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2019 年度 実績報告書

澎湖水道出土古人骨の全ゲノム解析

公募研究

研究領域ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明
研究課題/領域番号 19H05350
研究機関東京大学

研究代表者

太田 博樹  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
キーワード古代ゲノム / 古人骨 / 後期旧石器時代 / 台湾 / 澎湖水道 / 海底遺跡 / ホモ・サピエンス / 人類進化
研究実績の概要

【研究目的】日本列島でホモ・サピエンスの活動が約3万8千年前から認められる。日本列島のヒト集団の形成をゲノム情報から議論することを目的とし、東アジアの後期旧石器時代の古人骨ゲノム解析を分析する。
【研究計画実施状況】本研究では、台湾・澎湖水道の海底から引き上げられた未発表の古人骨化石に着目した。この標本は、同地点から採取された原人化石(Chang et al. Nature Communications 2015)とは別のもので、本研究班の未公表の予備分析から、形態的にホモ・サピエンスと考えて矛盾ない。2019年度、まず5月にこの標本を採取し、研究協力者である海部陽介(国立科学博物館)とともに分析をおこなった張鈞翔(台中自然史博物館 主任)を東京大学に招き、セミナーおよび研究打ち合わせをおこなった。そこで話し合われた計画にしたがい、8月に台中自然史博物館を再訪問し、追加試料の要請を行った。11月には、澎湖水道出土古人骨のプロテオミクス解析に関する共同研究についてコペンハーゲン大学のEnrico Cappellini(准教授)とFrido Welker(博士研究員)とメール会議をおこなった。1月に東京大学・生物科学専攻に完成した古代ゲノム解析専用クリーンルームにて、2015年に採取した澎湖水道出土古人骨の骨片からDNA抽出をおこなった。3月にこの抽出DNAをもちいてNGSライブラリーを作成し、イルミナ社汎用性NGS機であるMiSeqでプレ・スクリーニングをおこなった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

プレ・スクリーニングの結果、マップ率はdeep sequencingへ進めるには十分ではなかった。死後劣化(Post-mortem degradation)におけるヒト以外の生物のDNAがかなり混入したと考えられる。

今後の研究の推進方策

今後、追加試料の分析を進めると並行し、古代プロテオミクス解析を進める。

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (3件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 3件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] 台中自然史博物館(中国)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      台中自然史博物館
  • [国際共同研究] コペンハーゲン大学(デンマーク)

    • 国名
      デンマーク
    • 外国機関名
      コペンハーゲン大学
  • [雑誌論文] Analysis of ancient human mitochondrial DNA from Verteba Cave, Ukraine: insights Into the origins and expansions of the Late Neolithic-Chalcolithic Cututeni-Tripolye Culture.2020

    • 著者名/発表者名
      R. Schmidt, K. Wakabayashi, D. Waku, T. Gakuhari, K. Koganebuchi, M. Ogawa, J. Karsten, M. Sokhatsky, H. Oota
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: 128 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1537/ase.200205

  • [雑誌論文] Parallel evolution of the two dmrt1-derived genes dmy and dm-W for verterbrate sex determination2020

    • 著者名/発表者名
      S. Mawaribuchi, K. Nakasako, K. Tamura, M. Matsuda, T. Katsumura, H. Oota, G. Watanabe, S. Yoneda, N. Takamatsu, M. Ito
    • 雑誌名

      iSCIENCE

      巻: 23 ページ: 100757

    • DOI

      10.1016/j.isci.2019.100757.

  • [雑誌論文] Medaka population genome structure and demographic history described via genotyping-by-sequencing.2019

    • 著者名/発表者名
      T. Katsumura, S. Oda, H. Mitani, H. Oota
    • 雑誌名

      G3

      巻: 9 ページ: 217-228

    • DOI

      10.1534/g3.118.200779.

  • [学会発表] Adaptation to cultural environments found in human genome diversity2019

    • 著者名/発表者名
      H. Oota
    • 学会等名
      UTokyo Symposium 2019 “Crossing Boundaries: Migration, Mediation, Morality”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 古代ゲノム解析からみた東アジア人類集団史/ Ancient genome analyses show peopling history of East Asians2019

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      日本人類遺伝学会第64回大会 シンポジウム「現代日本人の遺伝的多様性」(
    • 招待講演
  • [学会発表] Changes in blood component and DNA methylation patterns in healthy men exposed hypobaric hypoxia.2019

    • 著者名/発表者名
      M. Motoi, H. Toyoshima, K. Nakayama, F. Kishida, S.Shin, T. Nishimura, Y. Yasukochi, T. Katsumura, H. Oota, T. Maeda & S. Watanuki
    • 学会等名
      The 14th International Congress of physiological Anthropology
    • 国際学会
  • [学会発表] The fine structural approach to clarify the pathophysiological mechanism of orthopedic diseases by analyzing the spinal excurved Medaka mutant, wavy (wy)2019

    • 著者名/発表者名
      T. Nishimaki, K. Uchida, M. Yamada, S. Oda, A. Oga, H.Oota, T. Katsumura, M. Takaso, M. Ogawa
    • 学会等名
      The 19th Congress of the International Federation of Associations of Anatomists
    • 国際学会
  • [学会発表] Understanding diversification of language comparing with human genetic history2019

    • 著者名/発表者名
      H. Matsumae, P. Savage, P. Ranacher, D.E. Blasi, T.E. Currie, T. Sato, A. Tajima, S. Brown, M. Stoneking, K.K. Shimizu, H. Oota, and B. Bickel
    • 学会等名
      日本進化学会第21回大会
  • [学会発表] 縄文人のHLA型推定2019

    • 著者名/発表者名
      渡辺裕介、太田博樹、徳永勝士、覚張隆史、西田奈央、人見祐基、澤井浩美、Khor Seik Soon
    • 学会等名
      第28回日本組織適合性学会
  • [学会発表] 千葉県・西広および祇園原貝塚出土縄文人骨の集団ゲノム解析(第一報)2019

    • 著者名/発表者名
      和久大介、覚張隆史、Guido M. Valverde、長岡朋人、平田和明、豊田敦、米田穣、高橋龍三郎、太田博樹
    • 学会等名
      第73回日本人類学会大会
  • [学会発表] ゲノム多型解析に基づく現代日本人の地域差2019

    • 著者名/発表者名
      今西規、小金渕佳江、三橋里美、西田奈央、斎藤憲司、太田博樹、田辺秀之
    • 学会等名
      第73回日本人類学会大会
  • [学会発表] 主成分分析を用いた混血率の推定2019

    • 著者名/発表者名
      久我明穂、太田博樹、大橋順
    • 学会等名
      第73回日本人類学会大会

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公開日: 2021-01-27  

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