• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2020 年度 実績報告書

生体分子の改造・創成を実現する新規進化分子工学的スクリーニング技術の開発

公募研究

研究領域発動分子科学:エネルギー変換が拓く自律的機能の設計
研究課題/領域番号 19H05380
研究機関東京大学

研究代表者

上野 博史  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 助教 (10546592)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
キーワード分子機械 / 進化分子工学 / マイクロデバイス
研究実績の概要

本研究では進化分子工学による生体分子の改造・創成を実現する新規スクリーニング技術の開発を目的とする。具体的には1DNA 隔離、タンパク質発現・精製、機能評価、DNA 回収というスクリーニングプロセスをマイクロチャンバーデバイス内で実現する新規進化分子工学的スクリーニング技術を開発する。本研究が実現すれば、1デバイスあたり数万個~数十万個のライブラリの高精度スクリーニングが一日で可能になる。モデル生体分子としてはATPase を対象とし、ATPを分解して化学エネルギーを力学的エネルギーへと変換する分子機械F1-ATPase の改造や新規機能の創成への適応を目指す。スクリーニングを実現するにはATPase反応のデバイス内での検出が必要になる。そこで前年度に、ATP分解で生じるADP、Piを酵素カップリング反応により蛍光物質へと変換しデバイス内で検出する新規方法を開発し、10分子程度のATPaseの活性を蛍光で検出できることを示した。しかし、サンプルが存在しない場合でも偽陽性の信号が出る問題と、バックグラウンドの蛍光の上昇が大きいという問題が出てきた。そこで本年度は、この計測法の最適化を行った。具体的には、偽陽性信号の原因と考えられた酵素カップリング反応に用いる酵素を全て自前で調製・精製することにより、偽陽性信号の低減を試みた。また溶液の構成要素の検討を行うことで、バックグラウンドの蛍光上昇の低減を試みた。結果、偽陽性信号を1/33に、バックグラウンドの蛍光上昇を1/5に低減することに成功した。さらにこの最適化した実験系により、ATPase1分子のデバイス内検出を実現し、活性の低いATPaseと高いATPaseの活性を区別することにも成功した。これはこの新規検出系を用いることで、活性の高いATPaseをデバイス内でスクリーニング可能であることを示している。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (5件)

  • [雑誌論文] Kinetic analysis of the inhibition mechanism of bovine mitochondrial F1-ATPase inhibitory protein using biochemical assay2021

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Ryohei、Mori Sougo、Ueno Hiroshi、Noji Hiroyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1093/jb/mvab022

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The 3 × 120° rotary mechanism ofParacoccus denitrificansF1-ATPase is different from that of the bacterial and mitochondrial F1-ATPases2020

    • 著者名/発表者名
      Zarco-Zavala Mariel、Watanabe Ryo、McMillan Duncan G. G.、Suzuki Toshiharu、Ueno Hiroshi、Mendoza-Hoffmann Francisco、Garc?a-Trejo Jos? J.、Noji Hiroyuki
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 117 ページ: 29647~29657

    • DOI

      10.1073/pnas.2003163117

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Monodisperse Liposomes with Femtoliter Volume Enable Quantitative Digital Bioassays of Membrane Transporters and Cell-Free Gene Expression2020

    • 著者名/発表者名
      Soga Naoki、Ota Akira、Nakajima Kota、Watanabe Rikiya、Ueno Hiroshi、Noji Hiroyuki
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 14 ページ: 11700~11711

    • DOI

      10.1021/acsnano.0c04354

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Correlation between the numbers of rotation steps in the ATPase and proton-conducting domains of F- and V-ATPases2020

    • 著者名/発表者名
      Noji Hiroyuki、Ueno Hiroshi、Kobayashi Ryohei
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 12 ページ: 303~307

    • DOI

      10.1007/s12551-020-00668-7

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Tight Chemomechanical Coupling of the F1 Motor Relies on Structural Stability2020

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Mana、Kawakami Tomohiro、Okaniwa Tomoaki、Nakayama Yohei、Toyabe Shoichi、Ueno Hiroshi、Muneyuki Eiro
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 119 ページ: 48~54

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2020.04.039

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tracking the 3D Rotational Dynamics in Nanoscopic Biological Systems2020

    • 著者名/発表者名
      Igarashi Ryuji、Sugi Takuma、Sotoma Shingo、Genjo Takuya、Kumiya Yuta、Walinda Erik、Ueno Hiroshi、Ikeda Kazuhiro、Sumiya Hitoshi、Tochio Hidehito、Yoshinari Yohsuke、Harada Yoshie、Shirakawa Masahiro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 ページ: 7542~7554

    • DOI

      10.1021/jacs.0c01191

    • 査読あり
  • [学会発表] Development of an enzyme-coupled fluorometric digital bioassay for ATPase2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno, Mayu Hara, Mio Sano, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Elucidation of inhibition mechanism by IF1, a natural inhibitor protein for bovine mitochondrial ATP synthase2020

    • 著者名/発表者名
      Ryohei Kobayashi, Sougo Mori, Hiroshi Ueno, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Characterization of the enzymatic property and structural dynamics of the T3SS ATPase from Enteropathogenic Escherichia coli2020

    • 著者名/発表者名
      Aya Suzuki, Hiroshi Ueno, Ryo Kurosaki, Takayuki Uchihashi, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Development of a split enzyme for wash-free digital bioassay2020

    • 著者名/発表者名
      Yanbo Ma, Hiroshi Ueno, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Single-molecule analysis of rotation of Enterococcus hirae V-ATPase depending on sodium ion concentration2020

    • 著者名/発表者名
      Akihiro Otomo, Tatsuya Iida, Hiroshi Ueno, Takeshi Murata, Ryota Iino
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会

URL: 

公開日: 2021-12-27   更新日: 2022-12-28  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi