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2010 年度 実績報告書

天然変性蛋白質に関する情報の統合と解析

公募研究

研究領域天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現
研究課題/領域番号 22113516
研究機関九州工業大学

研究代表者

皿井 明倫  九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 教授 (20221286)

キーワード天然変性蛋白質 / 未構造領域 / 進化 / 安定性 / 相互作用 / ネットワーク
研究概要

本年度は、以下のような項目について解析を行った。
天然変性蛋白質あるいは未構造領域は、安定性などの物性、相互作用、ネットワーク、機能などにおいて構造蛋白質とは異なる特徴を持つと考えられる。そこでまず、天然変性蛋白質および蛋白質中の未構造領域の配列、構造データなどを収集した。これらのデータに基づき、さまざまな生物種のアミノ酸配列のアライメントを行い、保存部位の特定、系統解析、進化速度の解析などを行った。一方、天然変性蛋白質や未構造領域ではアミノ酸変異による安定性への影響が構造領域とは異なると考えられる。そこで、熱力学的安定性に関するデータを収集し解析を行った。この結果、両者の間には大きな違いのあることがわかった。また、配列モチーフやGene Ontologyなどのデータベースを用いた機能解析などを行い、未構造蛋白質・領域と構造蛋白質の機能的な相違を調べた。さらに、細胞の発育に不可欠な遺伝子である必須遺伝子と未構造領域との関係を調べてその機能的役割も考察した。一方、蛋白質・蛋白質や蛋白質・核酸などの相互作用において未構造領域と構造領域との比較を行った。天然変性蛋白質は、分子相互作用ネットワークにおいて相互作用数が多いハブと呼ばれる位置(ノード)を占めている場合が多いと言われている。そこで、これまでにわかっている分子相互作用ネットワークを調べ、天然変性蛋白質あるいは未構造領域を持つ蛋白質とハブとの関係を統計的に解析した。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2010 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Thermodynamic Database for Proteins : Features and Applications2010

    • 著者名/発表者名
      M.M.Gromiha, A.Sarai
    • 雑誌名

      Methods Mol.Biol.

      巻: 609 ページ: 97-112

    • 査読あり
  • [学会発表] Evolutionary and thermodynamic analyses of intrinsically disordered proteins2010

    • 著者名/発表者名
      Huang He, Akinori Sarai
    • 学会等名
      2010年日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20101213-20101215
  • [学会発表] Thermodynamic analyses of intrinsically disordered proteins2010

    • 著者名/発表者名
      黄鶴、皿井明倫
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20100920-20100922
  • [備考]

    • URL

      http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/website/index.htm

URL: 

公開日: 2012-07-19  

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