公募研究
特定領域研究「植物の生殖過程におけるゲノム障壁」では、「ゲノム障壁」機構を分子レベルで解明することを目的としている。その手段の1つとして、全ゲノム解読が終了したイネをモデルとして生殖に関わるステージや器官に対する大規模なマイクロアレイ実験を実施し、生殖関連遺伝子とそれらの生物学的機能を同定することを目標としている。この目標を達成するためには、イネ遺伝子の発現情報や機能アノテーション情報を網羅的に探索する必要がある。そこで、本研究課題では、ゲノム・ワイドな遺伝子情報を効率的に探索するために、WebデータベースOryzaExpresの構築・運営を行った。今年度は、特に、大規模マイクロアレイ・データから推定した生殖関連遺伝子の遺伝子発現ネットワークと機能アノテーションの情報を統合した。そのために、まず、公開データベースNCBI GEOより収集した全マイクロアレイ実験データより遺伝子発現ネットワークを構築し、類似の発現パターンを示す遺伝子群を抽出した。また、各遺伝子の機能アノテーション(代謝パスウェイ、ジーン・オントロジーなど)と共に発現ネットワークを俯瞰するためのインターフェースを構築した。OryzaExpressを用いることによって、遺伝子名や機能アノテーションから、発現パターンが類似する遺伝子群を簡便に閲覧・探索できる。
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すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (12件) 図書 (1件) 備考 (1件)
Plant Physiology
巻: 155 ページ: 881-891
Plant, Cell and Environment
巻: 34 ページ: 284-290
Plant and Cell Physiology
巻: 51 ページ: 220-229
巻: 51 ページ: 2060-2081
Genes & Genetic Systems
巻: 85 ページ: 220-229
巻: 51 ページ: 610-620
http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/
