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2020 年度 実績報告書

線虫C.エレガンスにおける凝集タンパク質および分子夾雑場のX線1分子観察

公募研究

研究領域分子夾雑の生命化学
研究課題/領域番号 20H04696
研究機関東京大学

研究代表者

倉持 昌弘  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (60805810)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
キーワード線虫C.エレガンス / X線1分子計測 / 結晶性 / 蛍光タンパク質 / 細胞内夾雑場
研究実績の概要

X線回折現象を利用した分子動態計測法(Diffracted X-ray Blinking, DXB)は、タンパク質分子に金ナノ結晶を標識し、単色X線を照射し、ナノ結晶由来のX線回折像を時分割取得することで、タンパク質分子の動的挙動をÅレベルで捉えることができます。最近、私は線虫C.エレガンス体内で機能するタンパク質分子のDXB計測を実施し、温度依存的な分子挙動の取得に成功しました。
本課題では、凝集性をもつ蛍光タンパク質に着目します。標的タンパク質は細胞内で凝集し、結晶化するユニークなタンパク質ですが、結晶化プロセスにおける分子の動的性質は明らかになっていません。標的分子は、発現初期は凝集せず細胞内に遊離した状態で存在しますが、ある段階で即座に凝集、結晶化します。この引き金となる要素は不明ですが、その要因として「過飽和状態」が関与すると考えました。そこで本研究では、生体内におけるタンパク質分子自身の動きと、その環境場の動的性質を観測することで、結晶化プロセスと関連した分子、夾雑場の物理パラメーター取得を行います。線虫C.エレガンスに標的分子を遺伝子発現させ、タンパク質自身の結晶性を利用したX線回折像から分子動態を取得し、かつ細胞内にナノ微粒子を導入することで夾雑場の観測も行います。DXBは単色X線を利用するため、生体内計測が可能で、放射光施設とラボX線回折装置で測定できます。時間的制限の少ないラボ計測をメインに展開し、また蛍光イメージング技術を組み合わせることで、細胞内の凝集状態を観察しながら、分子動態および夾雑場の同時計測を行います。生体内という分子夾雑環境、その中でダイナミックに振る舞うタンパク質の動的情報を取得し、結晶化を引き起こす細胞内環境、分子特性の実像に迫ります。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

現在までに、線虫サンプル系の作製、蛍光観察、および標的タンパク質分子のX線分子動態計測を行った。その結果、線虫体内の標的タンパク質分子から、微弱ではあったが分子由来のX線回折像を取得できた。また、この計測実験と並行して、微弱な回折信号からでも結晶動態を評価できる解析技術の開発にも取り組んだ。これにより、線虫体内に形成された結晶動態の温度依存性を評価することができた。つぎに、大型放射光施設SPring-8 BL40XUビームラインにおいて、準白色X線を利用した結晶動態計測を実施した。準白色光を利用することで、結晶の傾斜運動と回転運動、格子ゆらぎを区別することができる。プレリミナルな結果ではあるが、結晶の動きを反映したX線回折スポットを解析すると、結晶の傾斜運動および回転運動の定量変化を検出できた。これらの結果を統合することで、粒子回転、結晶格子ゆらぎの変化量を実空間スケールでそれぞれ評価できることがわかった。

今後の研究の推進方策

細胞内夾雑場の動態計測を実施するため、細胞内にナノ結晶を導入する手法の検討を行っている。線虫個体レベルの実験は困難さが伴うため、in vitro検証、培養細胞を利用した実験を実施している。細胞内に金イオンを導入後、光照射によりナノ粒子化する手法が有効である結果を得た。そこで、まず培養細胞を対象として、細胞内分子夾雑場のX線動態計測を実施し、凝集・結晶化プロセスと関連する夾雑場ゆらぎを定量評価する。これら一連の計測・解析を通して、細胞内、最終段階としては生体内における過飽和現象と結晶化プロセスの動的性質を明らかにしていきたい。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (9件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Tilting and rotational motions of silver halide crystal with diffracted X-ray blinking2021

    • 著者名/発表者名
      Kuramochi Masahiro、Omata Hiroki、Ishihara Masaki、Hanslin Sander ?.、Mizumaki Masaichiro、Kawamura Naomi、Osawa Hitoshi、Suzuki Motohiro、Mio Kazuhiro、Sekiguchi Hiroshi、Sasaki Yuji C.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s41598-021-83320-y

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Diffracted X-ray blinking measurements of interleukin 15 receptors in the inner/outer membrane of living NK cells2021

    • 著者名/発表者名
      Chang Jaewon、Baek Yonugseok、Lee Injee、Sekiguchi Hiroshi、Ichiyanagi Kouhei、Mio Kazuhiro、Nozawa Shunsuke、Fukaya Ryo、Adachi Shin-ichi、Kuramochi Masahiro、Sasaki Yuji C.
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 556 ページ: 53~58

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.03.144

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 線虫の凍結・低温耐性を改善する氷結合タンパク質の生体内作用機序の解明2021

    • 著者名/発表者名
      倉持 昌弘、三尾 和弘、津田 栄、佐々木 裕次
    • 雑誌名

      月刊「細胞」

      巻: 53 ページ: 66~69

  • [雑誌論文] 個体生物の凍結・低温耐性を改善する不凍タンパク質の生体内効果2021

    • 著者名/発表者名
      倉持 昌弘、三尾 和弘、津田 栄、佐々木 裕次
    • 雑誌名

      月刊「アグリバイオ」

      巻: 5 ページ: 93~98

  • [雑誌論文] Agonist and Antagonist-Diverted Twisting Motions of a Single TRPV1 Channel2020

    • 著者名/発表者名
      Fujimura Shoko、Mio Kazuhiro、Kuramochi Masahiro、Sekiguchi Hiroshi、Ikezaki Keigo、Mio Muneyo、Hengphasatporn Kowit、Shigeta Yasuteru、Kubo Tai、Sasaki Yuji C.
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 124 ページ: 11617~11624

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c08250

    • 査読あり
  • [雑誌論文] X-ray-based living-cell motion analysis of individual serotonin receptors2020

    • 著者名/発表者名
      Mio Kazuhiro、Ishihara Masaki、Fujimura Shoko、Sasaki Daisuke、Nozawa Shunsuke、Ichiyanagi Kohei、Fukaya Ryo、Adachi Shin-ichi、Kuramochi Masahiro、Sekiguchi Hiroshi、Kubo Tai、Sasaki Yuji C.
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 529 ページ: 306~313

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.05.200

    • 査読あり
  • [学会発表] 生きた細胞上の GPCR のミリ秒-マイクロ秒タイナミクスMilli- to microsecond dynamics of Single GPCR in Living Cells2021

    • 著者名/発表者名
      藤村章子、石原正輝、一柳光平、野澤俊介、足立伸一、深谷亮、倉持昌弘、関口博史、三尾和弘、佐々木裕次
    • 学会等名
      2020年度 量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] 回折X線フリンキンクによるタイヤコムの動的構造解析 Dynamic Structure Analysis for Tire Rubbers by Diffracted X-ray Blinking2021

    • 著者名/発表者名
      倉持昌弘、増井友美、間下亮、引田理英、新井達也、 三尾和弘、関口博史、岸本浩通、佐々木裕次
    • 学会等名
      2020年度 量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] 結晶性/非晶性 PEEK 高分子膜の時分割動態計測 Time-resolved observations of crystal / non-crystal PEEK film2021

    • 著者名/発表者名
      下村峻矢、倉持昌弘、佐々木大輔、新井達也、 引田理英、佐々木裕次
    • 学会等名
      2020年度 量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] DXB 法を用いた不凍タンハク質結晶の内部分子動態計測 Molecular motion of antifreeze protein in crystal measured by Diffracted X-ray Blinking2021

    • 著者名/発表者名
      新井達也、倉持昌弘、三尾和弘、佐々木裕次
    • 学会等名
      2020年度 量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] 固体高分子結晶性電解質内部のオヘラント分子動態計測 Operand-Measurement of molecular dynamics inside Solid Polymer Crystalline Electrolytes2021

    • 著者名/発表者名
      佐々木大輔、橘川莉子、中山美沙恵、倉持昌弘、一柳光平、深谷亮、関口博史、佐藤文菜、野澤俊介、足立伸一、三尾和弘、 田所誠、佐々木裕次
    • 学会等名
      2020年度 量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] 時分割回折X線ブリンキングによるソフトクリスタル動的特性観測2020

    • 著者名/発表者名
      倉持昌弘
    • 学会等名
      新学術領域研究「ソフトクリスタル」第7回領域全体会議国内
  • [学会発表] In vivo X-ray single-molecule observation of ice-binding proteins for Caenorhabditis elegans freezing tolerance2020

    • 著者名/発表者名
      M Kuramochi
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] 線虫C. エレガンスにおける凝集タンパク質および分子夾雑場のX線1分子観察2020

    • 著者名/発表者名
      倉持昌弘
    • 学会等名
      新学術領域研究「分子夾雑化学」第8回オンラインセミナー
  • [学会発表] 時分割回折X線ブリンキングによるソフトクリスタル動的特性観測2020

    • 著者名/発表者名
      倉持昌弘
    • 学会等名
      新学術領域研究「ソフトクリスタル」共同研究推進会議 2
  • [産業財産権] X線を用いた物質評価方法及び物質評価装置2020

    • 発明者名
      倉持昌弘、佐々木裕次、三尾和弘
    • 権利者名
      倉持昌弘、佐々木裕次、三尾和弘
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2020000127

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公開日: 2021-12-27  

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