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2010 年度 実績報告書

プロトン・水素結合と生体分子の理論化学

公募研究

研究領域分子高次系機能解明のための分子科学―先端計測法の開拓による素過程的理解
研究課題/領域番号 22018016
研究機関京都大学

研究代表者

佐藤 啓文  京都大学, 工学研究科, 教授 (70290905)

キーワードプロトン / 水素結合ネットワーク / 分子性統計力学 / pH / PYP
研究概要

本研究課題は、生体分子に代表される高次系と水との間に存在する普遍的な性質を明らかにする目的で研究を進めており、本年度は主にpHなどの生体関連分子の周辺環境の変化が、分子の光物性に与える影響を理解するための理論計算を行った。具体的には光受容蛋白質イエロープロテイン(PYP)を取り上げ、その発色団であるp-クマル酸について、水素結合ネットワークに着目しながら理論的に調べた。同分子の吸収スペクトル位置はpHによって大きく変化することが知られているが、高精度量子化学計算を用いた結果から、バルクとしてのイオン強度変化よりもプロトン脱着状態の変化が大きな影響を与えていることが明らかとなった。また、吸収スペクトルはフロンティア軌道間の電子遷移でおおよそ説明できることも分かった。さらに実際の蛋白質内部においてはオプシンシフトに加えて、低障壁水素結合の存在も考慮した上で、光吸収の機構に対する包括的な理解が得られつつある。現在学術論文として発表するための取りまとめを行うとともに、Huckel近似を出発点としてスペクトルシフトの機構の本質を簡便に記述する理論モデルの構築を進めている。
また、領域内で研究が広く行われている固液界面については、分子動力学法等、比較的限定された計算研究しかない。そこで、界面に対して垂直および水平の二つの方向性成分に着目し、これらに沿った溶媒和構造が記述できる新しい積分方程式理論の開発に成功した。とりわけpolymer-RISM理論との組み合わせによって周期境界系を効率よく取り扱うことが可能となり、今後、界面近傍の溶媒和・水和構造や、そのダイナミックスも視野に入れた応用計算の展開を企図している。また、グラフェンの部分構造に相当するコロネン周辺の溶媒構造についての計算も行い、錯体形成に伴う構造・エネルギー変化を明らかにした。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (5件)

  • [雑誌論文] "Solvation structure of coronene-transition metal complex : A RISM-SCF study2011

    • 著者名/発表者名
      H.Sato, C.Kikumori, S.Sakaki
    • 雑誌名

      Phys.Chem.Chem.Phys.

      巻: 13 ページ: 309-313

    • 査読あり
  • [学会発表] 2D-RISM方程式の開発と固液界面への応用2010

    • 著者名/発表者名
      飯田健二, 佐藤啓文
    • 学会等名
      第33回溶液化学シンポジウム
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      20101116-20101118
  • [学会発表] 脱プロトン化によるPYP色素(p-クマル酸)の吸収スペクトルシフトの機構解明2010

    • 著者名/発表者名
      平野健司, 佐藤啓文, 榊茂好
    • 学会等名
      第4回分子科学討論会
    • 発表場所
      大阪大学
    • 年月日
      20100914-20100917
  • [学会発表] 積分方程式理論を用いた固液界面の理論的研究~2D Polymer RISM方程式の導出と応用~2010

    • 著者名/発表者名
      飯田健二, 佐藤啓文
    • 学会等名
      第4回分子科学討論会
    • 発表場所
      大阪大学
    • 年月日
      20100914-20100917
  • [学会発表] プロトン・水素結合と生体分子の理論化学2010

    • 著者名/発表者名
      佐藤啓文
    • 学会等名
      「高次系分子科学」平成22年度第5回全体会議
    • 発表場所
      南淡路ロイヤルホテル(招待講演)
    • 年月日
      20100524-20100526
  • [学会発表] PYP色素(p-クマル酸)の水溶液中の吸収スペクトルに関する理論的研究2010

    • 著者名/発表者名
      平野健司, 佐藤啓文, 榊茂好
    • 学会等名
      第13回理論化学討論会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      20100523-20100525

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公開日: 2012-07-19  

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