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2020 年度 実績報告書

理論計算を基盤とした生合成経路の探索と生合成リデザインへの挑戦

公募研究

研究領域生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学
研究課題/領域番号 19H04643
研究機関東京大学

研究代表者

内山 真伸  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (00271916)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
キーワード理論計算 / 生合成経路
研究実績の概要

多種多様な構造を持つテルペノイドは、テルペン環化酵素により基本骨格構築がされており、その反応機構の解明は分子多様性解明の鍵となる。しかしながら、酵素内部での複雑な連続多段階反応のため、中間体の単離や反応機構の全容解明は実験科学のみでは困難である。本研究では、異なる数種のテルペノイドの環化反応の計算科学・理論解析を通して構造多様性創出の原理(反応経路、選択性発現機構など)を明らかにし、実験化学者との共同研究を通じて遷移状態制御により新規セスタテルペン骨格構築への発展を目指し研究を行った。主な成果として、セスキテルペン化合物 Trichobrasilenol の生合成経路の解明について述べる。セスキテルペン類によく見られるbicyclo[4.3.0]nonane 構造は、「ブラシラン型骨格」と呼ばれ、40 年以上前に発見・報告されたにも関わらず、その生合成メカニズムはずっと謎のままであった。2020 年に本研究領域内の東京大学の葛山教授らにより、1,3-水素移動反応、3 箇所の CーC 結合の開裂、π結合の生成、水和反応という 6 個の化学反応が進行することが緻密な標識実験によって示されたが、この複雑骨格合成のための反応機構にはいくつかの疑問が残ったままであった。本研究では、我々が独自に開発した様々な理論的手法を駆使することで、ブラシラン型骨格の新たな生成メカニズムの提案に成功した。この反応機構は、標識実験の結果とも完全に合致し、また類縁体天然物の生合成も説明できる非常に合理的なものであった。他にも、セスタテルペン合成酵素の初期配座固定メカニズムの解明、Preasperterpenoid 類の反応機構解析、インドールジテルペン化合物 Lolitrem 生合成でのラジカル閉環反応の理論解析、海洋天然物シマラクトンにおける電子環状反応の理論解析にも成功した。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 12件、 オープンアクセス 1件)

  • [雑誌論文] Nucleophilic Activation of Hydrosilanes via a Strain-Imposing Strategy Leading to Functional Sila-aromatics2021

    • 著者名/発表者名
      Ikeuchi Toshiya、Hirano Keiichi、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 ページ: 4879~4885

    • DOI

      10.1021/jacs.0c12619

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Illuminating Stannylation2021

    • 著者名/発表者名
      Sakamoto Kyoka、Nagashima Yuki、Wang Chao、Miyamoto Kazunori、Tanaka Ken、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 ページ: 5629~5635

    • DOI

      10.1021/jacs.1c00887

    • 査読あり
  • [雑誌論文] α‐Cyclodextrin Encapsulation of Bicyclo[1.1.1]pentane Derivatives: A Storable Feedstock for Preparation of [1.1.1]Propellane2021

    • 著者名/発表者名
      Matsunaga Tadafumi、Kanazawa Junichiro、Ichikawa Tomohiro、Harada Mei、Nishiyama Yusuke、Duong Nghia Tuan、Matsumoto Takashi、Miyamoto Kazunori、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 60 ページ: 2578~2582

    • DOI

      10.1002/anie.202014997

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inter‐Element Boration Reactions of Carbon‐Carbon Multiple Bonds via Lewis‐Basic Activation of Boron Reagents2021

    • 著者名/発表者名
      Hirano Keiichi、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Advanced Synthesis & Catalysis

      巻: 363 ページ: 2340~2353

    • DOI

      10.1002/adsc.202001610

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of Phthalocyanine-Based Functional Molecules with Tunable Optical and Chiroptical Properties2021

    • 著者名/発表者名
      Muranaka Atsuya、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 94 ページ: 872~878

    • DOI

      10.1246/bcsj.20200336

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Room-temperature chemical synthesis of C22020

    • 著者名/発表者名
      Miyamoto Kazunori、Narita Shodai、Masumoto Yui、Hashishin Takahiro、Osawa Taisei、Kimura Mutsumi、Ochiai Masahito、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 2134

    • DOI

      10.1038/s41467-020-16025-x

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] DFT Study of a Missing Piece in Brasilane-Type Structure Biosynthesis: An Unusual Skeletal Rearrangement2020

    • 著者名/発表者名
      Sato Hajime、Hashishin Takahiro、Kanazawa Junichiro、Miyamoto Kazunori、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 ページ: 19830~19834

    • DOI

      10.1021/jacs.0c09616

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nucleophilic Diboration Strategy Targeting Diversified 1‐Boraphenarene Architectures2020

    • 著者名/発表者名
      Hirano Keiichi、Morimoto Kensuke、Fujioka Shota、Miyamoto Kazunori、Muranaka Atsuya、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 59 ページ: 21448~21453

    • DOI

      10.1002/anie.202009242

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biosynthesis of Indole Diterpene Lolitrems: Radical‐Induced Cyclization of an Epoxyalcohol Affording a Characteristic Lolitremane Skeleton2020

    • 著者名/発表者名
      Jiang Yulu、Ozaki Taro、Harada Mei、Miyasaka Tadachika、Sato Hajime、Miyamoto Kazunori、Kanazawa Junichiro、Liu Chengwei、Maruyama Jun‐ichi、Adachi Masaatsu、Nakazaki Atsuo、Nishikawa Toshio、Uchiyama Masanobu、Minami Atsushi、Oikawa Hideaki
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 59 ページ: 17996~18002

    • DOI

      10.1002/anie.202007280

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sila‐ and Germacarboxylic Acids: Precursors for the Corresponding Silyl and Germyl Radicals2020

    • 著者名/発表者名
      Xu Ning‐Xin、Li Bi‐Xiao、Wang Chao、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 59 ページ: 10639~10644

    • DOI

      10.1002/anie.202003070

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Decarboxylative Bromination of Sterically Hindered Carboxylic Acids with Hypervalent Iodine(III) Reagents2020

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Ayumi、Koyamada Kenta、Miyamoto Kazunori、Kanazawa Junichiro、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Organic Process Research & Development

      巻: 24 ページ: 1328~1334

    • DOI

      10.1021/acs.oprd.0c00130

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A remarkably air-stable quinodimethane radical cation2020

    • 著者名/発表者名
      Harada Mei、Tanioka Masaru、Muranaka Atsuya、Aoyama Tetsuya、Kamino Shinichiro、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 56 ページ: 9565~9568

    • DOI

      10.1039/D0CC04025H

    • 査読あり

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公開日: 2021-12-27  

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