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2020 年度 実績報告書

発動分子の化学-力学エネルギー変換機構の解明に資する高速AFM技術の開発

公募研究

研究領域発動分子科学:エネルギー変換が拓く自律的機能の設計
研究課題/領域番号 19H05389
研究機関名古屋大学

研究代表者

内橋 貴之  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (30326300)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
キーワード高速原子間力顕微鏡 / 発動分子 / 動態計測
研究実績の概要

i) フェリチンケージ分解過程の直接観察(A01-3上野Gとの領域内共同研究):鉄を貯蔵タンパク質フェリチンは自己集合によってかご状構造体を形成することが知られており, ナノ材料を調製するためのテンプレートとして広く使用されてきた。このかご状構造体は溶液のpHに依存して分解及び再構成されることが知られているが, それらの開始や中間状態に関与するダイナミクスは解明されていなかった。高速AFMで, 溶液中の単一のフェリチンケージのpH依存的な分解過程を観察した結果, かご状構造体が断片に分解する前に穴が形成されることを明らかにした。MDシミュレーションの結果, 穴はフェリチンタンパク質3個で構成される3回対称チャネルの開口形成でトリガーされることを明らかにした。(Basudev et al, PCCP 2020)
ii) 微小管の変形によるキネシンの運動速度変化( B01 角五Gとの領域内共研究):マイカ基板にアイランド上に平面脂質膜を形成し、さらに脂質膜を構成する正電荷脂質の量を制御することで、微小管を屈曲して基板に固定することができた。この微小管上で微小管関連運動タンパク質であるキネシンの滑走運動を高速AFMで観察した結果、微小管の変形が細胞内輸送に関与する滑走速度を制御していることが明らかになった。屈曲の曲率が異なる微小管でのキネシンの移動速度を解析したところ、曲率が大きくなるほどキネシンの運動速度が低下した。分子動力学シミュレーションでキネシンの運動速度低下の要因を探ったところ、変形した微小管ではキネシンの親和性が高まっているためであることがわかった。この結果は、キネシンの移動を制御するためのメカノセンサーとしての微小管の役割を明らかにし、微小管の機械的変形がキネシンの移動を制御する役割を果たしていることを示唆している。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 1件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 4件、 招待講演 4件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Non-close-packed arrangement of soft elastomer microspheres on solid substrates2021

    • 著者名/発表者名
      Yuma Sasaki, Seina Hiroshige, Masaya Takizawa, Yuichiro Nishizawa, Takayuki Uchihashi, Haruka Minato and Daisuke Suzuki
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: 11 ページ: 14562-14567

    • DOI

      10.1039/D1RA02688G

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Nanostructure and thermoresponsiveness of poly(N-isopropyl methacrylamide)-based hydrogel microspheres prepared via aqueous free radical precipitation polymerization2021

    • 著者名/発表者名
      Yuichiro Nishizawa, Haruka Minato, Takumi Inui, Ikuma Saito, Takuma Kureha, Mitsuhiro Shibayama, Takayuki Uchihashi and Daisuke Suzuki
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: 11 ページ: 13130-13137

    • DOI

      10.1039/D1RA01650D

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dynamic Assembly/Disassembly of Staphylococcus aureus FtsZ Visualized by High-Speed Atomic Force Microscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Junso Fujita, Shogo Sugiyama, Haruna Terakado, Maho Miyazaki, Mayuki Ozawa, Nanami Ueda, Natsuko Kuroda, Shun-ichi Tanaka, Takuya Yoshizawa, Takayuki Uchihashi and Hiroyoshi Matsumura
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 ページ: 1697

    • DOI

      10.3390/ijms22041697

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single-molecule level dynamic observation of disassembly of the apo-ferritin cage in solution2020

    • 著者名/発表者名
      Basudev Maity, Zhipeng Li, Kento Niwase, Christian Ganser, Tadaomi Furuta, Takayuki Uchihashi, Diannan Lu, Takafumi Ueno
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 22 ページ: 18562-18572

    • DOI

      10.1039/D0CP02069A

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Nanostructures, Thermoresponsiveness, and Assembly Mechanism of Hydrogel Microspheres during Aqueous Free-Radical Precipitation Polymerization2020

    • 著者名/発表者名
      Yuichiro Nishizawa, Haruka Minato, Takumi Inui, Takayuki Uchihashi*, Daisuke Suzuki
    • 雑誌名

      Langmuir

      巻: 37 ページ: 151-159

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.0c02654

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel Babesia bovis exported proteins that modify properties of infected red blood cells2020

    • 著者名/発表者名
      Hassan Hakimi, Thomas J Templeton, Miako Sakaguchi, Junya Yamagishi, Shinya Miyazaki, Kazuhide Yahata, Takayuki Uchihashi, Shin-ichiro Kawazu, Osamu Kaneko, Masahito Asada
    • 雑誌名

      PLoS pathogens

      巻: 16 ページ: e1008917

    • DOI

      10.1371/journal.ppat.1008917

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural insights into the mechanism of rhodopsin phosphodiesterase2020

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Ikuta, Wataru Shihoya, Masahiro Sugiura, Kazuho Yoshida, Masahito Watari, Takaya Tokano, Keitaro Yamashita, Kota Katayama, Satoshi P. Tsunoda, Takayuki Uchihashi, Hideki Kandori and Osamu Nureki
    • 雑誌名

      Nature Communications_

      巻: 11 ページ: 5605

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19376-7

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Convergent evolution of processivity in bacterial and fungal cellulases2020

    • 著者名/発表者名
      Taku Uchiyama, Takayuki Uchihashi#, Akihiko Nakamurad, Hiroki Watanabec, Satoshi Kanekoe, Masahiro Samejimaa, and Kiyohiko Igarashi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 117 ページ: 19896-19903

    • DOI

      10.1073/pnas.2011366117

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct visualization of the conformational change of FUS/TLS upon binding to promoter-associated non-coding RNA2020

    • 著者名/発表者名
      Nesreen Hamad, Hiroki Watanabe, Takayuki Uchihashi, Riki Kurokawa, Takashi Nagata, and Masato Katahira
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 56 ページ: 9134-9137

    • DOI

      10.1039/D0CC03776A

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Dynamics of a Protein Domain Relevant to the Water-Oxidizing Complex in Photosystem II as Visualized by High-Speed Atomic Force Microscopy2020

    • 著者名/発表者名
      Takaya Tokano, Yuki Kato, Shogo Sugiyama, Takayuki Uchihashi, and Takumi Noguchi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 124 ページ: 5847-5857

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c03892

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Assembly mechanism of a supramolecular MS-ring complex to initiate bacterial flagellar biogenesis in Vibrio species2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Terashima, Keiichi Hirano, Yuna Inoue, Takaya Tokano, Akihiro Kawamoto, Takayuki Kato, Erika Yamaguchi, Keiichi Namba, Takayuki Uchihashi, Seiji Kojima and Michio Homma
    • 雑誌名

      Journal of Bacteriology

      巻: 202 ページ: e00236-20

    • DOI

      10.1128/JB.00236-20

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Thermoresponsive structural changes of single poly(N-isopropyl acrylamide) hydrogel microspheres under densely packed conditions on a solid substrate2020

    • 著者名/発表者名
      Haruka Minato, Yuichiro Nishizawa, Takayuki Uchihashi and Disuke Suzuki
    • 雑誌名

      Polymer Journal

      巻: 52 ページ: 1137-1141

    • DOI

      10.1038/s41428-020-0372-3

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic behavior of an artificial protein needle contacting a membrane observed by high-speed atomic force microscopy2020

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Ueno, Kento Niwase, Daisho Tsubokawa, Kosuke Kikuchi, Natsumi Takai, Tadaomi Furuta, Ryuji Kawano, Takayuki Uchihashi
    • 雑誌名

      Nanoscale

      巻: 12 ページ: 8166-8173

    • DOI

      10.1039/D0NR01121E

    • 査読あり
  • [学会発表] 高速AFMによる酸素発生光化学系II のドメイン構造揺らぎの可視化2020

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      ブルカージャパン オンラインシンポジウム ~単一生体分子の動的プロセス評価に向けた高速AFM技術~
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡でタンパク質の一分子動態を可視化する2020

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      新学術領域合同シンポジウム-ソフトロボット学と発動分子科学の境界
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡で可視化する生体・人工分子のダイナミクス2020

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      岡山大学大学院医歯薬学総合研究科(薬学系) 先端薬学特論 公開セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] HS-AFM as a versatile tool to study dynamical and mechanical properties of proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Christian Ganser, Kimitoshi Takeda, Ryota Iino, Koichi Kato and Takayuki Uchihashi
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会: Symposium "The Multiple Modes of Proteins ? From Molecular Dynamics to Pathogenesis -
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間顕微鏡による膜輸送装置Secの動態観察2020

    • 著者名/発表者名
      長池航, 板家成良, 春山隆充, 塚崎智也, 内橋貴之
    • 学会等名
      日本生体エネルギー研究会第46回討論会
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡を用いた光化学系IIの動態観察2020

    • 著者名/発表者名
      戸叶貴也, 加藤祐樹, 杉山翔吾, 野口巧, 内橋貴之
    • 学会等名
      日本生体エネルギー研究会第46回討論会
  • [学会発表] Observation of Substrate Binding Sec Translocon and Structural Change of SecA with HS-AFM2020

    • 著者名/発表者名
      Wataru Nagaike, Takamitsu Haruyama, Tomoya Tsukazaki and Takayuki Uchihashi
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 国際学会
  • [学会発表] 溶液中HS-AFM observation of Amyloid β elongation and inhibition by antibodies2020

    • 著者名/発表者名
      Shogo Miyajima, Maho Yagi-Utsumi, Takayuki Uchihashi and Koichi Kato
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 国際学会
  • [学会発表] Chasing the transformation between monomer and dimer structure of cadherin anchored to supported lipid bilayer by high-speed AFM2020

    • 著者名/発表者名
      Shigetaka Nishiguchi, Hiroki Oda and Takayuki Uchihashi
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 国際学会
  • [図書] 膜タンパク質工学ハンドブック:第1編 第2章15「高速原子間力顕微鏡によるタンパク質の構造ダイナミクス解析」2020

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 総ページ数
      624
    • 出版者
      株式会社 エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      978-4-86043-537-0
  • [備考] 名古屋大学D研ホームページ

    • URL

      http://d.phys.nagoya-u.ac.jp/

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公開日: 2021-12-27  

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