• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2018 年度 実績報告書

抗腫瘍性マクロライド抗生物質生合成マシナリーのリデザイン

公募研究

研究領域生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学
研究課題/領域番号 17H05434
研究機関東京工業大学

研究代表者

工藤 史貴  東京工業大学, 理学院, 准教授 (00361783)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
キーワードマクロライド抗生物質 / ポリケチド合成酵素 / 酵素エンジニアリング / 生合成 / タンパク質間相互作用 / 酵素構造解析
研究実績の概要

本研究では、抗腫瘍性マクロライド抗生物質FD-891のポリケチド合成酵素(PKS)の触媒ドメイン間の相互作用機構を解明し、その知見を生かしたPKS遺伝子改変によりスターター部位の異なる類縁体を生合成することを目指した。
本研究期間では、スターター部位の生合成に関わるローディングPKSのアシルキャリアープロテイン(ACP)ドメインとアシル基転移酵素(AT)ドメイン、ACPドメインとβ-ケトアシルACP合成酵素(KS)ドメインの相互作用機構を解明するために、分子プローブを用いてクロスリンク反応させた複合体を精製して結晶化を検討した。また、ACPドメインを単独発現させて、単独発現させたATドメインとKSドメインとのクロスリンク反応による複合体化と結晶化を検討した。いずれの条件においても結晶構造解析に供することのできる結晶は得られていないが、クロスリンク反応の効率が複合体サンプルの純度に大きな影響を与えることがわかった。
遺伝子改変による類縁体創製に関しては、FD-891のローディングPKSのATドメインを、前年度に生合成遺伝子クラスターを決定したビルストマイシン生合成に関わるPKSの基質特異性の異なるATドメインと入れ換えた。相同性のある酵素構造情報を基に境目を決定して入れ換えた結果、一炭素増炭した類縁体と二炭素増炭した類縁体を生合成させることに成功した。一方、メトキシ基を導入した類縁体の生合成も検討したが、期待した化合物を得ることができなかった。入れ換えたATドメインがACPドメインと相互作用できない可能性、KSドメインがメトキシ基を導入した中間体を認識できなかった可能性などが考えられる。今後はうまくできなかった原因を明らかにして、それを解消すべき遺伝子改変を行い新たな類縁体を生合成する予定である。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2019 2018

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 1件、 査読あり 8件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] An Engineered Aryl Acid Adenylation Domain with an Enlarged Substrate Binding Pocket2019

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa, F., Miyanaga, A., Kitayama, H., Nakamura, S., Nakanishi, I., Kudo, F., Eguchi, T., Tanabe, G.
    • 雑誌名

      Angew. Chem. Int. Ed.

      巻: 58 ページ: in press

    • DOI

      10.1002/anie.201900318

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis of the nonribosomal codes for nonproteinogenic amino acid selective adenylation enzymes in the biosynthesis of natural products2019

    • 著者名/発表者名
      Fumitaka Kudo, Akimasa Miyanaga and Tadashi Eguchi
    • 雑誌名

      J. Ind. Microbiol. Biotechnol.

      巻: 46 ページ: 515-536

    • DOI

      10.1007/s10295-018-2084-7

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional and structural characterization of IdnL7, an adenylation enzyme involved in incednine biosynthesis2019

    • 著者名/発表者名
      Cieslak, J., Miyanaga, A., Takaishi, M., Kudo, F., Eguchi, T.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. F Struct. Biol. Commun.

      巻: 75 ページ: 299-306

    • DOI

      10.1107/S2053230X19002863

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Total Synthesis of Actinorhodin2019

    • 著者名/発表者名
      Ninomiya, M., Ando, Y., Kudo, F., Ohmori, K., Suzuki, K.
    • 雑誌名

      Angew. Chem. Int. Ed.

      巻: 58 ページ: 4264-4270

    • DOI

      10.1002/anie.201814172

    • 査読あり
  • [雑誌論文] C-Methylation catalyzed by Fom3, a cobalamin-dependent radical S-adenosyl-L-methionine enzyme in fosfomycin biosynthesis2018

    • 著者名/発表者名
      Shusuke Sato, Fumitaka Kudo, Tomohisa Kuzuyama, Friedrich Hammerschmidt and Tadashi Eguchi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 57 ページ: 4963-4966

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00614

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Biochemical and structural analysis of FomD that catalyzes the hydrolysis of cytidylyl (S)-2-hydroxypropylphosphonate in fosfomycin biosynthesis2018

    • 著者名/発表者名
      Shusuke Sato, Akimasa Miyanaga, Seung-Young Kim, Tomohisa Kuzuyama, Fumitaka Kudo and Tadashi Eguchi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 57 ページ: 4858-4866

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00690

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis of protein-protein interactions between a trans-acting acyltransferase and acyl carrier protein in polyketide disorazole biosynthesis2018

    • 著者名/発表者名
      Akimasa Miyanaga, Risako Ouchi, Fumihiro Ishikawa, Ena Goto, Genzoh Tanabe, Fumitaka Kudo and Tadashi Eguchi
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 140 ページ: 7970-7978

    • DOI

      10.1021/jacs.8b04162

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Protein_protein interactions in polyketide synthase_nonribosomal peptide synthetase hybrid assembly lines2018

    • 著者名/発表者名
      Akimasa Miyanaga, Fumitaka Kudo and Tadashi Eguchi
    • 雑誌名

      Nat. Prod. Rep.

      巻: 35 ページ: 1185-1209

    • DOI

      10.1039/c8np00022k

    • 査読あり
  • [学会発表] Study on radical SAM C-methyltransferase Fom3 in fosfomycin biosynthesis2019

    • 著者名/発表者名
      Fumitaka Kudo
    • 学会等名
      2nd China-Japan Joint Symposium on Natural Product Biosynthesis
    • 国際学会
  • [学会発表] カナマイシン生合成における脱水素酵素KanD2の基質認識機構2019

    • 著者名/発表者名
      北山 幸延、宮永 顕正、工藤 史貴、江口 正
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会(2019)甲南大学 岡本キャンパス
  • [学会発表] 抗腫瘍抗生物質パクタマイシンの生合成におけるアデニル化酵素と糖転移酵素の機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      張 家浩、平山 茜、工藤 史貴、江口 正
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会(2019)甲南大学 岡本キャンパス
  • [学会発表] Radical SAM C-Methylation in Fosfomycin Biosynthesis2019

    • 著者名/発表者名
      SATO, Shusuke; KUDO, Fumitaka; KUZUYAMA, Tomohisa; EGUCHI, Tadashi
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会(2019)甲南大学 岡本キャンパス
  • [学会発表] ジソラゾール生合成におけるアシル基転移酵素とアシルキャリアプロテイン間の相互作用解析2019

    • 著者名/発表者名
      後藤 絵菜、大内 理紗子、宮永 顕正、工藤 史貴、江口 正
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会(2019)甲南大学 岡本キャンパス
  • [学会発表] 18員環マクロライド抗生物質Virustomycin Aの生合成遺伝子クラスター2019

    • 著者名/発表者名
      岸川 皓典、宮永 顕正、工藤 史貴、江口 正
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会(2019)甲南大学 岡本キャンパス
  • [学会発表] マクロラクタム抗生物質クレミマイシン生合成におけるsplit DHドメインの機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      川崎 大輔、千菅 太一、宮永 顕正、工藤 史貴、江口 正
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会(2019)甲南大学 岡本キャンパス
  • [学会発表] Functional and structural analysis of unique adenylation enzyme IdnL7 involved in biosynthesis of macrolactam antibiotic incednine2019

    • 著者名/発表者名
      CIESLAK, Jolanta; MIYANAGA, Akimasa; KUDO, Fumitaka; EGUCHI, Tadashi
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会(2019)甲南大学 岡本キャンパス
  • [学会発表] ホスホマイシン生合成における新規加水分解酵素FomDの機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤 秀亮、宮永 顕正、工藤 史貴、葛山 智久、江口 正
    • 学会等名
      日本農芸化学会2019年度大会 東京農業大学
  • [学会発表] Study on a dual functional cytochrome P450 in the biosynthesis of macrolide antibiotic FD-8912018

    • 著者名/発表者名
      Fumitaka Kudo, Akimasa Miyanaga, Tadashi Eguchi
    • 学会等名
      3rd European Conference on Natural Products
    • 国際学会
  • [学会発表] Biosynthesis of aminoglycoside antibiotics2018

    • 著者名/発表者名
      Fumitaka Kudo
    • 学会等名
      1st Japanese-German Symposium, Biosynthesis and Function of Natural Products
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 抗腫瘍抗生物質パクタマイシンの生合成研究2018

    • 著者名/発表者名
      工藤 史貴、平山 茜、張 家浩、宮永 顕正、江口 正
    • 学会等名
      第60回天然有機化合物討論会

URL: 

公開日: 2019-12-27  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi