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日本列島の様々な縄文時代人（早期～晩期）のミトコンドリアゲノム全塩基配列を決定した。縄文時代人の配列は現代日本人のハプログループのクラスターに含まれており、縄文時代人と現代日本人の間では連続性が見られた。さらに、後期更新世人骨である港川人のDNA分析を実施、ミトコンドリアゲノム塩基配列全長を獲得し様々な分子系統学的解析をおこなうと、港川１号のもつ配列を直接的な祖先とする現代人の配列が存在しないことがわかった。港川１号から現代日本人への連続性は見られない（港川人のＤＮＡは現代日本人にも引き継がれていない）という結果を査読付オープンアクセスの論文として発表した。
続いて、日本列島後期更新世、縄文早期ならびに前期人骨から抽出したDNAをもちいたショットガン・シーケンスにより、核ゲノム配列情報を取得した。縄文早期の居家以1号、居家以4号ならびに縄文前期の轟5号から得られた十分量の核ゲノムデータをもちいて、ヤポネシア人の系統を探るための数理解析をおこなった。一方、港川１号に関しては包含するヒトDNAの割合が低く、残念ながら一塩基多型（SNP）情報を用いた系統解析をするためには十分な核ゲノムデータは得られなかった。
縄文人の日本列島内での遺伝的多様性ならびに特徴的な表現型を明らかにするために、既報の縄文人核ゲノムデータを含む東ユーラシア集団をもちいた数理解析をおこなった。また、47都道府県別の現代日本人の遺伝子頻度データをもちいた解析によって、現代日本人との近縁度を分析した。さらに、SNPに基づいた表現型推定の結果、縄文早期居家以人ならびに縄文前期轟人、３個体とも、狩猟採集民としての生業に関連した特徴的な表現型を獲得していたことが明らかになった。
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