テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法のヒストン修飾解析への応用

2019 年度 実績報告書

• 研究領域: 遺伝子制御の基盤となるクロマチンポテンシャル
• 研究課題/領域番号: 19H05270
• 研究機関: 中央大学
• 研究代表者: 田口 善弘 中央大学, 理工学部, 教授 (30206932)
• 研究期間 (年度): 2019-06-28 – 2021-03-31
• キーワード: テンソル分解 / 教師無し学習 / インシリコ創薬

研究実績の概要

２０１９年度はテンソル分解と主成分分析を用いた教師無し学習についての著書を英文単著でシュプリンガー社から出版することができた。またテンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法をシングルセル解析に適用し、ヒトとマウスの中脳の発生過程の統合解析を行った。また同様にシングルセル解析にテンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法を適用することでアルツハイマー病のインシリコ創薬を行った。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

ンソル分解と主成分分析を用いた教師無し学習についての著書を英文単著でシュプリンガー社から出版することができた。

今後の研究の推進方策

マルチオミックスデータに提案手法を適用することを考える。

研究成果

• [雑誌論文] Identifying suitable tools for variant detection and differential gene expression using RNA-seq data (2020)
  • 著者名/発表者名: Dharshini S. Akila Parvathy、Taguchi Y.-H.、Gromiha M. Michael
  • 雑誌名: Genomics 巻: 112 ページ: 2166～2172
  • DOI: 10.1016/j.ygeno.2019.12.011
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Neurological Disorder Drug Discovery from Gene Expression with Tensor Decomposition (2020)
  • 著者名/発表者名: Taguchi Y-h.、Turki Turki
  • 雑誌名: Current Pharmaceutical Design 巻: 25 ページ: 4589～4599
  • DOI: 10.2174/1381612825666191210160906
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Development of a novel anti-hepatitis B virus agent via Sp1 (2020)
  • 著者名/発表者名: Hayakawa Michiyo、Umeyama Hideaki、Iwadate Mitsuo、Taguchi Y.-H.、Yano Yoshihiko、Honda Takashi、Itami-Matsumoto Saori、Kozuka Ritsuzo、Enomoto Masaru、Tamori Akihiro、Kawada Norifumi、Murakami Yoshiki
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 10 ページ: 47
  • DOI: 10.1038/s41598-019-56842-9
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] SCGRNs: Novel supervised inference of single-cell gene regulatory networks of complex diseases (2020)
  • 著者名/発表者名: Turki Turki、Taguchi Y-h.
  • 雑誌名: Computers in Biology and Medicine 巻: 118 ページ: 103656～103656
  • DOI: 10.1016/j.compbiomed.2020.103656
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法の一細胞RNA-seq解析への応用 (2020)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 雑誌名: 信学技報 巻: 119(360) ページ: 55-59
• [雑誌論文] 機械学習による遺伝子情報の解析技術と 医薬品開発への応用 (2020)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 雑誌名: ファームステージ 巻: 19(11) ページ: 15-20
• [雑誌論文] Sp1を標的としたHBVウィルスの新規阻害剤の探索 (2020)
  • 著者名/発表者名: 早川 路代 , 梅山 秀明 , 岩舘 満雄 , 田口 善弘 , 村上 善基
  • 雑誌名: 情報処理学会研究報告 巻: 2020-BIO-61(1) ページ: 1-7
• [雑誌論文] Tensor Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction Applied to Single-Cell Gene Expression Analysis (2019)
  • 著者名/発表者名: Taguchi Y-h.、Turki Turki
  • 雑誌名: Frontiers in Genetics 巻: 10 ページ: 864
  • DOI: 10.3389/fgene.2019.00864
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Discovery of a Robust Gene Regulatory Network with a Complex Transcription Factor Network on Organ Cancer Cell-line RNA Sequence Data (2019)
  • 著者名/発表者名: Kalbuaji Bharata、Taguchi Y-H.、Konagaya Akihiko
  • 雑誌名: Chem-Bio Informatics Journal 巻: 19 ページ: 32～55
  • DOI: 10.1273/cbij.19.32
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Investigating the energy crisis in Alzheimer disease using transcriptome study (2019)
  • 著者名/発表者名: Dharshini S. Akila Parvathy、Taguchi Y.-h.、Gromiha M. Michael
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 9 ページ: 18509
  • DOI: 10.1038/s41598-019-54782-y
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] テンソル分解と主成分分解を用いた教師なし学習による社会性昆虫のカーストの脳の遺伝子発現プロファイルとDNAメチル化の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口善弘
  • 雑誌名: 情報処理学会研究報告 巻: 2019-BIO-58(61) ページ: 1-6
• [雑誌論文] 生物学と物理学 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口善弘
  • 雑誌名: 窮理 巻: 12 ページ: 1-9
• [雑誌論文] 『予備校のノリで学ぶ大学数学』 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 雑誌名: 大学の物理教育 巻: 25 ページ: 103～104
  • DOI: 10.11316/peu.25.2_103
• [雑誌論文] 機械学習のコモディティ化 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 雑誌名: 日本物理学会誌 巻: 74 ページ: 659～660
  • DOI: 10.11316/butsuri.74.9_659
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] テンソル分解に基づく教師なし学習による変数選択はMicroRNAトランスフェクションにより仲介されるmRNAの配列非特異的オフターゲット調節の普遍的性質を同定することができる (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 雑誌名: 情報処理学会研究会報告 巻: 2019-BIO-59(3) ページ: 1-7
• [雑誌論文] 『インストールいらずのLATEX入門』 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 雑誌名: 大学の物理教育 巻: 25 ページ: 147～148
  • DOI: 10.11316/peu.25.3_147
• [雑誌論文] テンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択法のＴＣＧＡデータベースにおける卵巣がんデータのmicroRNA発現プロファイルとメチル化プロファイルへの適用 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘 , 呉 家樂
  • 雑誌名: 情報処理学会研究報告 巻: 2019-BIO-60(2) ページ: 1-7
• [雑誌論文] バイオインフォマティクスと倫理・社会 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 雑誌名: 信学技報 巻: 119(329) ページ: 47-50
• [学会発表] Application of tensor decomposition based unsupervised feature extraction to multi- omics data set (2019)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi
  • 学会等名: BioInfOMICS2019
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Tensor decomposition based unsupervised feature extraction applied to bioinformatics (2019)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi
  • 学会等名: PreMed'19
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択のマルチオミックスデータ解析への応用 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田口善弘
  • 学会等名: 第４２回日本分子生物学会年会 2019年12月3日 日本分子生物学会
• [学会発表] Tensor decomposition based unsupervised feature extraction applied to drug discovery from gene expression analysis (2019)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi
  • 学会等名: The 5th IITM - Tokyo Tech Joint Symposium titled "Current trends in Bioinformatics: Big data analysis, machine learning and drug design"
  • 国際学会 / 招待講演
• [図書] Regulatory microRNA (2020)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘 , 王 秀瑛
  • 総ページ数: 348
  • 出版者: MDPI
  • ISBN: 9783038977681
• [図書] Unsupervised Feature Extraction Applied to Bioinformatics A PCA Based and TD Based Approach (2019)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi
  • 総ページ数: 321
  • 出版者: Springer International
  • ISBN: 9783030224554