HLA遺伝子の多様性にもとづくヤポネシア人進化の解明

2020 年度 実績報告書

• 研究領域: ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明
• 研究課題/領域番号: 19H05344
• 研究機関: 金沢大学
• 研究代表者: 細道 一善 金沢大学, 医学系, 准教授 (50420948)
• 研究期間 (年度): 2019-04-01 – 2021-03-31
• キーワード: ヤポネシアゲノム / HLA

研究実績の概要

古代人のHLA遺伝子型を決定手法の確立
これまでに研究代表者が開発してきた NGSを用いたHLA遺伝子の解析手法を、バクテリアゲノムを多く含み、断片化が進んだ古代人DNAを対象にしたものに最適化するために、プローブデザインを再設計ならびにハイブリダイゼーションの条件を再検証した。DNAライブラリとプローブの比率を変更し、ハイブリの時間を2時間に短縮しても、一般的なヒトゲノムDNAのシークエンスキャプチャーであればオンターゲット率は85%に濃縮できるプロトコールとして最適化した。一方、含まれるヒトゲノムが微量の場合はそのオンターゲット率が15%程度の濃縮にとどまる結果となったが、HLAタイピングが可能なリード数を得ることができる条件であることを確認した。計画研究A02で解析が進められた縄文DNA、尻労安部サンプルを対象として上述のHLA遺伝子解析手法によるHLAタイピングを試みた。結果は良好で、縄文DNAサンプルであってもHLA型をクリニカルグレードとなる第4区域で決定することが可能であった。尻労安部のHLAアレル頻度はいずれの遺伝子においても日本列島人集団において10位以内となる高頻度のタイプであった。
現代人のHLA遺伝子解析
金沢大学で進めている、志賀町など能登地域を対象にしたゲノムコホートの住民DNAサンプルを対象に37のHLA遺伝子ならびに非HLA遺伝子についてシークエンスを実施した。1,187検体について第3区域(6桁)までのタイピングが完了している。また、日本人集団以外の解析として、東北アジアの5民族集団、北部漢民族、満民族、中国在住朝鮮民族(中国、ハルピン)、ブリヤート民族(ロシア、イルクーツク)およびモンゴル民族(モンゴル、ウランバートル)、さらに、アマゾン先住民族の一つであるワオラニ族のHLAタイピングを実施した。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [国際共同研究] Universidad San Francisco de Quito(エクアドル)
  • 国名: エクアドル
  • 外国機関名: Universidad San Francisco de Quito
• [雑誌論文] HLA class I allele-lacking leukocytes predict rare clonal evolution to MDS/AML in patients with acquired aplastic anemia (2021)
  • 著者名/発表者名: Hosokawa K, Mizumaki H, Yoroidaka T, Maruyama H, Imi T, Tsuji N, Urushihara R, Tanabe M, Zaimoku Y, Nguyen MAT, Tran DC, Ishiyama K, Yamazaki H, Katagiri T, Takamatsu H, Hosomichi K, Tajima A, Azuma F, Ogawa S, Nakao S.
  • 雑誌名: Blood 巻: 印刷中 ページ: 印刷中
  • DOI: 10.1182/blood.2020010586
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of HLA gene polymorphisms in East Africans reveals evidence of gene flow in two Semitic populations from Sudan (2021)
  • 著者名/発表者名: Aamer W, Hassan HY, Nakaoka H, Hosomichi K, Jaeger M, Tahir H, Abdelraheem MH, Netea MG, Inoue I.
  • 雑誌名: European Journal of Human Genetics 巻: 印刷中 ページ: 印刷中
  • DOI: 10.1038/s41431-021-00845-6
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A novel RFX6 heterozygous mutation (p.R652X) in maturity‐onset diabetes mellitus: A case report (2021)
  • 著者名/発表者名: Imaki S, Iizuka K, Horikawa Y, Yasuda M, Kubota S, Kato T, Liu Y, Takao K, Mizuno M, Hirota T, Suwa T, Hosomichi K, Tajima A, Fujiwara Y, Yamazaki Y, Kuwata H, Seino Y, Yabe D.
  • 雑誌名: Journal of Diabetes Investigation 巻: 印刷中 ページ: 印刷中
  • DOI: 10.1111/jdi.13545
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of LILRB3 and LILRA6 allelic variants in the Japanese population (2021)
  • 著者名/発表者名: Hirayasu K, Sun J, Hasegawa G, Hashikawa Y, Hosomichi K, Tajima A, Tokunaga K, Ohashi J, Hanayama R.
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 印刷中 ページ: 印刷中
  • DOI: 10.1038/s10038-021-00906-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] MCPIP1 reduces HBV-RNA by targeting its epsilon structure (2020)
  • 著者名/発表者名: Li Y, Que L, Fukano K, Koura M, Kitamura K, Zheng X, Kato T, Aly HH, Watashi K, Tsukuda S, Aizaki H, Watanabe N, Sato Y, Suzuki T, Suzuki HI, Hosomichi K, Kurachi M, Wakae K, Muramatsu M.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 10 ページ: 印刷中
  • DOI: 10.1038/s41598-020-77166-z
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A toddler with phylloid-type pigmentary mosaicism and ambiguous genitalia resulting from trisomy 14 induced by a der(Y)t(Y;14) (2020)
  • 著者名/発表者名: Romero VI, Pozo JC, Saenz S, Llamos-Paneque A, Liehr T, Hosomichi K, Tajima A.
  • 雑誌名: Human Genome Variation 巻: 7 ページ: 印刷中
  • DOI: 10.1038/s41439-020-00113-x
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] HLA-B*39:01:01 is a novel risk factor for antithyroid drug-induced agranulocytosis in Japanese population (2020)
  • 著者名/発表者名: Nakakura S, Hosomichi K, Uchino S, Murakami A, Oka A, Inoue I, Nakaoka H.
  • 雑誌名: The Pharmacogenomics Journal 巻: 21 ページ: 94～101
  • DOI: 10.1038/s41397-020-00187-4
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alopecia areata susceptibility variant in MHC region impacts expressions of genes contributing to hair keratinization and is involved in hair loss (2020)
  • 著者名/発表者名: Oka A, Takagi A, Komiyama E, Yoshihara N, Mano S, Hosomichi K, Suzuki S, Haida Y, Motosugi N, Hatanaka T, Kimura M, Ueda MT, Nakagawa S, Miura H, Ohtsuka M, Tanaka M, Komiyama T, Otomo A, Hadano S, Mabuchi T, Beck S, Inoko H, Ikeda S.
  • 雑誌名: EBioMedicine 巻: 57 ページ: 102810～102810
  • DOI: 10.1016/j.ebiom.2020.102810
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A case of MODY5-like manifestations without mutations or deletions in coding and minimal promoter regions of the <i>HNF1B</i> gene (2020)
  • 著者名/発表者名: Kuwabara-Ohmura Y, Iizuka K, Liu Y, Takao K, Nonomura K, Kato T, Mizuno M, Hosomichi K, Tajima A, Miyazaki T, Horikawa Y, Yabe D.
  • 雑誌名: Endocrine Journal 巻: 67 ページ: 981～988
  • DOI: 10.1507/endocrj.EJ20-0038
  • 査読あり
• [雑誌論文] A frequent nonsense mutation in exon 1 across certain HLA-A and -B alleles in leukocytes of patients with acquired aplastic anemia (2020)
  • 著者名/発表者名: Mizumaki H, Hosomichi K, Hosokawa K, Yoroidaka T, Imi T, Zaimoku Y, Katagiri T, Nguyen MAT, Tran DC, Elbadry MIY, Chonabayashi K, Yoshida Y, Takamatsu H, Ozawa T, Azuma F, Kishi H, Fujii Y, Ogawa S, Tajima A, Nakao S.
  • 雑誌名: Haematologica 巻: 印刷中 ページ: 印刷中
  • DOI: 10.3324/haematol.2020.247809
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A catalog of the pathogenic mutations of LDL receptor gene in Japanese familial hypercholesterolemia (2020)
  • 著者名/発表者名: Tada H, Hori M, Nomura A, Hosomichi K, Nohara A, Kawashiri MA, Harada-Shiba M.
  • 雑誌名: Journal of Clinical Lipidology 巻: 14 ページ: 346～351.e9
  • DOI: 10.1016/j.jacl.2020.03.002
  • 査読あり
• [雑誌論文] HLA loci predisposing to immune TTP in Japanese: potential role of the shared ADAMTS13 peptide bound to different HLA-DR (2020)
  • 著者名/発表者名: Sakai K, Kuwana M, Tanaka H, Hosomichi K, Hasegawa A, Uyama H, Nishio K, Omae T, Hishizawa M, Matsui M, Iwato K, Okamoto A, Okuhiro K, Yamashita Y, Itoh M, Kumekawa H, Takezako N, Kawano N, Matsukawa T, Sano H, Ohshiro K, Hayashi K, Ueda Y, Mushino T, Ogawa Y, Yamada Y, Murata M, Matsumoto M.
  • 雑誌名: Blood 巻: 135 ページ: 2413～2419
  • DOI: 10.1182/blood.2020005395
  • 査読あり
• [雑誌論文] Subtype-specific gout susceptibility loci and enrichment of selection pressure on ABCG2 and ALDH2 identified by subtype genome-wide meta-analyses of clinically defined gout patients (2020)
  • 著者名/発表者名: Nakayama A, Hosomichi K(33番目/54名), Matsuo H.
  • 雑誌名: Annals of the Rheumatic Diseases 巻: 79 ページ: 657～665
  • DOI: 10.1136/annrheumdis-2019-216644
  • 査読あり
• [学会発表] ゲノム解析技術の革新と医学・医療へのインパクト (2020)
  • 著者名/発表者名: 細道 一善
  • 学会等名: 第56回日本移植学会 教育講演
  • 招待講演
• [学会発表] MHCおよびKIR遺伝子群のNGS解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 細道 一善
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第65回大会 シンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] Clonal Hematopoiesis By HLA Class I Allele-Lacking Hematopoietic Stem Cells and Concomitant Aberrant Stem Cells Is Rarely Associated with Clonal Evolution to Secondary Myelodysplastic Syndrome and Acute Myeloid Leukemia in Patients with Acquired Aplastic Anemia (2020)
  • 著者名/発表者名: Hosokawa K, Mizumaki H, Yoroidaka T, Maruyama H, Imi T, Tsuji N, Urushihara R, Tanabe M, Zaimoku Y, Nguyen MAT, Tran DC, Ishiyama K, Yamazaki H, Katagiri T, Hosomichi K, Tajima A, Azuma F, Ogawa S, Nakao S
  • 学会等名: 62nd ASH Annual Meeting
  • 国際学会
• [図書] 月刊糖尿病【全容が解き明かされつつある糖尿病遺伝素因】次世代シークエンサー（NGS）による新規糖尿病遺伝子同定のピットフォール ～in silico解析による意義不明変異（VUS）の取り扱いについて～ (2020)
  • 著者名/発表者名: 細道一善
  • 総ページ数: 7
  • 出版者: 医学出版