 親水環境での電子顕微鏡観察:クライオ透過電顕と大気圧走査電顕2018

    • 著者名/発表者名
      佐藤 主税
    • 学会等名
      第123回日本解剖学会総会・全国学術集会
    • 招待講演
  • [学会発表] 大気圧電子顕微鏡ASEMによる組織・細胞の水中迅速観察2017

    • 著者名/発表者名
      佐藤 主税,Memtily Nassirhadjy,山澤 德志子,佐藤 真理,杉本 真也
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第73回学術講演会
  • [学会発表] TEMとSEMによる組織・細胞・タンパク質の親水環境での観察2017

    • 著者名/発表者名
      佐藤 主税
    • 学会等名
      第37回日本骨形態計測学会
    • 招待講演
  • [学会発表] 親水環境での生物試料の電子顕微鏡観察:クライオ電顕と大気圧走査電顕2017

    • 著者名/発表者名
      佐藤 主税
    • 学会等名
      第6回 蛍光イメージングミニシンポジウム
  • [学会発表] 環境型ハイブリッドSEMの基礎と応用2017

    • 著者名/発表者名
      佐藤 主税
    • 学会等名
      第28回電顕サマースクール2017
    • 招待講演
  • [学会発表] Cryo-TEMと大気圧走査電顕(ASEM)による親水環境での観察:タンパク質・細胞・組織を中心として2017

    • 著者名/発表者名
      佐藤 主税
    • 学会等名
      第67回UV/EB研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] Microscopy of Molecular Complexes, Cells and Tissues in Hydrophilic Environments Using Cryo-TEM and ASEM2017

    • 著者名/発表者名
      C.Sato, M.Kawata, M.Ohashi, M.Ikeda, M.Koshino, T.Yamazawa, T.Ebihara, M.Sato, N.Memtily.
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会 第60回記念シンポジウム

URL: 

公開日: 2018-12-17  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi