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2021 年度 実績報告書

線虫C.エレガンスにおける凝集タンパク質および分子夾雑場のX線1分子観察

公募研究

研究領域分子夾雑の生命化学
研究課題/領域番号 20H04696
研究機関茨城大学

研究代表者

倉持 昌弘  茨城大学, 理工学研究科(工学野), 助教 (60805810)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
キーワード線虫C.エレガンス / X線1分子計測 / 結晶性 / 蛍光タンパク質 / 細胞内夾雑場
研究実績の概要

生体内における凝集・結晶化プロセスの動的性質を明らかにするため、結晶化タンパク質を対象として、タンパク質分子のX線動態計測、蛍光イメージングによる凝集状態観察、そして細胞内夾雑場のゆらぎ計測を実施し、夾雑環境場と凝集・結晶化の物理素過程の理解を目指した。
X線分子動態計測法は、標的タンパク質分子にナノ結晶を標識し、ナノ結晶由来のX線回折像を時分割取得することで、タンパク質分子の動きを捉えるユニークな計測法である。従来、タンパク質分子は、結晶性をもたないが、今回着目するタンパク質分子は細胞内で結晶化するため、タンパク質の動きを直接X線計測できる。これまで線虫サンプル系の作製、蛍光観察、およびタンパク質分子のX線分子動態計測を行った。その結果、線虫体内のタンパク質分子から、微弱ながらも分子由来の回折像を取得できた。一方、微弱信号から分子動態を捉えることは困難を極めたため、物性既知の無機材料を対象として、本計測法の検出限界改善に取り組んだ。試料最適化、X線測定用光学顕微鏡構築、新規の時分割解析法の考案など、ハード・ソフト両面の改良を行い、SN比の粗悪データからでも物性動態を評価できるようにした。これにより、線虫体内に形成された結晶動態の温度依存性を評価することができた。大型放射光施設SPring-8を利用した測定も実施し、線虫体内に形成された結晶分子は、結晶格子ゆらぎが主な運動成分であり、結晶成長と関連した動きである可能性が示唆された。これと並行して、タンパク質周囲の細胞夾雑環境の測定技術開発にも取り組んだ。さらに、結晶をキーワードとして、細胞や個体生物の凍結保存に着目し、本計測を適用した。生体内部で氷晶が成長していく瞬間を捉えることができ、結晶がどのように生体内で構築・蓄積されていくのか、その過程や動的構造の基礎知見を深めることができた。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2022 2021

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 1件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (9件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Dynamic motions of ice-binding proteins in living Caenorhabditis elegans using diffracted X-ray blinking and tracking2022

    • 著者名/発表者名
      Kuramochi Masahiro、Dong Yige、Yang Yue、Arai Tatsuya、Okada Rio、Shinkai Yoichi、Doi Motomichi、Aoyama Kouki、Sekiguchi Hiroshi、Mio Kazuhiro、Tsuda Sakae、Sasaki Yuji C.
    • 雑誌名

      Biochemistry and Biophysics Reports

      巻: 29 ページ: 101224~101224

    • DOI

      10.1016/j.bbrep.2022.101224

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Diffracted X-ray Tracking Method for Measuring Intramolecular Dynamics of Membrane Proteins2022

    • 著者名/発表者名
      Fujimura Shoko、Mio Kazuhiro、Ohkubo Tatsunari、Arai Tatsuya、Kuramochi Masahiro、Sekiguchi Hiroshi、Sasaki Yuji C.
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 23 ページ: 2343~2343

    • DOI

      10.3390/ijms23042343

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Superelasticity of a photo-actuating chiral salicylideneamine crystal2022

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi Takuya、Ishizaki Kazuki、Takagi Daisuke、Nishimura Kazuki、Shigemune Hiroki、Kuramochi Masahiro、Sasaki Yuji C.、Koshima Hideko、Asahi Toru
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 5 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s42004-021-00618-8

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] New Family Members of FG Repeat Proteins and Their Unexplored Roles During Phase Separation2021

    • 著者名/発表者名
      Shinkai Yoichi、Kuramochi Masahiro、Miyafusa Takamitsu
    • 雑誌名

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      巻: 9 ページ: -

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.708702

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Laboratory diffracted x-ray blinking to monitor picometer motions of protein molecules and application to crystalline materials2021

    • 著者名/発表者名
      Arai Tatsuya、Inamasu Rena、Yamaguchi Hiroki、Sasaki Daisuke、Sato-Tomita Ayana、Sekiguchi Hiroshi、Mio Kazuhiro、Tsuda Sakae、Kuramochi Masahiro、Sasaki Yuji C.
    • 雑誌名

      Structural Dynamics

      巻: 8 ページ: 044302~044302

    • DOI

      10.1063/4.0000112

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Living-Cell Diffracted X-ray Tracking Analysis Confirmed Internal Salt Bridge Is Critical for Ligand-Induced Twisting Motion of Serotonin Receptors2021

    • 著者名/発表者名
      Mio Kazuhiro、Fujimura Shoko、Ishihara Masaki、Kuramochi Masahiro、Sekiguchi Hiroshi、Kubo Tai、Sasaki Yuji C.
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 ページ: 5285~5285

    • DOI

      10.3390/ijms22105285

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis for the coiled-coil architecture of human CtIP2021

    • 著者名/発表者名
      Morton C. R.、Rzechorzek N. J.、Maman J. D.、Kuramochi M.、Sekiguchi H.、Rambo R.、Sasaki Y. C.、Davies O. R.、Pellegrini L.
    • 雑誌名

      Open Biology

      巻: 11 ページ: 210060~210060

    • DOI

      10.1098/rsob.210060

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] X線1分子追跡法を用いたTRPイオンチャネル運動の高速時分割計測と制御機構の理解2021

    • 著者名/発表者名
      三尾 和弘、藤村 章子、倉持 昌弘、関口 博史、佐々木 裕次
    • 雑誌名

      日本放射光学会誌

      巻: 34 ページ: 258-266

    • 査読あり
  • [学会発表] 線虫C. エレガンスにおける凝集タンパク質および分子夾雑場のX線1分子観察2022

    • 著者名/発表者名
      倉持昌弘
    • 学会等名
      新学術領域研究「分子夾雑化学」第6回領域会議
  • [学会発表] 回折X線ブリンキングによる結晶材料の動的構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      倉持昌弘、引田理英、佐々木裕次
    • 学会等名
      2021年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [学会発表] 時分割回折X線ブリンキングによるソフトクリスタル動的特性観測2022

    • 著者名/発表者名
      倉持昌弘
    • 学会等名
      新学術領域研究「ソフトクリスタル」第8回公開シンポジウム
  • [学会発表] 線虫C. エレガンスにおける凝集タンパク質および分子夾雑場のX線1分子観察2021

    • 著者名/発表者名
      倉持昌弘
    • 学会等名
      新学術領域研究「分子夾雑化学」第5回領域会議
  • [学会発表] 時分割回折X線ブリンキングによるソフトクリスタル動的特性観測2021

    • 著者名/発表者名
      倉持昌弘
    • 学会等名
      新学術領域研究「ソフトクリスタル」第7回公開シンポジウム
  • [学会発表] Mechanism of in-cell protein crystallization with supersaturated environment and its application2021

    • 著者名/発表者名
      倉持昌弘
    • 学会等名
      線虫研究の未来を創る会
  • [学会発表] X-ray avoidance behaviour in C. elegans2021

    • 著者名/発表者名
      大津乃亜、倉持昌弘
    • 学会等名
      線虫研究の未来を創る会
  • [学会発表] Cryopreservation of C. elegans by ice-binding protein2021

    • 著者名/発表者名
      下谷祐平、倉持昌弘
    • 学会等名
      線虫研究の未来を創る会
  • [学会発表] X線ブリンキング法による生物個体内の結晶化タンパク質および分子夾雑場観察2021

    • 著者名/発表者名
      倉持昌弘
    • 学会等名
      3新学術領域合同シンポジウム
    • 招待講演

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公開日: 2022-12-28  

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