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2018 年度 実績報告書

1細胞ダイナミクスと相空間モデルによる情報処理ネットワーク解析法の開発

公募研究

研究領域数理解析に基づく生体シグナル伝達システムの統合的理解
研究課題/領域番号 17H06021
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

佐甲 靖志  国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (20215700)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2019-03-31
キーワード1細胞計測 / 情報伝達 / 受容体
研究実績の概要

単一細胞の反応ダイナミクスに基づいて細胞内情報処理反応ネットワークを逆行分析し、その動態を数理的に再現・理解・予測する方法を開発している。複数・並列の単一細胞反応動態の実測値が持つ豊富な情報から、反応要素間のネットワークを統計的に推定して、「実効的に最小・充分の数理モデル」を作ることが目標である。
本年度は主として統計的な手法を用いたEGF-RAS-MAPK回路の解析を行った。ヒト上皮癌由来の3種の細胞(HeLa, A431, MCF7)を2種の成長因子(EGF, HRG)のいずれかで刺激し、単一細胞内で回路を構成する4種の受容体と3種の下流分子の応答を蛍光染色法で計測した。異なった5種の分子の組み合わせで同時計測を行い、得られた結果を統計解析して、入力・細胞種依存的な情報処理回路の反応を明らかにすることを目標とした。2種の分子応答の相関から相互情報量を計測し、また、5種の分子応答パターンを階層的クラスタリング手法で分類した。それぞれの成長因子に対する応答は3種の細胞で異なっていることが知られている。相互情報量から、各条件下で主要な情報伝達経路を同定したところ、細胞集団で顕著な応答が見られる条件では、そうでない条件に較べて、多数の情報伝達経路が同等に使用されていることが示された。また、分子の応答パターンのエントロピーは細胞応答の見られる条件でより大きいことが分かった。これらの結果は、成長因子が細胞毎に異なった様々な応答パターンを惹起し、その後、分化・増殖など特定の細胞応答が選択されてくることを示唆している。細胞応答の多様性は分子応答のノイズで決まっているのではなく、回路の性質で規定されていることも示唆された。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 4件、 招待講演 4件)

  • [国際共同研究] Ulsan University(韓国)

    • 国名
      韓国
    • 外国機関名
      Ulsan University
  • [雑誌論文] Transient Acceleration of Epidermal Growth Factor Receptor Dynamics Produces Higher-Order Signaling Clusters2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshima Michio、Pack Chan-gi、Kaizu Kazunari、Takahashi Koichi、Ueda Masahiro、Sako Yasushi
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 430 ページ: 1386~1401

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2018.02.018

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Inferring a nonlinear biochemical network model from a heterogeneous single-cell time course data2018

    • 著者名/発表者名
      Shindo Yuki、Kondo Yohei、Sako Yasushi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1038/s41598-018-25064-w

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Automated single-molecule imaging in living cells2018

    • 著者名/発表者名
      Yasui Masato、Hiroshima Michio、Kozuka Jun、Sako Yasushi、Ueda Masahiro
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 9 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1038/s41467-018-05524-7

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Single-molecule pharmacology of G protein-coupled receptors2019

    • 著者名/発表者名
      Sako, Y.
    • 学会等名
      1st international symposium on Interdisciplinary Approaches to Integrative Understanding of Biological Signaling Networks
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] In cell automated single-molecule analysis and its extensive applications2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshima, M., Yasui, M., Kozuka, J., Sako, Y., and Ueda, M
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会シンポジウム “New trends in bioanalysis based on single molecule biophysics”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Single-molecule analysis of a cell signaling protein, SOS2018

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, Y., Hibino, K., Yanagida, T., and Sako, Y
    • 学会等名
      日本生物物理学会第56回年会”The 7th Award Seminar for outstanding Biophysics and Physicobiology paper”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Sinlgle-molecular pharmacology of GPCRs.2018

    • 著者名/発表者名
      Sako, Y.
    • 学会等名
      The 3rd Biosignal Research Center International Symposium “Modulation of GPCR Signaling by Membrane Heterogeneity and Molecular Clustering”
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2019-12-27  

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