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2009 年度 実績報告書

量子化学計算による水溶液、及びタンパク質中のATPのプロトン親和性に関する研究

公募研究

研究領域水を主役としたATPエネルギー変換
研究課題/領域番号 21118512
研究機関大阪大学

研究代表者

高橋 英明  大阪大学, 基礎工学研究科, 准教授 (10291436)

キーワード密度汎関数法 / 電子交換汎関数 / 一様な電子ガス / 水素様原子の電子密度
研究概要

交付申請書に記載の平成21年度の研究実施計画は、世界最小のタンパク質であるシニョリン(1uao)をパイロットシステムとしてそのアスパラギン酸のpKaを計算する方法の開発に着手することであった。すなわち、我々がこれまでに開発したQM/MM-ER法を拡張することによって、ペプチド鎖のようにその分子構造が水溶液中で著しく揺らぐ溶質の溶媒和自由エネルギーを計算する方法の開発を実施することであった。しかしながら、上記の計画を実施する以前に、計算方法のコアとも言うべき電子の交換汎関数が従来から有する欠陥を修正することが先決であるとの結論に達し、本年度は新規な電子交換汎関数を開発することとした。分子系の電子の交換エネルギーは、電子とその周りの交換孔とのクーロン相互作用を電子の座標にわたって積分することによって計算されるので、ある座標に参照電子を置いたときの交換孔の空間分布をいかに記述するかが、正確な交換エネルギーの計算にとって重要となる。従来の交換汎関数は、一様な電子ガスをモデルの出発点とするので、常に参照電子を中心として交換孔が球対称に分布するという描像に立脚することになる。ところが、参照点が原子、分子の周辺に置かれた場合には、電子とその交換孔が解離するのが正しい描像であり、正しい交換孔の分布が実際にそのようになることを具体的な系で示すことが可能である。原子、分子系にとって妥当な交換孔のモデルとして、水素様原子の電子密度を参照することが考えられる。我々は、このモデルに基づいて新規な交換エネルギー汎関数を構築し、密度汎関数法に基づく電子状態計算プログラム上に実装することに成功した。これらの研究成果はアメリカ化学会のジャーナルに論文として掲載された。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] The exchange-energy density functional based on the modified Becke-Roussel model2010

    • 著者名/発表者名
      H.Takahashi, et al.
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation 6

      ページ: 647-661

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydration effects on the reaction with an open-shell transition state : QM/MM-ER study for the dehydration reaction of alcohol in hot water2009

    • 著者名/発表者名
      H.Takahashi, et al.
    • 雑誌名

      Journal of Mathematiocal Chemistry 46

      ページ: 781-794

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electron donor solvent effects on the (hyper)polarizabilities of a singlet diradical molecule involving a boron atom2009

    • 著者名/発表者名
      K.Kubota, H.Takahashi, et al.
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 477

      ページ: 309-314

    • 査読あり
  • [学会発表] Hybrid quantum mechanical/molecular mechanical approach to the computation of the free energy change for chemical reactions in condensed system2009

    • 著者名/発表者名
      H.Takahashi, et al.
    • 学会等名
      The 12^<th> Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 年月日
      2009-10-26
  • [図書] Chapter 9 in Advances in Quantum Chemistry, Vol.592010

    • 著者名/発表者名
      H.Takahashi, et al.
    • 総ページ数
      281-349
    • 出版者
      Elsevier(in press)

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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