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2019 年度 実績報告書

深層学習を用いた安静時機能的MRIからの汎用特徴量抽出

公募研究

研究領域人工知能と脳科学の対照と融合
研究課題/領域番号 19H04998
研究機関国立研究開発法人国立精神・神経医療研究センター

研究代表者

山下 祐一  国立研究開発法人国立精神・神経医療研究センター, 神経研究所 疾病研究第七部, 室長 (40584131)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
キーワード計算論的精神医学 / 深層学習 / ニューラルネットワーク / 精神疾患
研究実績の概要

本研究課題では、安静時機能的磁気共鳴画像(rsfMRI) データを高解像度(voxel-based)・階層性・非線形性を伴いながら、深層ニューラルネットワーク(DNN)を用いて解析する技術を用いて、(1)脳活動の個人特徴や認知的特性を反映しうる汎用特徴量抽出技術の開発を行い、(2)開発した汎用特徴量抽出技術を健常者から統合失調症、発達障害を含む精神疾患を対象として適用し、rsfMRIデータから患者個々人の診断・疾患予後・治療反応性予測などを総合的に評価する、精神疾患の評価法開発を探索的に検討した。
初年度はまず、申請者らがこれまでに開発した高解像度(voxel-based)のrsfMRIデータをDNNで解析する技術を用いて、脳活動の個人特徴や認知的特性を反映しうる汎用特徴量抽出技術の開発を試みる。実験には、健常者と統合失調症患者100人分以上のrsfMRIデータが登録されているCOBREなどの公開データベースから取得するデータを用いた。DNNとして、自然画像からの特徴量抽出に一般的に用いられる畳み込みネットワーク(CNN)をMRI画像用に最適化したものを用いた。CNNに、rsfMRIの各フレーム(一般的なrsfMRIは10-15分間の撮像時間に対して100-200フレームのMRI画像で構成される)のオリジナル画像(約15万次元)を入力し、出力として"入力画像が誰のものであるか"という個人識別をするよう学習を行った。実験の結果、学習では経験していない未知のサンプル被験者の脳活動(つまり複数のフレーム画像で構成されるrsfMRI画像)を、一人の個人に由来すると認識した上で、学習で経験した人の特徴の組み合わせとして表現できることが明らかになった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

申請者らが開発した高解像度(voxel-based)のrsfMRIデータをDNNで解析する技術を用いて、脳活動の個人特徴や認知的特性を反映しうる汎用特徴量抽出技術の開発を試みた。具体的には、CNNに、rsfMRIの各フレーム(一般的なrsfMRIは10-15分間の撮像時間に対して100-200フレームのMRI画像で構成される)のオリジナル画像(約15万次元)を入力し、出力として"入力画像が誰のものであるか"という個人識別をするよう学習を行った。結果として、学習では経験していないサンプル被験者の脳活動(つまり複数のフレーム画像で構成されるrsfMRI画像)を、一人の個人に由来すると認識した上で、学習した人の特徴の組み合わせとして表現できることが確認された。

今後の研究の推進方策

開発した個人識別CNNによって抽出した特徴量と精神疾患の臨床情報との関係を検証することで、個人識別以上の有効性を持つことを検証する。COBREデータセットには統合失調症患者のデータが含まれるため、本研究では、統合失調症の診断予測を行う。従来の機能的結合解析に基づく特徴量との比較を行うことで、提案手法が、従来手法と同等以上の有効性を持つことを確認する。

  • 研究成果

    (27件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 オープンアクセス 3件、 査読あり 3件) 学会発表 (21件) (うち国際学会 7件、 招待講演 8件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] A review on neural network models of schizophrenia and autism spectrum disorder2020

    • 著者名/発表者名
      Lanillos Pablo、Oliva Daniel、Philippsen Anja、Yamashita Yuichi、Nagai Yukie、Cheng Gordon
    • 雑誌名

      Neural Networks

      巻: 122 ページ: 338~363

    • DOI

      10.1016/j.neunet.2019.10.014

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Exploration-related strategy mediates negative coupling between decision-making performance and psychiatric symptoms2019

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Shinsuke、Yamashita Yuichi、Katahira Kentaro
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 2019 ページ: 730614

    • DOI

      10.1101/730614

    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Effective Augmentation of Creativity-Involving Productivity Consequent to Spontaneous Selectivity in Knowledge Acquisition2019

    • 著者名/発表者名
      Kurashige Hiroki、Yamashita Yuichi、Hanakawa Takashi、Honda Manabu
    • 雑誌名

      Frontiers in Psychology

      巻: 10 ページ: 600

    • DOI

      10.3389/fpsyg.2019.00600

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Predicting anxiety state using smartphone-based passive sensing2019

    • 著者名/発表者名
      Fukazawa Yusuke、Ito Taku、Okimura Tsukasa、Yamashita Yuichi、Maeda Takaki、Ota Jun
    • 雑誌名

      Journal of Biomedical Informatics

      巻: 93 ページ: 103151~103151

    • DOI

      10.1016/j.jbi.2019.103151

    • 査読あり
  • [学会発表] 規則の推論過程における予測の確信度と汎化性能との関連2019

    • 著者名/発表者名
      宗田卓史, Ahmadreza Ahmadi, 谷淳, 星野幹雄, 本田学, 花川隆, 山下祐一
    • 学会等名
      日本発達神経科学学会第8回学術集会
  • [学会発表] 神経興奮性の変調による過学習と行動切り替えの困難さ-RNNとロボットを用いた発達障害の知見の橋渡し-2019

    • 著者名/発表者名
      出井勇人,村田真悟,山下祐一,尾形哲也
    • 学会等名
      日本発達神経科学学会第8回学術集会
  • [学会発表] クラウドソーシングによる目標指向描画タスクと多尺度発達障害 ・精神障害精神疾患傾向の大規模データ収集2019

    • 著者名/発表者名
      村田真悟,柳田耀,片平健太郎,鈴木真介,尾形哲也,山下祐一
    • 学会等名
      日本発達神経科学学会第8回学術集会
  • [学会発表] Extracting features from structural brain image using convolutional autoencoder2019

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi H, Hashimoto Y, Sugihara G, Miyata J, Murai T, Takahashi H, Honda M, Yamashita Y
    • 学会等名
      第3回ヒト脳イメージング研究会
  • [学会発表] Exploratory network analyses for relationships among cognitive functions using fMRI meta-analysis database2019

    • 著者名/発表者名
      倉重宏樹, 金子順, 山下祐一, 大須理英子, 大高洋平, 花川隆, 本田学, 川畑秀明
    • 学会等名
      第3回ヒト脳イメージング研究会
  • [学会発表] Revealing relationships among cognitive functions based on functional connectivity and large-scale meta-analysis database2019

    • 著者名/発表者名
      Kurashige H, Yamashita Y, Osu R, Otaka Y, Hanakawa T, Honda M, Kawabata H
    • 学会等名
      第42回日本神経科学学会全国大会
  • [学会発表] 人とRecurrent Neural Network の描画インタラクション実験 Web 実験による大規模学習用データ収集とその解析2019

    • 著者名/発表者名
      柳田耀, 村田真悟, 片平健太郎, 鈴木真介, 尾形哲也, 山下祐一
    • 学会等名
      第33回人工知能学会全国大会
  • [学会発表] Large-scale Data Collection for Goal-directed Drawing Task with Self-report Psychiatric Symptom Questionnaires via Crowdsourcing2019

    • 著者名/発表者名
      Murata S, Yanagida H, Katahira K, Suzuki S, Ogata T, and Yamashita Y
    • 学会等名
      2019 IEEE International Conference on Systems, Man, and Cybernetics
    • 国際学会
  • [学会発表] Resting state networks on electrocorticograms reveal global and local cortical functional structures2019

    • 著者名/発表者名
      Komatsu M, Yamada T, Kaneko T, Okano H, Yamamori T, Ichinohe N, Yamashita Y
    • 学会等名
      49h Annual Meeting of Society for Neuroscience
    • 国際学会
  • [学会発表] Revealing hierarchical relationships among cognitive functions as a concept lattice using formal concept analysis2019

    • 著者名/発表者名
      Kurashige H, Yamashita Y, Osu R, Otaka Y, Hanakawa T, Honda M, Kawabata H
    • 学会等名
      49h Annual Meeting of Society for Neuroscience
    • 国際学会
  • [学会発表] Analysis of Imitative Interactions between Typically Developed or Autistic Participants and a Robot with a Recurrent Neural Network2019

    • 著者名/発表者名
      Murata S, Hiranoz K, Higashiz N, Kumagaya S, Yamashita Y, and Ogata T
    • 学会等名
      The 9th joint IEEE International Conference on Development and Learning (ICDL) and the International Conference on Epigenetic Robotics (EpiRob)
    • 国際学会
  • [学会発表] Extracting feature from structural brain image using convolutional auto-encoder2019

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi H, Hashimoto Y, Honda M, Yamashita Y
    • 学会等名
      2019 OHBM annual meeting
    • 国際学会
  • [学会発表] New approach for analysis of resting-state functional MRI: Convolutional auto-encoder2019

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto Y, Ogata Y, Aizawa K, Yamashita Y
    • 学会等名
      2019 OHBM annual meeting
    • 国際学会
  • [学会発表] 脳の計算理論を用いて精神疾患の病態に迫る:神経ロボティクス的アプローチ2019

    • 著者名/発表者名
      山下祐一
    • 学会等名
      「次世代脳」冬のシンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 計算論的精神医学:脳の計算モデルに基づく精神障害の病態理解2019

    • 著者名/発表者名
      山下祐一
    • 学会等名
      第24回情動・社会行動と精神医学研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 階層的予測情報処理プロセスの失調としての精神障害:神経ロボティクス的アプローチ2019

    • 著者名/発表者名
      山下祐一
    • 学会等名
      生理研研究会「力学系の視点からの脳・神経回路の理解」
    • 招待講演
  • [学会発表] 計算論的精神医学:脳の計算モデルを用いて精神疾患の病態に迫る2019

    • 著者名/発表者名
      山下祐一
    • 学会等名
      蛋白研セミナー:精神疾患の分子・回路病態研究の最前線蛋白研セミナー:精神疾患の分子・回路病態研究の最前線
    • 招待講演
  • [学会発表] 計算論的精神医学:脳の計算理論による精神障害の病態理解2019

    • 著者名/発表者名
      山下祐一
    • 学会等名
      第10回 脳型人工知能とその応用ミニワークショップ
    • 招待講演
  • [学会発表] 計算論的精神医学に基づく精神障害の病態理解2019

    • 著者名/発表者名
      山下祐一
    • 学会等名
      日本オミックス医学会シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 予測符号化理論に基づく統合失調症の病態理解:精神病理学と神経科学の橋渡しとしての計算論的精神医学2019

    • 著者名/発表者名
      山下祐一
    • 学会等名
      第115回日本精神神経学会学術総会
    • 招待講演
  • [学会発表] Computational psychiatry: understanding neuropsychiatric disorders using computational modeling2019

    • 著者名/発表者名
      Yamashita Y
    • 学会等名
      2019 Annual Meeting of Korea NeuroPsychiatric Association (KNPA)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] 精神医学の科学的基盤2020

    • 著者名/発表者名
      加藤忠史
    • 総ページ数
      192
    • 出版者
      学樹書院
    • ISBN
      4906502539
  • [図書] 計算論的精神医学2019

    • 著者名/発表者名
      国里 愛彦、片平 健太郎、沖村 宰、山下 祐一
    • 総ページ数
      328
    • 出版者
      勁草書房
    • ISBN
      432625131X

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公開日: 2021-12-27  

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