• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2012 年度 実績報告書

異常終止コドン認識複合体の構造機能解析

公募研究

研究領域多様性と非対称性を獲得するRNAプログラム
研究課題/領域番号 23112718
研究機関横浜市立大学

研究代表者

山下 暁朗  横浜市立大学, 医学部, 講師 (20405020)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2013-03-31
キーワードNMD / mRNA分解 / mRNA代謝 / 翻訳終結
研究実績の概要

クライオ電子顕微鏡法による異常終止コドン認識複合体の立体構造解析:H24年度は、これまでの分子機構研究の課程で明らかとした、「異常終止コドンを識別している分子複合体」の立体構造をクライオ電子顕微鏡法を用いて解析するため、動物細胞からのタンパク質複合体大量精製を行い、クライオ電子顕微鏡法により、複合体の分子構造を取得した。
a) クライオ電子顕微鏡法に用いるタンパク質複合体の精製:これまでの解析により、異常終止コドン識別複合体は、ribosome, eEF2, eRF1, eRF3, Upf1, SMG-1, SMG-8, SMG-9, Upf2, Upf3, エクソンジャンクション複合体、mRNAにより構成されていることを明らかにしている。H24年度は、SMG1C複合体(SMG1:SMG8:SMG9)、Upf1, Upf2, Upf1:Upf2複合体の精製を行った。これらを用いて、試験管内で、SMG1C:Upf1複合体, SMG1C:Upf2複合体, SMG1C:Upf1:Upf2複合体の再構成に成功した。さらに、共同研究によりクライオ電子顕微鏡法による立体構造の解析を行った。その結果、Upf1とUpf2はともに、SMG1の触媒領域付近に結合していることが明らかとなった。さらに、SMG1C:Upf1:Upf2複合体のクライオイメージ取得に成功し、解析を続けている。
b)  異常終止コドンを識別している分子複合体構成因子の分子間相互作用の解析: SMG1, Upf1, Upf2について、各種部位欠損変異体を作成し、精製した。これらを用いて分子間相互作用部位の同定をおこない、それぞれの結合部位を同定した。その結果、Upf1, Upf2はともにSMG1の触媒領域に結合した。これは、クライオイメージを元にした立体構造をサポートするものである。

現在までの達成度 (段落)

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2013 2012

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (7件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Nonsense-mediated mRNA decay - Mechanisms of substrate mRNA recognition and degradation in mammalian cells.2013

    • 著者名/発表者名
      Schweingruber, C.
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta.

      巻: Epub ahead of print ページ: 1-11

    • DOI

      S1874-9399(13)00027-8. 10.1016/j.bbagrm.2013.02.005.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Role of SMG-1-mediated Upf1 phosphorylation in mammalian nonsense-mediated mRNA decay.2013

    • 著者名/発表者名
      Yamashita, A.
    • 雑誌名

      Genes Cells.

      巻: 18 ページ: 161-175

    • DOI

      10.1111/gtc.12033.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Physiology and Pathophysiology of a Novel Angiotensin Receptor-binding Protein ATRAP/Agtrap.2013

    • 著者名/発表者名
      Tamura, K.
    • 雑誌名

      Curr Pharm Des.

      巻: 19 ページ: 3043-3048

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of interferon-beta mRNA stability control after poly(I:C) stimulation using RNA metabolic labeling by ethynyluridine.2012

    • 著者名/発表者名
      Abe, K.
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun.

      巻: 428 ページ: 44-49

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2012.09.144.

    • 査読あり
  • [学会発表] Specific inhibition of SMG-8 rescues effectively the mutant phenotypes exacerbated by nonsense-mediated mRNA decay.2013

    • 著者名/発表者名
      Akio Yamashita
    • 学会等名
      RNA and Biofunctions Meeting
    • 発表場所
      ホテルレオパレス博多(福岡県)
    • 年月日
      2013-01-11
  • [学会発表] PIKKファミリーキナーゼSMG-1の活性制御とmRNA監視機構2012

    • 著者名/発表者名
      山下暁朗
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡県)
    • 年月日
      2012-12-13
  • [学会発表] Transcriptional Timing Determines the Stability of Interferon-beta (IFN-β) mRNA2012

    • 著者名/発表者名
      安部開人
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡県)
    • 年月日
      2012-12-12
  • [学会発表] Specific inhibition of SMG-8 rescues effectively the mutant phenotypes exacerbated by nonsense-mediated mRNA decay.2012

    • 著者名/発表者名
      Akio Yamashita
    • 学会等名
      CSHL meeting 2012 transnational control
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor, USA
    • 年月日
      2012-09-05
  • [学会発表] mRNA surveillance approaches clinic.2012

    • 著者名/発表者名
      山下暁朗
    • 学会等名
      第14回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      川内萩ホール(宮城県)
    • 年月日
      2012-07-19
  • [学会発表] mRNA surveillance approaches clinic.2012

    • 著者名/発表者名
      山下暁朗
    • 学会等名
      第12回蛋白質科学学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知県)
    • 年月日
      2012-06-21
    • 招待講演
  • [学会発表] Translation timings determine the density of interferon-beta mRNA stability2012

    • 著者名/発表者名
      安部開人
    • 学会等名
      The 22nd CDB meeting -RNA
    • 発表場所
      理化学研究所発生再生科学総合研究センター(兵庫県)
    • 年月日
      2012-06-11
  • [図書] 実験医学 vol.30 No.92012

    • 著者名/発表者名
      山下暁朗
    • 総ページ数
      10
    • 出版者
      mRNA品質管理機構の最新理解と新たな標的治療の可能性

URL: 

公開日: 2018-02-02  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi