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2017 年度 実績報告書

光量変動と代謝調節をつなぐ新規分子の定量的手法を取り入れた構造機能解析

公募研究

研究領域新光合成:光エネルギー変換システムの再最適化
研究課題/領域番号 17H05732
研究機関立命館大学

研究代表者

松村 浩由  立命館大学, 生命科学部, 教授 (30324809)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
キーワードプロトン駆動力制御 / C4植物 / 分子機構
研究実績の概要

本研究では、(1)CP12-3の標的探索と相互作用解析、(2)CP12/GAPDH/PRK複合体の動的構造機能解析、(3)CP12-3/標的および関連酵素群の動的構造機能解析を行った。
(1)については、CP12-3の発現・精製、ならびに標的候補の酵素としてMDH, NADP-ME, PRK, GAPDHの発現・精製を試みた。CP12-3, MDH, NADP-MEについては大腸菌での発現・精製系構築することができた。精製できたものについて相互作用解析を行った。その結果から、CP12-3がCP12とある程度共通の機能を有しながらも、全く同じではないことが分かりつつある。現在、他の酵素についても発現・精製系を構築中であり、これらが精製でき次第、結合実験と構造機能解析を行う予定である。
(2)については、酸素発生型光合成生物で初めてPRKの結晶構造を決定し、それと小角X線散乱から得られた結果、および変異体実験とを合わせて論文投稿準備中である。さらに、高速AFM観測によるCP12/GAPDH/PRK複合体の形成を初めて確認できた(後述)。これらの観測系の確立は、今後、CP12-3とその結合パートナーが解明できた際に役立てることができると考えている。
(3)については、CP12-3の標的が決定でき次第、X線構造解析を行う予定である。さらに、領域内の共同研究として、葉緑体内のNAD/NADPバランスを司る酵素NADKの構造解析(埼玉大学 河合先生)、C4光合成およびコハク酸合成の鍵酵素PEPCの構造解析(明治大学 小山内先生)、温度馴化に関わる酵素の構造機能解析(東京大学 矢守先生)、コハク酸合成の鍵酵素の構造機能解析(大阪大学 清水先生、大阪大学 栗栖先生)、ジスルフィド調節タンパク質CP12の機能利用(東京工業大学 久堀先生)を始めた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

(1)CP12-3の標的探索と相互作用解析、(2)CP12/GAPDH/PRK複合体の動的構造機能解析、(3)CP12-3/標的および関連酵素群の動的構造機能解析、それぞれにおいて進展が見られ、おおむね順調に進展していると考えている。理由を以下に述べる。
(1)については、CP12-3の発現・精製系の構築に成功し、結合する候補の酵素の発現・精製系の構築もできつつある状況であるが、CP12-3の標的候補MDH, NADP-ME, PRK, GAPDHには、ホモログ遺伝子がいくつか存在していて、どの組織にどの程度発現しているかが不明な点が多い。そのため、ホモログの酵素も含めて生産・精製系の構築を引き続き行う必要がある。また、大腸菌をホストとした生産方法では、うまく発現しないものも幾つか出てきており、現在、酵母での発現系や、幾つかの可用性タグとの融合タンパク質としての発現を試みている。
(2)については、酸素発生型光合成生物で初めてPRKの結晶構造を決定するなど進展が見られている。さらに、高速AFM観測によるCP12/GAPDH/PRK複合体の形成・解離の動的挙動を初めて確認できた。これは今後の(1)のCP12-3と標的との相互作用解析にも適用できると考えられる。
(3)については、当初計画になかった領域内連携として、領域内の8名の研究者と共同研究を始めており、今後も積極的に進めたいと考えている。

今後の研究の推進方策

(1)CP12-3の標的探索と相互作用解析
CP12-3と標的酵素との相互作用を高速AFMを用いて解析する。具体的には、「CP12-3の標的タンパク質は何か?」を決定するところから始め、結合した代謝物や環境の変化よって「CP12-3/標的酵素間の結合・解離の速度に変化はあるか?」、「CP12→GAPDH→PRKのように結合に順番はあるのか?」を調べる。
(2)CP12/GAPDH/PRK複合体の動的構造機能解析
CP12/GAPDH/PRK複合体の構造解析を行う。CP12の部位特異的アミノ酸変異体を作製することによって、CP12/GAPDH/PRK複合体の安定複合体を用いて結晶化を検討する。「CP12はGAPDH、PRKをどのように認識し制御しているか?」を分子レベルで解明する。(1)の結果と比較することによって、「CP12とCP12-3が、なぜ、どのように違うか」を考察する。
(3)CP12-3/標的および関連酵素群の動的構造機能解析
CP12-3の標的酵素を決定でき次第、CP12-3/標的酵素複合体の構造解析を行う。また、領域内の共同研究を積極的に進める。具体的には、葉緑体内のNAD/NADPバランスを司る酵素NADKの構造解析(埼玉大学 河合先生)、C4光合成およびコハク酸合成の鍵酵素PEPCの構造解析(明治大学 小山内先生)、低温馴化酵素RuBisCOの構造解析(東京大学 矢守先生)、大腸菌でのコハク酸合成鍵酵素PEPCの構造解析(大阪大学 清水先生、大阪大学 栗栖先生)、ピルビン酸輸送体Bass2-NHD1の構造解析の可能性検討(龍谷大学 古本先生)、ジスルフィド調節タンパク質CP12の機能利用(東京工業大学 久堀先生)を進める。今後も積極的に共同研究を展開していきたいと考えている。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (5件) 学会発表 (12件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Improvement of metastable crystal of acetaminophen via control of crystal growth rate2018

    • 著者名/発表者名
      Nii Kosuke、Maruyama Mihoko、Okada Shino、Adachi Hiroaki、Takano Kazufumi、Murakami Satoshi、Yoshikawa Hiroshi Y.、Matsumura Hiroyoshi、Inoue Tsuyoshi、Imanishi Masayuki、Tsukamoto Katsuo、Yoshimura Masashi、Mori Yusuke
    • 雑誌名

      Applied Physics Express

      巻: 11 ページ: 035501~035501

    • DOI

      10.7567/APEX.11.035501

  • [雑誌論文] Identification of the key interactions in structural transition pathway of FtsZ from Staphylococcus aureus2017

    • 著者名/発表者名
      Fujita Junso、Harada Ryuhei、Maeda Yoko、Saito Yuki、Mizohata Eiichi、Inoue Tsuyoshi、Shigeta Yasuteru、Matsumura Hiroyoshi
    • 雑誌名

      Journal of Structural Biology

      巻: 198 ページ: 65~73

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2017.04.008

  • [雑誌論文] Two Eucommia farnesyl diphosphate synthases exhibit distinct enzymatic properties leading to end product preferences2017

    • 著者名/発表者名
      Kajiura Hiroyuki、Suzuki Nobuaki、Tokumoto Yuji、Yoshizawa Takuya、Takeno Shinya、Fujiyama Kazuhito、Kaneko Yoshinobu、Matsumura Hiroyoshi、Nakazawa Yoshihisa
    • 雑誌名

      Biochimie

      巻: 139 ページ: 95~106

    • DOI

      10.1016/j.biochi.2017.05.001

  • [雑誌論文] Structural Flexibility of an Inhibitor Overcomes Drug Resistance Mutations in Staphylococcus aureus FtsZ2017

    • 著者名/発表者名
      Fujita Junso、Maeda Yoko、Mizohata Eiichi、Inoue Tsuyoshi、Kaul Malvika、Parhi Ajit K.、LaVoie Edmond J.、Pilch Daniel S.、Matsumura Hiroyoshi
    • 雑誌名

      ACS Chemical Biology

      巻: 12 ページ: 1947~1955

    • DOI

      10.1021/acschembio.7b00323

  • [雑誌論文] Structural Basis for the Serratia marcescens Lipase Secretion System: Crystal Structures of the Membrane Fusion Protein and Nucleotide-Binding Domain2017

    • 著者名/発表者名
      Murata Daichi、Okano Hiroyuki、Angkawidjaja Clement、Akutsu Masato、Tanaka Shun-ichi、Kitahara Kenyu、Yoshizawa Takuya、Matsumura Hiroyoshi、Kado Yuji、Mizohata Eiichi、Inoue Tsuyoshi、Sano Satoshi、Koga Yuichi、Kanaya Shigenori、Takano Kazufumi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 56 ページ: 6281~6291

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.7b00985

  • [学会発表] Realtime observation of the assembly and disassembly processes of GAPDH-CP12-PRK complex2018

    • 著者名/発表者名
      Yoneda Y, Watanabe H, Yoshizawa T, Tanaka S-i, Uchihash T, Matsumura H
    • 学会等名
      新学術領域研究「動的秩序と機能」第6回国際シンポジウム
  • [学会発表] Dynamic structural analysis and drug design of S. aureus FtsZ2018

    • 著者名/発表者名
      Matsumura H, Fujita J, Miyazaki M, Terakado H, Miyamoto Y, Tanaka S-i, Yoshizawa T
    • 学会等名
      新学術領域研究「動的秩序と機能」第6回国際シンポジウム
  • [学会発表] カルビン回路巨大分子複合体 (PRK-GAPDH-CP12) の相互作用解析2017

    • 著者名/発表者名
      米田裕隆、吉澤拓也、松村浩由
    • 学会等名
      新学術領域研究「新光合成」平成29年度春期領域会議
  • [学会発表] ソルガムRbcSを有するイネ由来Rubiscoの結晶化と構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      吉川大貴、吉澤拓也、深山浩、松村浩由
    • 学会等名
      新学術領域研究「新光合成」平成29年度春期領域会議
  • [学会発表] 光量変動と代謝調節をつなぐ新規分子の定量的手法を取り入れた構造機能解析2017

    • 著者名/発表者名
      松村浩由
    • 学会等名
      新学術領域研究「新光合成」平成29年度春期領域会議
  • [学会発表] 細胞分裂の階層構造ダイナミクスの解明2017

    • 著者名/発表者名
      藤田純三、松村 浩由
    • 学会等名
      新学術領域研究「動的秩序と機能」平成29年度 全体班会議
  • [学会発表] 細胞分裂タンパク質FtsZ阻害剤の新規な結合様式および重合に与える影響2017

    • 著者名/発表者名
      藤田純三、杉山翔吾、宮崎真秀、上田菜々望、溝端栄一、井上豪、内橋貴之、安藤敏夫、Daniel S. Pilch、松村浩由
    • 学会等名
      平成29年度日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] 細菌の細胞分裂タンパク質の動的秩序解析2017

    • 著者名/発表者名
      藤田純三、原田隆平、杉山翔吾、吉澤拓也、溝端栄一、井上豪、内橋貴之、重田育照、松村浩由
    • 学会等名
      平成29年度日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] 細胞分裂タンパク質の構造研究2017

    • 著者名/発表者名
      松村 浩由
    • 学会等名
      大阪大学 蛋白質研究所セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 薬が効きにくくなった耐性菌MRSAに効く薬、薬の柔らかさが鍵2017

    • 著者名/発表者名
      松村 浩由
    • 学会等名
      生物資源センターシンポジウム
  • [学会発表] 細胞分裂必須タンパク質FtsZの離合集散挙動2017

    • 著者名/発表者名
      宮崎真秀、藤田純三、杉山翔吾、寺門榛名、吉澤拓也、田中俊一、内橋貴之、松村浩由
    • 学会等名
      第4回新学術領域研究「動的秩序と機能」若手研究会
  • [学会発表] 光量変動と代謝調節をつなぐ新規分子の定量的手法を取り入れた構造機能解析2017

    • 著者名/発表者名
      松村浩由
    • 学会等名
      新学術領域研究「新光合成」平成29年度秋期領域会議

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公開日: 2018-12-17  

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