HLAハプロタイプの多様性にもとづくヤポネシア人進化の解明

2022 年度 実績報告書

• 研究領域: ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明
• 研究課題/領域番号: 21H00342
• 研究機関: 東京薬科大学
• 研究代表者: 細道 一善 東京薬科大学, 生命科学部, 教授 (50420948)
• 研究期間 (年度): 2021-04-01 – 2023-03-31
• キーワード: ヤポネシア / HLA遺伝子 / HLAハプロタイプ

研究実績の概要

ヒトの主要組織適合遺伝子複合体(Human leukocyte antigen; HLA)は免疫応答の入り口として自己と非自己の認識を担うとともに、ヒトにおける機能的遺伝子と しては最も高度な多型を示す。この多型は自己免疫性疾患や感染症、さらには薬剤副作用と関連する遺伝要因として研究が進んでいる。さらに、その高度な多型 性は個人識別、人類集団の起源や形成過程を探る遺伝マーカーとしても有益である。本研究では古代人のHLA領域のハプロタイプ構造を明らかにし、免疫学的な視 点からもヤポネシア人の歴史を探ることを目的としており、これまでに、古代人のHLA遺伝子型ならびにHLAハプロタイプの決定を進めた。11のHLA遺伝子(HLA-A、 HLA-B、HLA-C、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、)についてプローブとのハイブリダイゼーションによって HLA遺伝子由来のDNA断片を濃縮した。ハイブリダイゼーションによって得られたDNAライブラリをNextSeq2000 (illumina)にて解析し、IPD- IMGT/HLADatabaserelease3.21.0.をリファレンスとしてHLA型を決定した。解析した29サンプルのうち、14サンプルにおいてHLAハプロタイプを決定した。特に北海道縄文晩期の有珠モシリ遺跡出土人骨11体は全てのHLAハプロタイプを決定することが可能であった。14サンプルから13種類のHLAハプロタイプを決定し、現代日本人集団における頻度を求めたところ、いずれも1%以下の低頻度であった。それぞれのHLAハプロタイプは頻度の特徴が異なり、多数の地域で低頻度で認められるものと特定の地域で比較的高い頻度を示すタイプが存在していた。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [国際共同研究] Universidad San Francisco de Quito(エクアドル)
  • 国名: エクアドル
  • 外国機関名: Universidad San Francisco de Quito
• [雑誌論文] Genetic factors associated with serum amylase in a Japanese population: combined analysis of copy-number and single-nucleotide variants (2023)
  • 著者名/発表者名: Zannatun Nayema, Takehiro Sato, Takayuki Kannon, Hiromasa Tsujiguchi, Kazuyoshi Hosomichi, Hiroyuki Nakamura, Atsushi Tajima
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 68 ページ: 313～319
  • DOI: 10.1038/s10038-022-01111-3
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Novel SRY-box transcription factor 9 variant in campomelic dysplasia and the location of missense and nonsense variants along the protein domains: A case report (2022)
  • 著者名/発表者名: Carlos A. Calvache, Estefania C. Vasquez, Vanessa I. Romero, Kazuyoshi Hosomichi, Juan C. Pozo
  • 雑誌名: Frontiers in Pediatrics 巻: 10 ページ: 975947
  • DOI: 10.3389/fped.2022.975947
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Visualization of clonal expansion after massive depletion of cells carrying the bovine leukemia virus (BLV) integration sites during the course of disease progression in a BLV naturally-infected cow: a case report (2022)
  • 著者名/発表者名: Susumu Saito, Kazuyoshi Hosomichi, Meripet Polat Yamanaka, Tetsuya Mizutani, Shin-nosuke Takeshima, Yoko Aida
  • 雑誌名: Retrovirology 巻: 19 ページ: 24
  • DOI: 10.1186/s12977-022-00609-0
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Comprehensive Genetic Exploration of Fused Teeth by Whole Exome Sequencing (2022)
  • 著者名/発表者名: Heetae Park, Kazuyoshi Hosomichi, Yong-Il Kim, Yu Hikita, Atsushi Tajima, Tetsutaro Yamaguchi
  • 雑誌名: Applied Sciences 巻: 12 ページ: 11899～11899
  • DOI: 10.3390/app122311899
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Isolation of ferret astrocytes reveals their morphological, transcriptional, and functional differences from mouse astrocytes (2022)
  • 著者名/発表者名: Jureepon Roboon, Tsuyoshi Hattori, Dinh Thi Nguyen, Hiroshi Ishii, Mika Takarada-Iemata, Takayuki Kannon, Kazuyoshi Hosomichi, Takashi Maejima, Kengo Saito, Yohei Shinmyo, Michihiro Mieda, Atsushi Tajima, Hiroshi Kawasaki, Osamu Hori
  • 雑誌名: Frontiers in Cellular Neuroscience 巻: 16 ページ: 877131
  • DOI: 10.3389/fncel.2022.877131
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] AMBRA1 p.Gln30Arg Mutation, Identified in a Cowden Syndrome Family, Exhibits Hyperproliferative Potential in hTERT-RPE1 Cells (2022)
  • 著者名/発表者名: Sundaramoorthy Revathidevi, Kazuyoshi Hosomichi, Toyoaki Natsume, Hirofumi Nakaoka, Naoko T. Fujito, Hisako Akatsuka, Takehito Sato, Arasambattu Kannan Munirajan, Ituro Inoue
  • 雑誌名: International Journal of Molecular Sciences 巻: 23 ページ: 11124～11124
  • DOI: 10.3390/ijms231911124
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Exploring the Genetic Basis of Dens Evaginatus Using Whole-Exome Sequencing (2022)
  • 著者名/発表者名: Heetae Park, Kazuyoshi Hosomichi, Yong-Il Kim, Atsushi Tajima, Tetsutaro Yamaguchi
  • 雑誌名: Applied Sciences 巻: 12 ページ: 8962～8962
  • DOI: 10.3390/app12188962
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] The Gallus gallus RJF reference genome reveals an MHCY haplotype organized in gene blocks that contain 107 loci including 45 specialized, polymorphic MHC class I loci, 41 C-type lectin-like loci, and other loci amid hundreds of transposable elements (2022)
  • 著者名/発表者名: Ronald M Goto, Charles D Warden, Takashi Shiina, Kazuyoshi Hosomichi, Jibin Zhang, Tae Hyuk Kang, Xiwei Wu, Marla C Glass, Mary E Delany, Marcia M Miller
  • 雑誌名: G3 Genes|Genomes|Genetics 巻: 12 ページ: jkac218
  • DOI: 10.1093/g3journal/jkac218
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Familial Pseudohypoparathyroidism Type IB Associated with an SVA Retrotransposon Insertion in the GNAS Locus (2022)
  • 著者名/発表者名: Sayaka Kawashima, Akiko Yuno, Shinichiro Sano, Akie Nakamura, Keisuke Ishiwata, Tomoyuki Kawasaki, Kazuyoshi Hosomichi, Kazuhiko Nakabayashi, Hidenori Akustu, Hirotomo Saitsu, Maki Fukami, Takeshi Usui, Tsutomu Ogata, Masayo Kagami
  • 雑誌名: Journal of Bone and Mineral Research 巻: 37 ページ: 1850～1859
  • DOI: 10.1002/jbmr.4652
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] RHEB is a potential therapeutic target in T cell acute lymphoblastic leukemia (2022)
  • 著者名/発表者名: Loc Thi Pham, Hui Peng, Masaya Ueno, Susumu Kohno, Atuso Kasada, Kazuyoshi Hosomichi, Takehiro Sato, Kenta Kurayoshi, Masahiko Kobayashi, Yuko Tadokoro, Atsuko Kasahara, Mahmoud I Shoulkamy, Bo Xiao, Paul F Worley, Chiaki Takahashi, Atsushi Tajima, Atsushi Hirao
  • 雑誌名: Biochemical and Biophysical Research Communications 巻: 621 ページ: 74～79
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2022.06.089
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Novel Variation in Acyl-CoA Synthetase Long Chain Family Member 6 (ACSL6) Results in Protein Structural Modification and Multiple Non-Related Neoplasia in a 46-Year-Old: Case Report (2022)
  • 著者名/発表者名: Maria Isabel Castillo, Erick Freire, Vanessa I. Romero, Benjamin Arias-Almeida, Carlos Reyes, Kazuyoshi Hosomichi
  • 雑誌名: Frontiers in Oncology 巻: 12 ページ: 899579
  • DOI: 10.3389/fonc.2022.899579
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Comprehensive Comparison of Novel Bovine Leukemia Virus (BLV) Integration Sites between B-Cell Lymphoma Lines BLSC-KU1 and BLSC-KU17 Using the Viral DNA Capture High-Throughput Sequencing Method (2022)
  • 著者名/発表者名: Meripet Polat Yamanaka, Susumu Saito, Kazuyoshi Hosomichi, Yoko Aida
  • 雑誌名: Viruses 巻: 14 ページ: 995～995
  • DOI: 10.3390/v14050995
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] No evidence of bovine leukemia virus proviral DNA and antibodies in human specimens from Japan (2022)
  • 著者名/発表者名: Meripet Polat Yamanaka, Susumu Saito, Yukiko Hara, Ryosuke Matsuura, Shin-Nosuke Takeshima, Kazuyoshi Hosomichi, Yasunobu Matsumoto, Rika A Furuta, Masami Takei, Yoko Aida
  • 雑誌名: Retrovirology 巻: 19 ページ: 995
  • DOI: 10.1186/s12977-022-00592-6
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Deficiency of the splicing factor RBM10 limits EGFR inhibitor response in EGFR-mutant lung cancer (2022)
  • 著者名/発表者名: Shigeki Nanjo, Kazuyoshi Hosomichi, Trever G Bivona et al.
  • 雑誌名: Journal of Clinical Investigation 巻: 132 ページ: e145099
  • DOI: 10.1172/JCI145099
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Familial idiopathic basal ganglia calcification with a heterozygous missense variant (c.902C>T/p.P307L) in SLC20A2 showing widespread cerebrovascular lesions. (2022)
  • 著者名/発表者名: Kenji Sakai, Chiho Ishida, Koji Hayashi, Naotaka Tsuji, Takayuki Kannon, Kazuyoshi Hosomichi, Nobuyuki Takei, Akiyoshi Kakita, Atsushi Tajima, Masahito Yamada
  • 雑誌名: Neuropathology 巻: 42 ページ: 126～133
  • DOI: 10.1111/neup.12781
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Biased expression of mutant alleles in cancer-related genes in esophageal squamous cell carcinoma (2022)
  • 著者名/発表者名: Masahiko Takahashi, Kazuyoshi Hosomichi, Hirofumi Nakaoka, Haruhito Sakata, Naoya Uesato, Kentaro Murakami, Masayuki Kano, Takeshi Toyozumi, Yasunori Matsumoto, Tetsuro Isozaki, Nobufumi Sekino, Ryota Otsuka, Itsuro Inoue, Hisahiro Matsubara
  • 雑誌名: Esophagus 巻: 19 ページ: 294～302
  • DOI: 10.1007/s10388-021-00900-7
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Glucokinase-maturity onset diabetes mellitus in the young suggested by factory-calibrated glucose monitoring data: a case report (2022)
  • 著者名/発表者名: Nao Nomura, Katsumi Iizuka, Eiichi Goshima, Kazuyoshi Hosomichi, Atsushi Tajima, Sodai Kubota, Yanyan Liu, Ken Takao, Takehiro Kato, Masami Mizuno, Takuo Hirota, Tetsuya Suwa, Yukio Horikawa, Daisuke Yabe
  • 雑誌名: Endocrine Journal 巻: 69 ページ: 473～477
  • DOI: 10.1507/endocrj.EJ21-0526
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] ヒトゲノムの解読困難領域の解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 細道 一善
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第67回大会
• [学会発表] 現代に受け継がれる古代人HLAハプロタイプ (2022)
  • 著者名/発表者名: 細道 一善
  • 学会等名: 第76回 日本人類学会大会・ 第38回 日本霊類学会大会 連合大会
• [学会発表] 微量および断片化DNAにおけるキャプチャー法によるHLAタイピング (2022)
  • 著者名/発表者名: 5.岩内 陽子, 奥平 裕子, 桝屋 安里, 朝治 桜子, 葉畑 美和, 法花津 匠, 福島 香織, 中島 文明, 細道 一善
  • 学会等名: 第30回日本組織適合性学会大会
• [学会発表] 繰り返し配列の違いを伴う新規HLAアレル配列の精度の検証 (2022)
  • 著者名/発表者名: 6.奥平 裕子, 朝治 桜子, 桝屋 安里, 葉畑 美和, 法花津 匠, 岩内 陽子, 中島 文明, 野口 博司, Nuntana Kasitanon, Worawit Louthrenoo, 細道 一善, 竹内 二士夫, 猪子 英俊
  • 学会等名: 第30回日本組織適合性学会大会
• [学会発表] NGSリードデータの繰り返し配列は新たなambiguityを生じ判定結果に影響する (2022)
  • 著者名/発表者名: 8.桝屋 安里, 奥平 裕子, 岩内 陽子, 朝治 桜子, 葉畑 美和, 法花津 匠, 福島 香織, 細道 一善, 中島 文明
  • 学会等名: 第30回日本組織適合性学会大会
• [学会発表] NGS法によるイラン人集団のHLA 11Lociタイピングおよびハプロタイプ調査 (2022)
  • 著者名/発表者名: 9.葉畑 美和, 奥平 裕子, 桝屋 安里, 朝治 桜子, 法花津 匠, 岩内 陽子, 福島 香織, 細道 一善, 中島 文明
  • 学会等名: 第30回日本組織適合性学会大会