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2009 年度 実績報告書

ソフトマターを対象とした液体論的マルチスケール解析手法の開発とその応用

公募研究

研究領域非平衡ソフトマター物理学の創成に関する総括研究
研究課題/領域番号 21015012
研究機関豊橋技術科学大学

研究代表者

墨 智成  豊橋技術科学大学, 大学院・工学研究科, 助教 (40345955)

キーワード蛋白 / 変性 / マルチスケールシミュレーション / dewetting / 疎水性相互作用 / 界面自由エネルギー / 水素結合ネットワーク / 界面誘起高密度水和層
研究概要

温度-圧力面上での蛋白質の変性における熱力学的変化は,Hawleyが提案した楕円型相図モデルによって,定性的に理解する事が出来る.しかしながら,これらの熱力学的変化を説明する分子論的機構に関する理解は十分とは言えない.本研究では,温度および圧力変化に伴う蛋白質の変性における水和自由エネルギー面の変化を解析し,コンパクトな天然構造の安定化およびグロビュールーコイル(G-C)転移によって出現する変性構造の安定化における水の本質的役割を明らかにする事を目的とする.
その第一歩として,凝集性液体の普遍的な性質(表面張力や気-液相転移等)に着目したLennard-Jones(LJ)溶媒を水の粗視化分子モデルとして用いた疎水性高分子鎖のマルチスケールシミュレーション解析を行った.その結果,高温・低圧領域での蛋白質の変性は,蒸気圧曲線に近づく際に,蛋白質の表面によって誘起される水のdewettingに起因したG-C転移として説明出来る事が示された.これまで,大気圧以下の低圧領域での変性の相図はほとんど議論される事はなかったが,我々は本研究の結果に基づき,蒸気圧曲線近傍の低圧領域において,常に変性状態が出現する形へ,相図が修正される可能性を指摘した.
一方で,低温・高圧領域における高圧および低温変性に対応したG-C転移は,LJ溶媒モデルでは再現出来ない事から,水の水素結合ネットワークに起因した疎水性相互作用の重要性が示唆される.我々は,水分子間の水素結合ネットワークによる寄与を考慮するために,水の分子モデルTIP4P/2005を溶媒として用いた疎水性高分子鎖のマルチスケールシミュレーションを行い,圧力誘起のG-C転移の再現に成功した.解析の結果から,G-C転移に伴う体積減少ΔV<0は,タンパク質内部の空孔へ水が浸透する従来の局所的描像とは異なる"タンパク質表面による水素結合ネットワークの切断によって誘起される高密度界面水和層の形成"に起因する新たな物理的メカニズムを見いだした.

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (8件)

  • [雑誌論文] Hydrophobic effects on multivalent-salt-induced self-condensation of DNA2009

    • 著者名/発表者名
      Tomonari Sumi, Chiaki Suzuki, Hideo Sekino
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys. 131

      ページ: 161103(1)-161103(4)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dewetting-induced globule-coil transitions of model polymers and possible implications high-temperature and low-pressure unfolding of proteins2009

    • 著者名/発表者名
      Tomonari Sumi, Nobuyuki Imazaki, Hideo Sekino
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys. 132

      ページ: 165101(1)-165101(8)

    • 査読あり
  • [学会発表] オスモライトによる蛋白質の変性メカニズム:添加物分子の水への親和性の重要性2010

    • 著者名/発表者名
      墨智成
    • 学会等名
      第65回日本物理学会年次大会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 年月日
      2010-03-21
  • [学会発表] 疎水性高分子鎖をプローブ分子として用いた蛋白質の高圧変性機構の解析:表面誘起高密度水和層の形成2010

    • 著者名/発表者名
      墨智成, 関野秀男
    • 学会等名
      日本物理学会20010年次大会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 年月日
      2010-03-21
  • [学会発表] 蛋白質の高圧変性機構:水素結合ネットワークの断絶による高密度水和層の形成2010

    • 著者名/発表者名
      墨智成, 関野秀男
    • 学会等名
      次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第4回公開シンポジウム
    • 発表場所
      岡崎コンファレンスセンター
    • 年月日
      2010-03-04
  • [学会発表] 疎水性高分子鎖をプロープ分子として用いた蛋白質の高圧変性メカニズムの解析2009

    • 著者名/発表者名
      墨智成, 関野秀男
    • 学会等名
      第23回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-12-01
  • [学会発表] オスモライトによるタンパク質の変性:粗視化分子モデルによる解析2009

    • 著者名/発表者名
      墨智成, 関野秀男
    • 学会等名
      日本物理学会2009秋季大会
    • 発表場所
      熊本大学
    • 年月日
      2009-09-27
  • [学会発表] オスモライトによるタンパク質の変性機構:過剰溶媒和vs.脱水和2009

    • 著者名/発表者名
      墨智成, 関野秀男
    • 学会等名
      第3回分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2009-09-23
  • [学会発表] Protein unfolding induced by Osmolytes : preferential solvation vs. Dehydration2009

    • 著者名/発表者名
      Tomonari Sumi, Hideo Sekino
    • 学会等名
      Gordon Research Conferences 2009 : Liquids, Chemistry & Physics of
    • 発表場所
      New Hampshire (USA)
    • 年月日
      2009-08-01
  • [学会発表] A thermodynamic analysis of osmolyte-induced protein unfolding2009

    • 著者名/発表者名
      Tomonari Sumi, Hideo Sekino
    • 学会等名
      The third Mini-Symposium on Liquids (MSL)
    • 発表場所
      Okayama
    • 年月日
      2009-06-20

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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