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2018 年度 実績報告書

代謝経路の合理的改変により得られた休眠二次代謝産物の精密分子変換機構とリデザイン

公募研究

研究領域生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学
研究課題/領域番号 17H05446
研究機関広島大学

研究代表者

荒川 賢治  広島大学, 先端物質科学研究科, 准教授 (80346527)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
キーワード二次代謝産物 / アゾキシアルケン / 生合成 / ピロロキノリンキノン / キノプロテインデヒドロゲナーゼ / クオラムセンシング
研究実績の概要

放線菌は、抗生物質に代表される多種多様な二次代謝産物を生産する土壌微生物である。次世代シークエンサー解析において、1菌株あたり30種類もの二次代謝生合成遺伝子クラスターを有していることが判明し、ゲノムマイニングによる新たな天然物の探索が盛んに進められている。本研究課題では放線菌二次代謝制御系および代謝経路の合理的改変により取得した休眠二次代謝産物に注目し、特異な分子骨格形成機構の先導的解明を中心とし、平成30年度は以下の研究課題を実施した。
(1) アゾキシアルケン化合物の生合成マシナリーの先導的解明:KA57-A生合成遺伝子(azx)クラスター、マニワマイシン生合成遺伝子(mwm)、および既知のバラニマイシン生合成遺伝子(vlm)クラスターを比較して、生合成遺伝子群の絞り込みを行なった。今後、共通因子の遺伝子破壊実験、in silico比較解析と酵素変換実験なども組み合わせ、アゾキシ結合形成メカニズムの先駆的解明を目指していく。
(2) クオラムセンシング阻害活性の向上を目指したアゾキシアルケン化合物の生合成リデザイン:アゾキシアルケン化合物に注目し、炭化水素鎖長の改変や基質汎用性拡大、さらには天然物を凌駕する新規生理活性分子のリデザインを目指した。異なる炭素鎖長の脂肪族アミンの取り込み実験を行ったところ、得られたアゾキシアルケン化合物の炭素鎖長はC6で一定であり、生合成における厳密な基質認識が示唆された。
(3) キノン補酵素要求性デヒドロゲナーゼOrf23の機能解析:Orf23がランカサイジン生合成においてlactamideからpyruvamideへの変換に関与していることを、遺伝子破壊および異種発現酵素の生化学的解析により立証した。本酵素群が抗生物質生合成に関与している例は世界初であり、工業利用への展開が期待できる。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (46件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (29件) (うち国際学会 11件、 招待講演 5件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Heliopolis University(エジプト)

    • 国名
      エジプト
    • 外国機関名
      Heliopolis University
  • [国際共同研究] University of Alberta(カナダ)

    • 国名
      カナダ
    • 外国機関名
      University of Alberta
  • [国際共同研究] Weizmann Institute of Science(イスラエル)

    • 国名
      イスラエル
    • 外国機関名
      Weizmann Institute of Science
  • [国際共同研究] Oregon State University(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Oregon State University
  • [国際共同研究] Srinakharinwirot University(タイ)

    • 国名
      タイ
    • 外国機関名
      Srinakharinwirot University
  • [国際共同研究]

    • 他の国数
      1
  • [雑誌論文] Preparation of PVA/polymer colloid nanocomposite hydrogel using PS-PNVA particles2019

    • 著者名/発表者名
      Naoya Toyoda, Tetsuya Yamamoto, Kenji Arakawa, Aiko Teshima
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 48 ページ: 378-381

    • DOI

      10.1246/cl.181042

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational prediction of the mode of binding of antitumor lankacidin C to tubulin2019

    • 著者名/発表者名
      Ahmed Taha Ayoub, Mohamed Ali Elrefaiy, Kenji Arakawa
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 4 ページ: 4461-4471

    • DOI

      10.1021/acsomega.8b03470

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 微生物における共存と二次代謝生産2019

    • 著者名/発表者名
      手島 愛子, 荒川 賢治
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 97 ページ: 138

  • [雑誌論文] 制御因子およびシグナル分子に注目した放線菌二次代謝生合成の合理的活性化戦略2019

    • 著者名/発表者名
      手島 愛子, 見崎 裕也, 荒川 賢治
    • 雑誌名

      アグリバイオ

      巻: 3 ページ: 391-394

  • [雑誌論文] Quinoprotein dehydrogenase functions at the final oxidation step of lankacidin biosynthesis in Streptomyces rochei 7434AN42018

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Yamauchi, Yosi Nindita, Keisuke Hara, Asako Umeshiro, Yu Yabuuchi, Toshihiro Suzuki, Haruyasu Kinashi, Kenji Arakawa
    • 雑誌名

      J. Biosci. Bioeng.

      巻: 126 ページ: 145-152

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2018.03.006

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Antimicrobial activities of polymers synthesized through soap-free emulsion polymerization using a cationic initiator and styrene derivative monomers2018

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Yamamoto, Kenji Arakawa, Ryo Furuta, Aiko Teshima
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 47 ページ: 1402-1404

    • DOI

      10.1246/cl.180762

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Manipulation of metabolic pathway controlled by signaling molecules, inducers of antibiotic production, for genome mining in Streptomyces spp.2018

    • 著者名/発表者名
      Kenji Arakawa
    • 雑誌名

      Antonie van Leeuwenhoek

      巻: 111 ページ: 743-751

    • DOI

      10.1007/s10482-018-1052-6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Antimicrobial activities of low molecular weight polymers synthesized through soap-free emulsion polymerization2018

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Yamamoto, Kenji Arakawa, Yuya Takahashi, Miho Sumiyoshi
    • 雑誌名

      Eur. Polym. J.

      巻: 109 ページ: 532-536

    • DOI

      10.1016/j.eurpolymj.2018.10.047

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 悉皆的ゲノムマイニングを指向した放線菌二次代謝生合成・誘導制御の分子基盤の統合深化2018

    • 著者名/発表者名
      手島 愛子, 見崎 裕也, 荒川 賢治
    • 雑誌名

      アグリバイオ

      巻: 2 ページ: 1392-1395

  • [雑誌論文] 抗生物質生合成を司るピロロキノリンキノン要求性デヒドロゲナーゼ2018

    • 著者名/発表者名
      原 圭佑, 鈴木 敏弘, 荒川 賢治
    • 雑誌名

      バイオサイエンスとインダストリー

      巻: 77 ページ: 119-121

  • [学会発表] Extensive metabolic engineering for activation of silent secondary metabolite gene clusters in Streptomyces species2019

    • 著者名/発表者名
      Kenji ARAKAWA
    • 学会等名
      2nd China-Japan Joint Symposium on Natural Product Biosynthesis
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 放線菌Streptomyces rocheiの二次代謝生産誘導シグナル分子SRBの生合成に関与する還元酵素遺伝子srrGの機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      手島 愛子, 謝 麗, 河原 弘幸, 荒川 賢治
    • 学会等名
      日本農芸化学会・中四国支部第53回講演会(例会)
  • [学会発表] 放線菌Streptomyces rochei二次代謝制御系の解析2019

    • 著者名/発表者名
      見崎 裕也, 岩國 美由季, 高橋 譲, 鈴木 敏弘, 木梨 陽康, 荒川 賢治
    • 学会等名
      日本農芸化学会・中四国支部第53回講演会(例会)
  • [学会発表] 抗生物質生産を誘導するブテノライド型シグナル分子SRBを用いた休眠二次代謝の活性化2019

    • 著者名/発表者名
      手島 愛子, 住吉 美保, 江口 雄聡, 荒川 賢治
    • 学会等名
      日本農芸化学会2019年度大会
  • [学会発表] 放線菌シグナル分子制御遺伝子群の合理的改変を基軸とした二次代謝生産の網羅的解析2019

    • 著者名/発表者名
      見崎 裕也, 手島 愛子, 荒川 賢治
    • 学会等名
      日本農芸化学会2019年度大会
  • [学会発表] カルボサイクリックポリケチド化合物の大員環形成メカニズムの解析2019

    • 著者名/発表者名
      大方 葉月, 行吉 裕治, 稲橋 佑樹, 高橋 洋子, 大村 智, 葛山 智久, 中島 琢自, 荒川 賢治
    • 学会等名
      日本農芸化学会2019年度大会
  • [学会発表] ゲノム情報および網羅的メタボローム解析を基軸にした有用生理活性物質の探索2019

    • 著者名/発表者名
      西浦 凜貴斗, Amirudin Akhmad Fauzi, Yosi Nindita, 荒川 賢治
    • 学会等名
      日本農芸化学会2019年度大会
  • [学会発表] 放線菌Streptomyces rocheiの抗生物質生産に関与する還元酵素遺伝子srrGの機能解析2018

    • 著者名/発表者名
      手島 愛子
    • 学会等名
      第2回生合成リデザイン若手シンポジウム
  • [学会発表] Biosynthesis investigation of maniwamycin isolated from Streptomyces sp. TOHO-M0252018

    • 著者名/発表者名
      Yosi Nindita
    • 学会等名
      第2回生合成リデザイン若手シンポジウム
  • [学会発表] Genome-wide metabolic engineering for activation of the silent secondary metabolites gene clusters in Streptomyces species2018

    • 著者名/発表者名
      Kenji Arakawa
    • 学会等名
      The 3rd A3 Foresight Symposium on Chemical & Synthetic Biology of Natural Products
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A reductase gene srrG is involved in the biosynthesis of signaling molecules SRBs that induce antibiotic production in Streptomyces rochei2018

    • 著者名/発表者名
      Aiko Teshima, and Kenji Arakawa
    • 学会等名
      The 3rd A3 Foresight Symposium on Chemical & Synthetic Biology of Natural Products
    • 国際学会
  • [学会発表] Control of metabolic titer by manipulation of regulatory genes2018

    • 著者名/発表者名
      Yuya Misaki, Miyuki Iwakuni, Yuzuru Takahashi, Toshihiro Suzuki, Haruyasu Kinashi, and Kenji Arakawa
    • 学会等名
      The 3rd A3 Foresight Symposium on Chemical & Synthetic Biology of Natural Products
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural and biosynthetic investigation of secondary metabolites accumulated in the plasmidless mutants of Streptomyces rochei2018

    • 著者名/発表者名
      Amirudin Akhmad Fauzi, Yosi Nindita, and Kenji Arakawa
    • 学会等名
      The 3rd A3 Foresight Symposium on Chemical & Synthetic Biology of Natural Products
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural analysis of orange pigment in Streptomyces rochei2018

    • 著者名/発表者名
      Rukman Muslimin, Natsumi Shogase, and Kenji Arakawa
    • 学会等名
      The 3rd A3 Foresight Symposium on Chemical & Synthetic Biology of Natural Products
    • 国際学会
  • [学会発表] Exploring of the cryptic bioactive secondary metabolites by extensive genome mining2018

    • 著者名/発表者名
      Rikito Nishiura, Junko Hashimoto, Kazuo Shin-ya, Haruo Ikeda, and Kenji Arakawa
    • 学会等名
      The 3rd A3 Foresight Symposium on Chemical & Synthetic Biology of Natural Products
    • 国際学会
  • [学会発表] Functional analysis of an amine oxidase involved in lankacidin biosynthesis2018

    • 著者名/発表者名
      Hazuki Ogata, Yuji Yukiyoshi, and Kenji Arakawa
    • 学会等名
      The 3rd A3 Foresight Symposium on Chemical & Synthetic Biology of Natural Products
    • 国際学会
  • [学会発表] Genome-wide metabolic engineering for activation of the silent secondary metabolites gene clusters in Streptomyces species2018

    • 著者名/発表者名
      Kenji Arakawa
    • 学会等名
      3rd European Conference on Natural Products
    • 国際学会
  • [学会発表] Genome Mining, Biosynthesis, and Biological Activity of Azoxyalkene Compound2018

    • 著者名/発表者名
      Kenji Arakawa
    • 学会等名
      1st Germany-Japan Joint Symposium on the Biosynthesis of Natural Products
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Streptomyces rocheiの二次代謝生産における還元酵素遺伝子srrGの機能解析2018

    • 著者名/発表者名
      手島 愛子, 謝 麗, 河原 弘幸, 荒川 賢治
    • 学会等名
      第33回日本放線菌学会大会
  • [学会発表] 制御遺伝子改変を基軸とした二次代謝産物のゲノムマイニング2018

    • 著者名/発表者名
      見崎 裕也, 岩國 美由季, 高橋 譲, 鈴木 敏弘, 木梨 陽康, 荒川 賢治
    • 学会等名
      第33回日本放線菌学会大会
  • [学会発表] 抗生物質生産に関与するキノン補酵素の機能解析2018

    • 著者名/発表者名
      原 圭佑, 梅代 亜紗子, 山内 佑介, 荒川 賢治
    • 学会等名
      第33回日本放線菌学会大会
  • [学会発表] カルボサイクリックポリケチド化合物の大員環形成メカニズムの解析2018

    • 著者名/発表者名
      大方 葉月, 行吉 裕治, 荒川 賢治
    • 学会等名
      第33回日本放線菌学会大会
  • [学会発表] 網羅的メタボローム解析を駆使した未同定二次代謝産物取得の試み2018

    • 著者名/発表者名
      西浦 凜貴斗, Amirudin Akhmad Fauzi, Yosi Nindita, 荒川 賢治
    • 学会等名
      第33回日本放線菌学会大会
  • [学会発表] Streptomyces rochei 7434AN4株の線状ゲノムの全塩基配列決定2018

    • 著者名/発表者名
      Yosi Nindita, 稲田 晋宣, Amirudin Akhmad Fauzi, 手島 愛子, 見崎 裕也, Rukman Muslimin, 石川 淳, 木梨 陽康, 荒川 賢治
    • 学会等名
      第33回日本放線菌学会大会
  • [学会発表] 抗生物質生産に関与するキノン補酵素の機能解析2018

    • 著者名/発表者名
      原 圭佑, 梅代 亜紗子, 山内 佑介, 荒川 賢治
    • 学会等名
      日本生物工学会西日本支部会・第4回講演会
  • [学会発表] Maniwamycinの生合成起源の解析および生物活性2018

    • 著者名/発表者名
      達川 綾香,岸本 拓也, 福本 敦, 安齊 洋次郎, 荒川 賢治
    • 学会等名
      日本生物工学会西日本支部会・第4回講演会
  • [学会発表] 放線菌の抗生物質生産を誘導するブテノライド型シグナル分子の分子多様性解析2018

    • 著者名/発表者名
      住吉 美保, 手島 愛子, 荒川 賢治
    • 学会等名
      日本生物工学会西日本支部会・第4回講演会
  • [学会発表] Microbial genome mining approaches to discover biologically active secondary metabolites2018

    • 著者名/発表者名
      Kenji ARAKAWA
    • 学会等名
      1st Egyptian-Japanese Joint Symposium; Mining the microbial pathways for the discovery of new bio-active natural products
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 代謝経路の合理的改変により得られた休眠二次代謝産物の精密分子変換機構とリデザイン2018

    • 著者名/発表者名
      荒川 賢治
    • 学会等名
      生合成リデザイン・第5回公開シンポジウム
    • 招待講演
  • [備考] 細胞機能化学研究室・荒川グループのホームページ

    • URL

      http://home.hiroshima-u.ac.jp/mbiotech/5lab/Arakawa/intro-J.html

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公開日: 2019-12-27  

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