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2018 年度 実績報告書

光化学系II酸素発生中心における再活性化機構についての理論的解明

公募研究

研究領域光合成分子機構の学理解明と時空間制御による革新的光ー物質変換系の創製
研究課題/領域番号 18H05154
研究機関筑波大学

研究代表者

庄司 光男  筑波大学, 計算科学研究センター, 助教 (00593550)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2020-03-31
キーワード光化学系II / 水分解反応 / 反応機構 / QM/MM / 再活性化 / クラスター再構築 / 構造変化 / 人工光合成
研究実績の概要

光化学系II(PSII)における水分解反応(2H2O + 4hv -> O2 + 4H+ + 4e-)の中でも、Mn4CaO5骨格の再構築過程は、人工光合成系で効率が特に悪いステップであるために、その反応機構解明はPSIIだけでなく、人工光合成の発展のためにも特に重要である。Mnクラスター骨格の再構築過程はKokサイクルにおける3→[S4]→S0遷移の後半過程で起こる。本過程は酸素分子放出と水分子の挿入過程と連動しているが、これらの素過程が別々に起こると 20 kcalmol-1の高い反応障壁が必要であるが、酸素分子放出と共にCaイオンに配位する水分子(W3)が協奏的に反応を起こすと反応障壁は12.3 kcalmol-1となり、十分起こり得る。また、本反応障壁のエネルギーは触媒反応速度とも良く一致していることを初めて理論計算を元に解明した。生成される酸素分子はW3に押し出されるようにしてO5原子近傍のVal185側鎖で被われる疎水環境を通って、Asp61側に透過するため、非極性の酸素分子の誘導に最適な環境が形成されている。また、Asp61からPSII外のチラコイド内側には酸素分子が透過できるチャネルが形成されているため、PSII-OECの水分解反応は蛋白環境場が効率的な反応に極めて重要である。本反応過程は自然界における効率的な光エネルギー変換システムとして極めて重要であり、自然が27億年以上かけて改善し獲得してきたPSIIの水分解反応の効率的仕組みの1つであると考えている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

順調に進行している。当初の計画通り、MnCaO4の再構築過程の理論解明を行い、論文発表に至った。我々の理論解析結果の発表の後で、J.KernらはKok-Joliot cycle中の全ての安定中間体状態(Si, i=0-3)のXFEL構造を報告している(Nature 2018)。彼らの構造ではS3状態生成後にW3近傍に新たな水分子の存在が見えており、その結果からW3が基質水分子の候補であると結論付けている。また、SugiuraらはVal185 をThrに置換することで、S3 -> S0遷移が極めて遅くなることを報告した(BBA 2018)。これらの結果は我々のS3->S0遷移での反応機構と良く整合しており、計画通りに研究が発展してきている。

今後の研究の推進方策

反応中間体の構造がXFELで報告されており、これまで予想もしなかったような構造変化が観測できるようになってきているので、それらの理論解析を実施する。さらに、人工光合成の研究を進展させるように。モデル錯体における構造や電子状態、反応性の相違について理論解明する。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 3件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Possibility of the right-opened Mn-oxo intermediate (R-oxo (4444)) among all nine intermediates in the S3 state of the oxygen-evolving complex of photosystem II revealed by large-scale QM/MM calculations2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Koichi Miyagawa, Kizashi Yamaguchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 518 ページ: 81-90

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.chemphys.2018.11.003

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theory of chemical bonds in metalloenzymes XXII: a concerted bond-switching mechanism for the oxygenーoxygen bond formation coupled with one electron transfer for water oxidation in the oxygen-evolving complex of photosystem II2018

    • 著者名/発表者名
      K Yamaguchi, M Shoji, Hiroshi Isobe, K Miyagawa, K Nakatani
    • 雑誌名

      Molecular Physics

      巻: 2018 ページ: 1-35

    • DOI

      https://doi.org/10.1080/00268976.2018.1552799

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nonadiabatic one-electron transfer mechanism for the O-O bond formation in the oxygen-evolving complex of photosystem II2018

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Yasuteru Shigeta, Takahito Nakajima, Kizashi Yamaguchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 698 ページ: 138-146

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.cplett.2018.02.056

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Concerted mechanism of water insertion and O2 release during the S4 to S0 transition of the oxygen-evolving complex in photosytem II2018

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, H.Isobe, Y.Shigeta, T.Nakajima, K.Yamaguchi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 122 (25) ページ: 6491-6502

    • DOI

      DOI: 10.1021/acs.jpcb.8b03465

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 光化学系II酸素発生中心の反応機構2018

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 雑誌名

      アンサンブル

      巻: 40(4) ページ: 238-242

    • 査読あり
  • [学会発表] 光化学系II酸素発生中心でのS3→S0反応機構2018

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      第1回合同班会議, 伊東、静岡(口頭)
  • [学会発表] A new approach for searching reaction pathways applicable to quantum mechanical calculations2018

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji
    • 学会等名
      CCS-;EPCC Joint Workshop, Edinburgh Parallel Computing Centre (EPCC), University of Edinburgh (Oral)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 分子構造探索および反応経路探索のための新手法(GLAS 法)の提唱2018

    • 著者名/発表者名
      庄司光男、常盤恭樹、山崎笙太朗、栢沼愛、重田育照
    • 学会等名
      第21回理論化学討論会、岡崎カンファレンスセンター、岡崎 (口頭)
  • [学会発表] QM/MM study on the O2 formation and O2 release mechanism in the oxygen-evolving complex of photosystem II2018

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, H.Isobe, Y.Shigeta, T.Nakajima, K.Yamaguchi
    • 学会等名
      the 56th Annual Meeting of The BioPhysical Society of Japan, Okayama University, Okayama (oral)
    • 国際学会
  • [学会発表] QM/MM study on the S state transitions of the oxygen-evolving complex in photosystem II2018

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, H.Isobe, Y.Shigeta, T.Nakajima, K.Yamaguchi
    • 学会等名
      the 43rd International Conference on Coordination Chemistry (ICCC2018), Sendai, Miyagi (oral invited)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] 研究グループホームページ

    • URL

      https://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/

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公開日: 2019-12-27  

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