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本申請は、肝内胆管がん患者の腫瘍浸潤T細胞の中の、ネオアンチゲン特異的CTLのクローンの頻度を測定することを目的としていた。2年間の計画としては、１）肝内胆管がん患者の腫瘍浸潤T細胞を採取する、２）胆管がん組織からスフェロイド培養組織（CTOS法）を作製する、３）腫瘍浸潤T細胞からTCRのクローニングを複数個行う、４）TCRを3T3細胞に導入する、５）TCR導入3T3細胞とスフェロイド培養腫瘍細胞を共培養して反応するかどうかを測定する、６）一方スフェロイド培養細胞をエクソームシークエンスし、ネオアンチゲンの候補となるペプチドの候補をあげ、合成する、７）がん細胞に反応できるTCRのうちネオアンチゲンに反応するTCRの頻度を測定する、としていた。しかし、肝内胆管がん患者の腫瘍浸潤T細胞を採取はした２例では、がん組織のスフェロイド培養に成功しなかったため、腫瘍浸潤T細胞については凍結保存をするにとどめた。また、富山大学の岸裕幸先生から頂いた3T3ベースのレポーター細胞は、生細胞に対するTCRの反応性を見るには適してないことが実験を通じて判明し、計画を変更することになった。一方で、スフェロイド培養肺癌細胞株2株、大腸がん細胞株１株について、小川誠司研（京大）、宇田恵子研（高知大学）、NECの協力により、ネオアンチゲン候補となるペプチドを予測を行った。
以上のように必ずしも計画通りには進まなかったが、研究体制は確立された。我々の研究の目的はネオアンチゲンを標的とした治療法の開発であり、そのような治療法のためのプラットフォーム技術の開発はこの２年間でさらに進歩している。従って、全体的な計画の方向性自体には変更はない。
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