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2011 年度 実績報告書

理論計算によるコイルドコイルを用いた機能性遷移金属蛋白質の演繹的デザイン

公募研究

研究領域コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス
研究課題/領域番号 23104506
研究機関大阪大学

研究代表者

鷹野 優  大阪大学, 蛋白質研究所, 助教 (30403017)

キーワード人工蛋白質 / コイルドコイル / 密度汎関数法 / 分子動力学法 / QM/MM計算
研究概要

本年度は、シトクロムc酸化酵素や亜酸化窒素還元酵素にみられる電子伝達に働く金属中心である電子伝達部位Cu_Aと軟体動物や甲殻類の血液に含まれる酸素運搬蛋白質であるヘモシアニンの機能を持つ人工蛋白質の理論設計のために銅活性中心の電子構造の理論解析を行った。
Cu_A部位に関しては電子移動をスムーズに行うために活性中心が強い非局在性を示すような電子構造(σ_u^*状態)をとることが知られている。その起源を解明するため密度汎関数法による電子構造の解析した結果、Cu_2S_2コアそのものはCu_A部位と異なりπ_u状態が安定になり、特徴的なσ_u^*状態をとるにはCu_2S_2コアの銅-銅間の直接相互作用に加えて、エクアトリアル位に配位子が配位することが必要であることが明らかとなった。その際、Cu_2S_2コアのσ_u^*軌道と配位子の静電相互作用、軌道相互作用により、基底状態がσ_u^*状態となり、強い非局在性を示すことが判明した。またグルタミン酸・アスパラギン酸の配位も強い負の静電相互作用を示すためにσ_u^*基底状態になると期待される。
ヘモシアニンに関しては様々な配位子(アンモニア、ヒスチジンの側鎖であるメチルイミダゾール、HBpz_3(= hydrotris{3,5-diisopropyl-pyrazolyl}borate))を用いたヘモシアニンのモデルに対して密度汎関数法による理論計算を実施したところ、アンモニア、メチルイミダゾール、HBpz_3の順に酸素結合に関わる銅のd軌道エネルギーが酸素のLUMOに近づいていった。この軌道エネルギーの準位が近づくほど酸素との軌道相互作用が大きくなり酸素結合性に違いが生じていることがあきらかとなった。ヒスチジンは結合できないアンモニアモデルと不可逆な結合をするHBpz_3モデルの中間にあり、このことが可逆的な酸素結合を発現するものと考える。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

初年度の計画としていた機能性蛋白質のための遷移金属活性中心の設計に必要な活性中心の電子構造と分子構造の関係に関して様々な知見が得られ、次年度に計画している反応空間の設計および人工銅蛋白質の理論設計へと進めることができるため。

今後の研究の推進方策

当初の計画通りに(1)コイルドコイル中の反応空間の理論設計と(2)コイルドコイルを用いたヘモシアニン様人工銅蛋白質・Cu_A電子伝達部位の理論設計・検証に関して研究を推進する予定である。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (9件)

  • [雑誌論文] Electronic structures of the Cu_2S_2 core of the Cu_A site in cytochrome c oxidase and nitrous oxide reductase2012

    • 著者名/発表者名
      Yu Takano, Yasuteru Shigeta, Kenichi Koizumi, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      International Journal of Quantum Chemistry

      巻: 112 ページ: 208-218

    • DOI

      10.1002/qua.23191

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Possible Mechanisms of Water Splitting Reaction Based on Proton and Electron Release Pathways Revealed for CaMn_4O_5 Cluster of PSII Refined to 1.9Å X-Ray Resolution2012

    • 著者名/発表者名
      Toru Saito, Shusuke Yamanaka, Keita Kanda, Hiroshi Isobe, Yu Takano, Yasuteru Shigeta, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen, Nobuo Kamiya, Mitsutaka Okumura, Mitsuo Shoji, Yasunori Yoshioka, Kizashi Yamaguchi
    • 雑誌名

      International Journal of Quantum Chemistry

      巻: 112 ページ: 253-276

    • DOI

      10.1002/qua.23218

    • 査読あり
  • [学会発表] シトクロムc酸化酵素にみられるCu_A部位の電子構造の配位子効果に関する理論的研究2012

    • 著者名/発表者名
      鷹野優, 奥山折緒, 重田育照, 中村春木
    • 学会等名
      日本化学会第92回春期年会
    • 発表場所
      慶応義塾大学
    • 年月日
      2012-03-27
  • [学会発表] Density functional studies of the structural variety of the Cu_2S_2 core of the Cu_A site2012

    • 著者名/発表者名
      Yu Takano, Orio Okuyama, Yasuteru Shigeta, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      52th Sanibel Symposium
    • 発表場所
      アメリカジョージア州
    • 年月日
      2012-02-20
  • [学会発表] シトクロムc酸化酵素中のCu_A部位の電子構造に関する理論的研究2012

    • 著者名/発表者名
      鷹野優, 奥山折緒, 重田育照, 中村春木
    • 学会等名
      スーパーコンピュータワークショップ2012「バイオサイエンスに対する計算分子科学からのアプローチ
    • 発表場所
      自然科学研究機構岡崎コンファレンスセンター
    • 年月日
      2012-01-24
  • [学会発表] Coordination effects on the electronic structures of the Cu_A site in cytochrome c oxidase2011

    • 著者名/発表者名
      Yu Takano, Orio Okuyama, Yasuteru Shigeta, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      14th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations (ASIAN-14)
    • 発表場所
      東京大学
    • 年月日
      2011-10-31
  • [学会発表] シトクロムc酸化酵素、亜酸化窒素還元酵素にみられるCu_A部位のCu_2S_2コアの電子構造の起源の理論的解明2011

    • 著者名/発表者名
      鷹野優, 重田育照, 奥山折緒, 小泉健一, 中村春木
    • 学会等名
      分子科学討論会2011北海道
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2011-09-20
  • [学会発表] シトクロムc酸化酵素、亜酸化窒素還元酵素にみられるCuA部位のCu_2S_2コアの電子構造の起源の理論的解明2011

    • 著者名/発表者名
      鷹野優, 重田育照, 奥山折緒, 小泉健一, 中村春木
    • 学会等名
      第61回錯体化学討論会
    • 発表場所
      岡山理科大学
    • 年月日
      2011-09-18
  • [学会発表] Computational study of electronic structures of a characteristic [4Fe-4S] cluster, [Fe_4S_4(SCH_3)_3(CH_3COO)], in dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase2011

    • 著者名/発表者名
      Yu Takano, Yasushige Yonezawa, Yuichi Fujita, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      XVIth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics
    • 発表場所
      石川県立美術館(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-15
  • [学会発表] Origin of the variety of the Cu_2S_2 core of the Cu_A site2011

    • 著者名/発表者名
      Orio Okuyama, Yasuteru Shigeta, Haruki Nakamura, Yu Takano
    • 学会等名
      XVIth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics
    • 発表場所
      石川県立美術館
    • 年月日
      2011-09-12
  • [学会発表] 光非依存型プロトクロロフィリド還元酵素中の[4Fe-4S]クラスターの電子構造の理論的研究2011

    • 著者名/発表者名
      鷹野優, 米澤康滋, 藤田祐一, 栗栖源嗣, 中村春木
    • 学会等名
      第11回蛋白質科学会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク(招待講演)
    • 年月日
      2011-06-08

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公開日: 2013-06-26  

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