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2019 年度 実績報告書

C4光合成を調節する新規分子の動的構造機能解析

公募研究

研究領域新光合成:光エネルギー変換システムの再最適化
研究課題/領域番号 19H04735
研究機関立命館大学

研究代表者

松村 浩由  立命館大学, 生命科学部, 教授 (30324809)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
キーワードC4光合成 / 調節機構 / 構造機能相関
研究実績の概要

本研究では、(1)CP12-3の標的探索と相互作用解析、(2)CP12/GAPDH/PRK複合体の動的構造機能解析、(3)CP12-3/標的および関連酵素群の動的構造機能解析を行った。
(1)については、C4植物のフラベリアCP12-3の結合分子を同定することができた。その情報とフラベリアの代謝経路をもとに、CP12-3が特異的にC4光合成を調節している可能性が分かってきた。CP12-3については大腸菌での発現・精製系を構築することができた。そして、CP12-3の結合分子の発現系の構築を行ったが、年度前半はDNA配列情報が正しくなかったために実験が順調に進まなかった。その後、DNA配列の情報の精査を行い、さらにコドン最適化やN末端配列の最適化といった大腸菌発現での発現系スクリーニングの結果、上清に酵素が得られることが確認できた。また、CP12-3にはまだ他の標的候補が存在するが、今後は、これらが精製でき次第、結合実験と生化学実験および構造解析を行う予定である。
(2)については、高速AFM観測によるCP12/GAPDH/PRK複合体の形成を確認でき、これらを詳細に解析した。
(3)については、領域内の共同研究として、C4光合成の中心酵素であるPEPCの調節機構の解明(龍谷大学 古本先生)低温馴化酵素RuBisCOの構造解析(東京大学 矢守先生)、大腸菌でのコハク酸合成鍵酵素PEPCの構造解析(大阪大学 清水先生、大阪大学 栗栖先生)を進めてきた。低温馴化酵素RuBisCOの研究については、生育温度の異なる条件下(15℃と30℃)で育成したホウレンソウのRubiscoそれぞれで1.8A分解能および1.45A分解能での構造解析をすることができた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

(1)CP12-3の標的探索と相互作用解析、(2)CP12/GAPDH/PRK複合体の動的構造機能解析、(3)CP12-3/標的および関連酵素群の動的構造機能解析、それぞれにおいて進展が見られ、おおむね順調に進展していると考えている。理由を以下に述べる。
(1)については、C4植物のフラベリアCP12-3の結合分子を同定することができた。さらに、その結合分子について、コドン最適化やN末端配列の最適化といった大腸菌発現での発現系スクリーニングの結果、上清に酵素が得られることが確認できた。また、CP12-3にはまだ他の標的候補が存在するが、今後は、これらが精製でき次第、結合実験と生化学実験、および構造解析を行う予定である。(2)については、高速AFMを用いた詳細な解析を行うことができた。(3)については、二酸化炭素固定酵素Rubiscoの高分解能解析から低温馴化メカニズムや炭酸固定酵素PEPCの構造解析からpH調節メカニズムを明らかにすることができつつある。

今後の研究の推進方策

(1)CP12-3の標的探索と相互作用解析、(2)CP12/GAPDH/PRK複合体の動的構造機能解析、(3)CP12-3/標的および関連酵素群の動的構造機能解析を引き続き行っていく。(1)については、結合分子の同定と、大腸菌での発現・精製系の構築がほぼ完了したため、まずはCP12-3/結合分子の結合を確認し、その後、その活性がどのように酵素活性を調節しているかを生化学実験によって調べる予定である。
(2)については、高速AFMで測定した結果があるために、それらの解析を継続して行って、動的解析を終了したいと考えている。
(3)については、継続して領域内の共同研究を積極的に進める。具体的には、葉緑体内のNAD/NADPバランスを司る酵素NADKの構造解析(埼玉大学 河合先生)、C4光合成およびコハク酸合成の鍵酵素PEPCの構造解析(明治大学 小山内先生)、低温馴化酵素RuBisCOの構造解析(東京大学 矢守先生)、大腸菌でのコハク酸合成鍵酵素PEPCの構造解析(大阪大学 清水先生、大阪大学 栗栖先生)、ピルビン酸輸送体Bass2-NHD1の構造解析の可能性検討(龍谷大学 古本先生)を進める。今後も積極的に共同研究を展開していきたいと考えている。

  • 研究成果

    (18件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Crystal structures of the cell-division protein FtsZ from Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli2020

    • 著者名/発表者名
      Yoshizawa Takuya、Fujita Junso、Terakado Haruna、Ozawa Mayuki、Kuroda Natsuko、Tanaka Shun-ichi、Uehara Ryo、Matsumura Hiroyoshi
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications

      巻: 76 ページ: 86~93

    • DOI

      10.1107/S2053230X2000076X

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure-Guided Design of a Fluorescent Probe for the Visualization of FtsZ in Clinically Important Gram-Positive and Gram-Negative Bacterial Pathogens2019

    • 著者名/発表者名
      Ferrer-Gonzalez Edgar、Fujita Junso、Yoshizawa Takuya、Nelson Julia M.、Pilch Alyssa J.、Hillman Elani、Ozawa Mayuki、Kuroda Natsuko、Al-Tameemi Hassan M.、Boyd Jeffrey M.、LaVoie Edmond J.、Matsumura Hiroyoshi、Pilch Daniel S.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 ページ: 20092

    • DOI

      10.1038/s41598-019-56557-x

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 細胞分裂タンパク質FtsZに特異的に結合する蛍光プローブの開発2020

    • 著者名/発表者名
      黒田 奈津子、吉澤 拓也、上原 了、藤田 純三、小澤 真由季、寺門 榛名、Daniel S. Pilch、松村浩由
    • 学会等名
      日本農芸化学会関西支部例会(第512回)
  • [学会発表] 毒性ポリペプチドによる相分離シャペロン阻害2019

    • 著者名/発表者名
      藤原彩乃、上原 武尊、上原 了、吉澤 拓也、松村 浩由
    • 学会等名
      第4回LLPS研究会・ASUKA若手交流会2019
  • [学会発表] 光合成関連酵素の構造機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      松村 浩由
    • 学会等名
      新学術領域研究「新光合成」2019年度秋期領域会議
  • [学会発表] 30°Cおよび15°Cで栽培したホウレンソウRubiscoのX線構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      西川 雄裕、上原 了、吉澤 拓也、松村 浩由
    • 学会等名
      新学術領域研究「新光合成」2019年度秋期領域会議
  • [学会発表] 好熱性および常温性シアノバクテリアRubiscoの構造生物学的研究2019

    • 著者名/発表者名
      石原 拓弥、上原 了、吉澤 拓也、松村 浩由
    • 学会等名
      新学術領域研究「新光合成」2019年度秋期領域会議
  • [学会発表] 炭酸固定酵素PEPCのフィードバック阻害脱感作機構の解明を目指した結晶学的研究2019

    • 著者名/発表者名
      堅川 舞陽、上原 了、吉澤 拓也、松村 浩由
    • 学会等名
      新学術領域研究「新光合成」2019年度秋期領域会議
  • [学会発表] 植物光合成の高効率化に向けたカルビン回路タンパク質の構造機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      篠原 航大、上原了、吉澤 拓也、松村 浩由
    • 学会等名
      新学術領域研究「新光合成」2019年度秋期領域会議
  • [学会発表] Structural insight into the mechanism of Monobody-mediated alteration of enzyme substrate specificity2019

    • 著者名/発表者名
      Riki Iwamoto, Takuya Yoshizawa, Ryo Uehara, Kazufumi Takano, Shohei Koide, Hiroyoshi Matsumura, Shun-ichi Tanaka
    • 学会等名
      JSBBA KANSAI 6th Student Forum
  • [学会発表] Structural analyses of the cell division protein FtsZ from E. coli and K. puemoniae2019

    • 著者名/発表者名
      Mayuki Ozawa, Haruna Terakado, Natsuko Kuroda, Ryo Uehara, Takuya Yoshizawa, Shun-ichi Tanaka, Hiroyoshi Matsumura
    • 学会等名
      JSBBA KANSAI 6th Student Forum
  • [学会発表] Crystal structures of Rubisco purified from spinach grown at 30℃ and 15℃2019

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Nishikawa, Ryo Uehara, Takuya Yoshizawa, Wataru Yamori, Hiroyoshi Matsumura
    • 学会等名
      JSBBA KANSAI 6th Student Forum
  • [学会発表] Toxic PR poly-dipeptide encoded by the C9orf72 targets phase separation chaperone2019

    • 著者名/発表者名
      Ayano Fujiwara, Takeru Uehara, Ryo Uehara, Takuya Yoshizawa, Hiroyoshi Matumura
    • 学会等名
      JSBBA KANSAI 6th Student Forum
  • [学会発表] Function and structure of multiheme-containing selenoprotein2019

    • 著者名/発表者名
      Ryuta Tobe, Takuya Yoshizawa, Yukiko Izu, Mst. Ishrat Jahan, Bunta Yoshimura, Hiroyoshi Matsumura, Hisaaki Mihara
    • 学会等名
      第8回国際セレン学会
  • [学会発表] X-ray crystallographic analysis of S. aureus FtsZ complexed with inhibitors and a fluorescent probe2019

    • 著者名/発表者名
      Mayuki Ozawa, Junso Fujita, Takuya Yoshizawa, Natsuko Kuroda, Haruna Terakado, Ryo Uehara, Edgar Ferrer-Gonzalez, Julia M. Nelson, Alyssa J. Pilch, Elani Hillman, Ajit K. Parhi, Edmond J. LaVoie, Daniel S. Pilch, Hiroyoshi Matsumura
    • 学会等名
      International Symposium on Diffraction Structure Biology 2019(ISDSB2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural insight into the mechanism of Monobody-mediated alteration of enzyme substrate specificity2019

    • 著者名/発表者名
      Riki Iwamoto, Takuya Yoshizawa, Ryo Uehara, Kazufumi Takano, Shohei Koide, Hiroyoshi Matsumura, Shun-ichi Tanaka
    • 学会等名
      International Symposium on Diffraction Structure Biology 2019(ISDSB2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] 光量変動と代謝調節をつなぐ新規分子の定量的手法を取り入れた構造機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      松村浩由
    • 学会等名
      新学術領域研究「新光合成」2019年度春期領域会議
  • [学会発表] Dynamic structural analysis and drug design of S. aureus FtsZ2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroyoshi Matsumura, Junso Fujita, Haruna Terakado, Mayuki Ozawa, Nanami Ueda, Shun-ich Tanaka, Takuya Yoshizawa
    • 学会等名
      日本細菌学会
    • 招待講演

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公開日: 2021-01-27  

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