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2017 年度 実績報告書

祖先的シロイヌナズナ系統から探る自殖と新種誕生の原理

公募研究

研究領域植物新種誕生の原理―生殖過程の鍵と鍵穴の分子実態解明を通じて―
研究課題/領域番号 17H05833
研究機関千葉大学

研究代表者

土松 隆志  千葉大学, 大学院理学研究院, 准教授 (60740107)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
キーワード自家不和合性 / 自殖 / 集団ゲノミクス
研究実績の概要

平成29年度はおもに以下の3つの課題について研究を行った:
(1) 自家不和合性の鍵と鍵穴システムのゲノム解析:国際共同研究によるリシークエンス解析から,もっとも祖先的かつ遺伝的多様性の高いシロイヌナズナ集団がアフリカ・地中海地域にあることを発見した.さらに,自家不和合性に関わる遺伝子座(S遺伝子座)の集団遺伝学的解析を行ったところ,シロイヌナズナにおける自家不和合性から自家和合性の進化がアフリカ集団の共通祖先(10万年以上前)にまで遡ることを明らかにした(Tsuchimatsu et al. 2017 Mol Biol Evol; Durvasula et al. 2017 PNAS).
(2) ゲノムワイド関連解析(GWAS)による自殖に関わる花形質の遺伝変異の解析:清水グループ(瀬々班)と共同で,ゲノムワイド関連解析から花粉数に関わる遺伝変異の解析を行っている.花粉数に関わる遺伝子座について集団遺伝学的解析を行うことで,花粉数が減少する方向に自然選択が起きてきたことを明らかにした(論文投稿中).さらに,アフリカ・地中海に由来する約100系統について自殖に関わる花形質の表現型計測を完了した.現在,これらの形質についてゲノムワイド関連解析を行っている.
(3) 進化シミュレーション解析による,鍵と鍵穴システムや自殖の進化の過程の再現:高山班と共同で,ナス科自家不和合性システムにおける鍵・鍵穴の進化過程についてのシミュレーション解析を進めている.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

S遺伝子座については論文がすでに出版された.また,アフリカ系統について花形質の表現型計測が完了するなど順調に進んでおり,今後はそのデータについて詳しくゲノムワイド関連解析を実施する.

今後の研究の推進方策

今後は,特に以下の課題に取り組む.
(1) 自殖に関わる花形質のゲノムワイド関連解析およびQTL解析:アフリカ系統について,自殖に関わる花形質の測定を平成29年度に完了した.本年度はそのデータを詳しく解析し,形質変異に 関わる遺伝子の探索を行う.また,極端な表現型を示す系統について掛け合わせを行い,F2集団を作出,QTL解析を行う.
(2) 生殖に関わる遺伝子群の分子進化学的解析 自家不和合性遺伝子(S遺伝子)を始め,受粉過程・花粉管伸長・受精後生殖隔離等に関わる遺伝子群の分子進化的解析を祖先的シロイヌナズナ系統について実施し,自殖の進化の初期過程のおける生殖関連遺伝子の進化パターンを考察する.

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 4件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 1件、 招待講演 5件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] チューリッヒ大学(スイス)

    • 国名
      スイス
    • 外国機関名
      チューリッヒ大学
  • [国際共同研究] グレゴール・メンデル研究所(オーストリア)

    • 国名
      オーストリア
    • 外国機関名
      グレゴール・メンデル研究所
  • [国際共同研究] リール大学(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      リール大学
  • [雑誌論文] NLR locus-mediated trade-off between abiotic and biotic stress adaptation in Arabidopsis2017

    • 著者名/発表者名
      Ariga Hirotaka、Katori Taku、Tsuchimatsu Takashi et al.
    • 雑誌名

      Nature Plants

      巻: 3 ページ: 17072~17072

    • DOI

      10.1038/nplants.2017.72

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] African genomes illuminate the early history and transition to selfing inArabidopsis thaliana2017

    • 著者名/発表者名
      Durvasula Arun、Fulgione Andrea、Gutaker Rafal M.、Alacakaptan Selen Irez、Flood Padraic J.、Neto Clia、Tsuchimatsu Takashi、Burbano Hernan A.、Pico F. Xavier、Alonso-Blanco Carlos、Hancock Angela M.
    • 雑誌名

      PNAS

      巻: 114 ページ: 5213~5218

    • DOI

      10.1073/pnas.1616736114

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Patterns of Polymorphism at the Self-Incompatibility Locus in 1,083 Arabidopsis thaliana Genomes2017

    • 著者名/発表者名
      Tsuchimatsu Takashi、Goubet Pauline M.、Gallina Sophie、Holl Anne-Catherine、Fobis-Loisy Isabelle、Berges Helene、Marande William、Prat Elisa、Meng Dazhe、Long Quan、Platzer Alexander、Nordborg Magnus、Vekemans Xavier、Castric Vincent
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 34 ページ: 1878~1889

    • DOI

      10.1093/molbev/msx122

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Genome sequencing reveals the origin of the allotetraploid Arabidopsis suecica2017

    • 著者名/発表者名
      Yu. Novikova Polina、Tsuchimatsu Takashi、Simon Samson、Nizhynska Viktoria、Voronin Viktor、Burns Robin、Fedorenko Olga M.、Holm Svante、Sall Torbjorn、Prat Elisa、Marande William、Castric Vincent、Nordborg Magnus
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 34 ページ: 957~968

    • DOI

      10.1093/molbev/msw299

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 集団ゲノミクスからさぐる植物の進化2017

    • 著者名/発表者名
      土松隆志
    • 雑誌名

      ライフサイエンス領域融合レビュー

      巻: 6 ページ: e006

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ゲノムから探るシロイヌナズナにおける生殖システムの進化2018

    • 著者名/発表者名
      土松 隆志
    • 学会等名
      総合研究大学院大学 先導科学考究
    • 招待講演
  • [学会発表] シロイヌナズナの集団ゲノムデータから探る生殖システムの進化2017

    • 著者名/発表者名
      土松 隆志
    • 学会等名
      東北大学 第117回生態適応セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 集団ゲノミクスから探る生殖システムの進化:シロイヌナズナを例に2017

    • 著者名/発表者名
      土松 隆志
    • 学会等名
      東京大学大学院理学系研究科生物科学セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 集団ゲノミクスから探る生殖システムの進化2017

    • 著者名/発表者名
      土松 隆志
    • 学会等名
      千葉大学 若手植物科学の会
    • 招待講演
  • [学会発表] 1001ゲノムデータから探るシロイヌナズナ自家不和合性遺伝子座の進化過程2017

    • 著者名/発表者名
      土松 隆志,Goubet PM, Nordborg M, Vekemans X, Castric, V
    • 学会等名
      日本植物学会第81回大会
  • [学会発表] リシーケンスデータから探るシロイヌナズナ自家不和合性遺伝子座の進化過程2017

    • 著者名/発表者名
      土松 隆志,Goubet PM, Nordborg M, Vekemans X, Castric, V
    • 学会等名
      日本進化学会第19回大会
  • [学会発表] Population genomics reveals the mating system evolution in Arabidopsis2017

    • 著者名/発表者名
      Tsuchimatsu, T.
    • 学会等名
      Frontier Science in Ecology, Genetics and Genomics
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Patterns of polymorphism at the self-incompatibility locus in 1,083 Arabidopsis thaliana genomes2017

    • 著者名/発表者名
      Tsuchimatsu T, Goubet PM, Nordborg M, Vekemans X, Castric, V
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Asia Conference on Plant Cell and Developmental Biology
  • [図書] 植物はなぜ自家受精をするのか2017

    • 著者名/発表者名
      土松 隆志
    • 総ページ数
      170
    • 出版者
      慶應義塾大学出版会
    • ISBN
      4766422996
  • [図書] 科学の最前線を歩く2017

    • 著者名/発表者名
      東京大学教養学部
    • 総ページ数
      291
    • 出版者
      白水社
    • ISBN
      4560095639
  • [備考] Tsuchimatsu Lab

    • URL

      tsuchimatsu.wordpress.com

URL: 

公開日: 2021-01-27  

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