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2022 年度 実績報告書

データ駆動的な位相図の再構成によるゲノム様式変化の理解

公募研究

研究領域DNAの物性から理解するゲノムモダリティ
研究課題/領域番号 21H05755
研究機関九州大学

研究代表者

前原 一満  九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (90726431)

研究期間 (年度) 2021-09-10 – 2023-03-31
キーワードクロマチン / 位相図 / ヒストンバリアント / ホッジ分解
研究実績の概要

生命現象としての生や死、増殖、細胞分化、がん化といった質的変化は、多種多数の分子が働く真核細胞の核内に存在するクロマチンの緻密な遺伝子発現制御システムにより実現される。本計画では、ゲノムモダリティ変化を定性的に理解するための情報解析手法開発を目的とする。クロマチンの状態変化を示すクロマチン・フロー計測法を樹立し、離散的ホッジ分解を応用した複雑ダイナミクスの要約法と組み合わせることで、クロマチン状態変化の位相図を構成し、複雑なクロマチン動態の定性的理解を試みる。本年度は、クロマチンの時間変化ダイナミクスを計測するため、独自技術であるChIL-seqを発展させた単一細胞内でゲノムワイドに複数のタンパク質の局在を同時検出したデータ取得を行った。さらに、本計画の目標としていた位相図再構成のために必要な情報解析技術を確立できたため、公開データおよび独自データのデモンストレーションを加えた論文投稿を準備している。また、空間トランスクリプトーム解析技術の共同研究では論文発表を行った。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 4件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with mouse tissue sections.2022

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Honda, Ryuichi Kimura, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Kaori Tanaka, Yasuyuki Ohkawa, Shinya Oki.
    • 雑誌名

      STAR Protoc.

      巻: 3 ページ: 101346

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2022.101346.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] クロマチンのダイナミクスを明かすオミクス解析技術の開発2023

    • 著者名/発表者名
      前原一満
    • 学会等名
      千葉大学エピゲノム解析セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] データ駆動的な位相図の再構成によるゲノム様式変化の理解2022

    • 著者名/発表者名
      前原一満, 原田哲仁, 藤井健, 大川恭行
    • 学会等名
      第45回分子生物学会
    • 招待講演
  • [学会発表] 高感度組織エピゲノム解析手法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      前原一満, 原田哲仁, 藤井健, 大川恭行
    • 学会等名
      第81回日本癌学会学術総会
    • 招待講演
  • [学会発表] 単一細胞データとホッジ分解による細胞分化を規定するベクトル場の再構築2022

    • 著者名/発表者名
      前原一満
    • 学会等名
      日本数理生物学会年会
    • 招待講演
  • [備考] 九州大学 トランスクリプトミクス分野ホームページ

    • URL

      https://tx.bioreg.kyushu-u.ac.jp/

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公開日: 2023-12-25  

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