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2010 年度 実績報告書

多中心プロトン移動を含むATP加水分解とその自由エネルギープロファイルの理論研究

公募研究

研究領域水を主役としたATPエネルギー変換
研究課題/領域番号 21118508
研究機関京都大学

研究代表者

山本 武志  京都大学, 理学研究科, 助教 (30397583)

キーワード溶媒和 / 生物物理 / 加水分解 / 酵素反応 / 分子シミュレーション / 量子化学 / 自由エネルギー / 統計力学
研究概要

本研究では、細胞内の化学・力学エネルギー変換で重要な役割を担うアデノシン三リン酸(ATP)分子の性質について、量子化学・統計力学に基づく理論的研究を行った。ATP分子は3つのリン酸基にエステルが付加したものであり、加水分解に伴う末端リン酸基の解離によって7--10kcal/mol程度の自由エネルギーを放出する。酵素や膜タンパク質は、放出された自由エネルギーを用いて触媒機能を発揮していると考えられている。本研究では、新学術領域の目的の一部として、特に溶液中での反応に焦点を当て、加水分解で生じる自由エネルギー変化の分子論的なメカニズムについて調べた。方法としては、反応に関与する分子を量子化学の方法で扱い、周りの水分子を経験的分子力場で扱うQM/MM法を用いた。特に、最近提案された平均場近似に基づく方法(溶質の波動関数を溶媒平均場の下で決定し、得られた平均波動関数を溶媒に埋め込む)を用いて、反応に伴う自由エネルギープロファイルを定量的に計算した。その結果、全自由エネルギーの変化は溶質分子内のエネルギー寄与(リン酸基間のクーロン反発)と、溶質--溶媒間の静電相互作用による安定化(溶媒和自由エネルギー)の大きなキャンセレーションによって生じていることが分かった。溶質分子内におけるクーロン反発は末端リン酸基を解離させる力として働くが、まわりの水分子はリン酸基の解離を抑制する方向の力を与えており、両者のつりあいが反応速度を決めていることになる。その結果、誘電率の低い溶媒(有機溶媒)では、溶媒和による反応の抑制効果が十分でなくなり、末端リン酸は非常に解離しやすい状態となることが分かる。これは、酵素中(低誘電率のタンパク環境)におけるATP加水分解を促進する物理的な原因の一つであると考えられる。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Solution reaction space Hamiltonian based on an electrostatic potential representation of solvent dynamics2011

    • 著者名/発表者名
      S.Aono, T.Yamamoto, S.Kato
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 134 ページ: 144108(13)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A wave-function based approach for polarizable charge model : Systematic comparison of polarization effects on protic, aprotic, and ionic liquids2010

    • 著者名/発表者名
      H.Nakano, T.Yamamoto, S.Kato
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 132 ページ: 044106(16)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Preferred dissociative mechanism of phosphate monoester hydrolysis in low dielectric environments2010

    • 著者名/発表者名
      T.Yamamoto
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 500 ページ: 263-266

    • 査読あり
  • [学会発表] 溶液中ATP加水分解の自由エネルギー変化の分子論的解釈2010

    • 著者名/発表者名
      山本武志
    • 学会等名
      第48回(2010年度)日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大学(招待講演)
    • 年月日
      2010-09-21

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公開日: 2012-07-19  

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